理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問

小保方論文の「改竄」「捏造」認定の不合理さ、バッシングの理不尽さ

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 話は飛ぶのですが、昨年9月のネイチャー2論文の公表の時にも書きましたが、理研が投稿した論文で、テラト―マやキメラマウスの分析もしているように新聞報道で書いてあるのですが、そうなのでしょうか?

●「STAPはES細胞」確定…再現実験全て失敗
読売新聞 20150924
http://www.yomiuri.co.jp/science/20150923-OYT1T50106.html のネット版では掲載されていませんが、紙版では、次のように続いています。

「・・・同誌は、「STAPは存在しなかった」とした上で、今後、同様の論文には詳しい作製法の公開と、使った細胞の起源の確認を著者に求めていくという。
 理研の松崎文雄チームリーダーらは、理研の内部調査の一環で、小保方氏らがSTAP細胞から得たと主張したSTAP幹細胞の全遺伝情報を解析。小保方氏の共同研究者で、当時、理研に在籍した若山照彦・山梨大教授の研究室で作製されたES細胞と、遺伝子の細かい傷までが一致、STAP細胞が作られた可能性は極めて低いと結論づけた。
 さらにSTAP細胞をマウスの体内入れて作ったとされる腫瘍「テラト―マ」や、万能性確認のために作ったとされる特殊なマウス「キメラマウス」にも、既存のES細胞が使われていた。松崎氏は、読売新聞の取材に、「STAP論文の主要な結論が誤りであると、決着がついたと考える」と述べた。」」

 これに関して、次のように私の記事では、コメントしました。

「⑤桂調査報告では、理研帰属分の試料だけで解析したとされるが、桂委員長は記者会見では、キメラマウス(や胎盤の切片等の試料)による確認の有無を問われて、直接答えず、「確認できなかった。しかし、証明できているとは思っていない。胎盤ではなく卵黄嚢と見間違えた可能性が高い。」というすれ違いの答をしていた。

 しかし、今回の報道をみると、松崎リーダーは、キメラマウスやテラト―マも遺伝子解析している由。」


 モニタリング委報告書と、桂報告書と会見での発言から考えれば、理研の帰属にならなかった試料は、調査対象にはなっていない、という理解で、その中にキメラマウス、テラト―マ、胎盤の切片、関連の実験ノートも含まれる(それなのに、理研や桂調査委はそのことを明らかにしない)、と理解しているのですが、上記の理研のネイチャー論文では、分析しているようですので、実際どうなのかが気になっています。

 桂氏の発言や報告書では、胎盤の発光の件は、明らかに論文の画像でしか判断しておらず、それが卵黄嚢の見間違いだろうという指摘になっているわけですが、キメラマウスやテラト―マの遺伝子分析ができたのであれば、現物も確認して、胎盤の部分の観察もできたのではないのか・・・桂報告書をそのまま論文化したということでもなく追加的分析もあるのか・・・とも思うものですから・・・。
 その辺がもやもやしています。








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キメラマウスをDNA分析したというのは、
We found nine genomic DNA samples for the offspring of STAP cell chimaeric mice.
These contained not only the Acr-gfp insertion but also the two deletions unique
to FES1-derived Acr/cag-GFP cell lines described above indicating that the cells
transmitted to the germ line in the chimaeric mice were derived from FES1 ES cells.
という事で、FLS系のキメラマウスのDNAサンプルがあったのを分析しただけで、キメラマウス本体や胎盤の切片を分析観察した訳ではないようです。
(テラトーマは切片からDNA分析されていますが、観察はされていなさそうで)

2016/1/18(月) 午前 1:10 [ JISAI ] 返信する

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> JISAIさん
ご教示どうもありがとうございました。どうもすっきりしなかったのですが、これでよくわかりました。
やはり、肝心の試料の本体は調査していないということですから、そのことを読売記事のような説明の仕方をしたのだとすれば、ミスリーディングですね。
キメラマウス、テラト―マ、胎盤の切片といった基本試料が調査対象、観察対象になっていないということを明示することを、よほど避けている印象です。
須田氏含めてマスコミ、識者らが、あれだけ調べるべきだと主張した試料ですからね。

2016/1/18(月) 午前 2:28 [ tea*r*akt2 ] 返信する

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そもそも、キメラの本体などは調査に提出されていたのでしょうか?

2016/1/19(火) 午前 9:34 [ eik***** ] 返信する

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> eik*****さん
こちらの記事をご覧ください。試料の帰属先の問題が大きなネックとなっています。
http://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/17057176.html

2016/1/20(水) 午前 6:46 [ tea*r*akt2 ] 返信する

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理研の調査委員会は、改革委員会と同じように、同じ意向を持つ人たちが集まった組織なのでしょう。理研には、組織検査が得意の研究集団もあるだろうし、いろいろな角度から調べられる能力はあると思います。しかし、そうした研究者たちは、今回の調査には参加していないのでは?DNA分析に業務する人たちが中心に、実際の調査が構成されれば、調査委員会はDNA検査に偏ります。偏った解析や推定作業でも、理研の研究頭脳の粋を集めて解析した結果として公表できます。この結論で世間が説得すれば、DNA解析の重要性が強調され、担当者たちの発言権や権威が、理研内で高まる?と想像してしまいます。

今回の調査は、他人のミスを指摘するいやな仕事でした。それでも、世間が調査をしろと理研に求めた時、担当せざるをえなくなった研究者たちは、本来なら、まず、言い訳から始めるでしょう。どんな調査手段を用いても、後追い調査では限界があり、限界的な推定結論にならざるをえないと解説するでしょう。

2016/1/20(水) 午後 8:17 学とみ子 返信する

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つづき こうしたフェアな調査委員会であれば、遺伝子調査で細胞起源を決める難しさを一般人に教えてくれるでしょうし、STAPとされたものがESに類似した遺伝子となった理由として、複数の可能性を紹介するでしょう。調査に使用した残存検体は、あくまで“STAPとされるもの”にすぎません。調査精度の限界を示してこそ、議論が可能です。調査委員会は、実験中のSTAPにESが使われたとの説は、可能性のひとつであると言わず、それしか考えられないと結論して、その他の可能性を全く無視しています。遺伝子さえ調べれば、結論が可能であるとの印象を、一般人に持たせました。再現性もしかりです。
マスコミはしかたないとしても、世の中の知性をリードする一級の研究所が、一部の価値観でのっとられたようになるのは、民主的社会に逆行するものであり、ブログ主さんには、今後も問題追及に頑張ってほしいと思います。

2016/1/20(水) 午後 8:20 学とみ子 返信する

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> 学とみ子さん
コメント有難うございます。桂調査委は、遺伝子分析だけで結論出している印象ですが、胎盤の件の認定の脆弱さは、あまりといえばあまりではないかと感じます。
実態は次のようなやりとりで、相当曖昧ですが、
「Q つまり、GFPで光っている胎盤が確認できていないのか?
A 我々の調査委では確認できなかった。
Q はぁ・・・、胎盤の形状を保持しているものは確認していないのか?
A 光っているものが、図によっては胎盤なのか別の組織なのか、専門家は、疑わしいと言っている人がいる。疑わしいという言い方だが・・・。」

これが、報告書では、次のような断定になってしまっています。
「胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性が高い。」「STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letterの論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性がある」

しかも、「専門家が見た」のは論文画像の図であって、現物ではないということ
を明らかにしていませんから、二重の意味で、問題が大き過ぎる認定内容です。

2016/1/20(水) 午後 8:56 [ tea*r*akt2 ] 返信する

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続き) 切片で観察した丹羽氏の見解とも相容れませんから、その見解の差を埋める科学的検討はしたのか?という点でも問題です。
胎盤の発光の件は、キーポイントであるにも拘らず、こういう杜撰な断定的認定をしているわけですから、他の点の断定も?が付いてしまいます。

2016/1/20(水) 午後 8:58 [ tea*r*akt2 ] 返信する

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科学者達は遺伝子解析の結果が絶対的証拠として思考停止になっているとしか思えません。DNA鑑定は絶対的証拠だとして、「犯人はあのネパール人に違いない」と決めつけていた東電OL殺人事件の捜査関係者の証拠の扱い方を彷彿とさせます。

2016/1/20(水) 午後 9:15 [ tai*o*no* ] 返信する

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科学的なことは全然分からないのですが、他で見かけたこの指摘がとても気になります。

>「STAP細胞はES細胞由来」というタイトルだけど、図には混入したES1ではなくES6を載せてます。これって、とっても変です。きっとES1ではChip-seq(input)との違いが分かり過ぎ、まずいと思ったんでしょう。

冤罪事件だったことが判明している東電OL殺人事件では、「犯人はネパール人男性」という見立てで捜査が行われ、裁判ではDNA鑑定が決定的証拠として提出され高裁での有罪判となりましたが、DNA鑑定したのは遺体解剖して採取された精液ではなく、トイレにあったコンドームから検出されたDNAでした。

なんだかとっても似てますよね。

2016/1/21(木) 午後 6:34 [ tai*o*no* ] 返信する

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