理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問

小保方論文の「改竄」「捏造」認定の不合理さ、バッシングの理不尽さ

全体表示

[ リスト ]


 1年半前近くの記事で、須田桃子氏の『捏造の科学者』の中で、丹羽氏がSTAP細胞塊の混在性について語っている部分を抜粋して紹介したことがありました。

 【補足】STAP細胞塊の混在性についての丹羽氏の説明

 その説明は、直接は、TCR再構成がSTAP幹細胞で見られないことに関する解説なのですが、改めて読み返してみると、門外漢として素朴な感想が浮かんできます。
  丹羽氏の説明は、次のようなものでした。

「論文では生後一週間のマウスの脾臓から、まず「CD45」というたんぱく質を指標にリンパ球を集める。そのうち十〜二十%がT細胞で、T細胞の中でも遺伝子に痕跡を持つのは十〜二十%。つまり集めたリンパ球のうち、TCR再構成を持つ細胞は一〜四%しかない。
集めたリンパ球の集団からSTAP細胞ができる過程を考える。CD45を指標に集めた細胞のおおよそ半分がB細胞、二十%がT細胞、二十%が病原体や死細胞を食べるマクロファージで、それ以外の細胞も若干含まれる。全体の約七十%が酸処理で死に、生き残った三十%の細胞の約半分が初期化されてOCt4が働き出すというのが論文の主張だ。
注意してほしいのは、STAP細胞の塊は、さまざまな種類の細胞の集団からできており、各種の細胞が混在した性質を残しているということだ。この中には遺伝子に痕跡を持つT細胞がいてもほんの一部に過ぎない。
さらに、STAP細胞の塊を十〜二十個の細胞の小さな塊に切り分けて受精卵に注入し、キメラマウスを作る。ES細胞での実験の経験から考えると、十〜二十個のSTAP細胞のうち、キメラマウスの体になっていく細胞はおそらく数個程度だ。その数個の中で、遺伝子に痕跡を持つT細胞があるかどうかはかなり確率論的な問題になることは我々も理解していた。
同じことがSTAP幹細胞の樹立過程でも言える。TCR再構成がSTAP幹細胞の段階でどこまで残るかというのは、現在いろいろと問題として指摘されている。三月六日に発表したSTAP細胞作製のプロトコル(実験手技解説)の中で示したように、STAP幹細胞八株にはTCR再構成がなかった。
このような観点から考えると、論文の手法に沿ってリンパ球から初期化がどのように起こるかを検討するのは重要な課題だが、それだけをもってSTAP現象が存在するか否かを厳密に検討することは極めて困難だ。」(p159-160 


本当に素人としての素朴な感想なのですが、

①STAP細胞塊が各種細胞の集団であり、各種細胞の性質が混在していて、TCR再構成を持つ細胞が1〜4%しかなく、更にそれがSTAP幹細胞になる中で、TCR再構成が残るのは確率論的問題だということであれば、TCR再構成の有無を以て(しかも、STAP「幹」細胞についての)、STAP細胞研究が決定的欠陥であるかのように生物学者たちが述べ立てたあの騒ぎは何だったのだろうか?ということ。

②そのように、様々な細胞の集団であるのであれば、その時々で、細胞の構成や性質も違ってくる(幅がある)と思われるが、それを、(FI幹細胞の解析を通じて)ES細胞とTS細胞を9:1で混ぜたものだ、と断定的に言えるものだろうか、ということ。

③「ES細胞での実験の経験から考えると、十〜二十個のSTAP細胞のうち、キメラマウスの体になっていく細胞はおそらく数個程度だ。」ということは、万能遺伝子の活性が相対的に強いはずのES細胞でもそう簡単にはキメラマウスにならないということか? それなら、活性が相対的に弱い脾臓からのSTAP細胞では、なおのことキメラマウスを作るのは簡単ではないのではないのか?

④更に、培養の世界では、微妙な実験環境の差で再現性が大きく変わってくるということも併せ考えると、さまざまな制約下にあった検証実験で、キメラマウスの再現ができなかったことを以て、STAP細胞はなかったと断じることは、妥当なのか?

 ・・・といったことです。素人のたわごとなのかもしれませんが、もやもやは晴れません。



この記事に

閉じる コメント(67)

顔アイコン

論文は3月10日にアクセプトされています。
若山さんは4月から山梨に。
6月の幹細胞は誰が作ったのでしょう? 削除

2016/10/27(木) 午後 8:48 [ 山吹 ] 返信する

顔アイコン

> 山吹さん

>これはチームリーダーの若山さんの判断。

報告書をよく読みましょう。どこにも若山氏の名前はありませんが。
17頁
「これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。」

>6月の幹細胞は誰が作ったのでしょう?

サンプル調整したのは小保方氏ですね。

2016/10/27(木) 午後 9:03 [ kor*ko*o*rin*in0* ] 返信する

顔アイコン

論文記載のOct-4GFP FI幹細胞が、作成された記録不明、残存ストック無し。
若山さんは記憶が無いと。
報告書にはFI幹細胞は全て若山さんが作成とあります。 削除

2016/10/27(木) 午後 9:10 [ 山吹 ] 返信する

顔アイコン

>報告書にはFI幹細胞は全て若山さんが作成とあります。

FI幹細胞を樹立する前のSTAP細胞を作ったのは全て小保方氏ですね。

2016/10/27(木) 午後 9:25 [ kor*ko*o*rin*in0* ] 返信する

顔アイコン

kor*ko*o*rin*in0さん

論文記載の幹細株はリクエストがあれば提供するべきものだそうです。
肝心のFI幹細胞のストックが無いということは、若山さんに疑念を抱く理由になります。 削除

2016/10/27(木) 午後 9:35 [ 山吹 ] 返信する

顔アイコン

大田細胞は若山さんの所にあったんですね。 削除

2016/10/27(木) 午後 9:39 [ 山吹 ] 返信する

顔アイコン

「これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。」

と書いてあるのに

「FI-SC1の解析結果が論文にはつかえないという若山さんの判断で、GRASに出された。」
という捏造をする。

こんな人のいう事は信用できませんね。

2016/10/28(金) 午前 8:51 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する

顔アイコン

Letter Fig2b (Oct4-FI-SC樹立) を撮影した方は?

2016/10/28(金) 午前 9:31 [ Ts.Marker ] 返信する

顔アイコン

Letter Fig.1a,Fig.2g,のキメラ胎児を撮影したのは若山さんであり、全てSTAP細胞由来キメラのものとして小保方さんに画像ファイルを渡したのに、なぜか論文ではES細胞由来キメラ、FI幹細胞由来キメラとして掲載されました。しかも前者はあたかも胎盤が光っていないかのように処理されており、長時間露光という説明も虚偽でした。
もはや、この論文の画像については説明が正しいかどうか不明ですね。

2016/10/28(金) 午後 0:36 [ yap*ari*w*katt*na* ] 返信する

顔アイコン

Letterに関して、若山さんはラストオーサー。
論文発表があり、キメラマウスに疑義が出てから若山さんは、画像の取り違えと言い出した。
数百枚も撮ったというキメラの映像を出さない。 削除

2016/10/28(金) 午後 0:52 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

ネーチャー論文は、サイエンス投稿時と内容はほぼ同じとのこと。
ES混入を言われながら対照実験を何故しなかったのか? 削除

2016/10/28(金) 午後 0:55 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

>yap*ari*w*katt*naさん
若山さんがSTAP、ESキメラ画像を出せばいいだけなんですよ。 削除

2016/10/28(金) 午後 0:58 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

Fig.2b
培養条件を変えて樹立されたFI幹細胞が、どう振る舞うかというもの。 削除

2016/10/28(金) 午後 1:23 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

Fig.1cのグラフ。
ES細胞由来キメラマウス50例、STAP細胞由来キメラマウス10例、実験担当の若山さんがデータを出すべき。 削除

2016/10/28(金) 午後 1:30 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

FI細胞のことはまり表面には出てきていないのですが
須田桃子氏の本には次の記述があるのです。
─────────────────────────────
2O12年5月ごろ、若山氏は、STAP細胞とは別種の幹細
胞を樹立することにも成功した。胎児と胎盤の両方に分化する能
力を残したまま自己増殖能を併せ持つ「FI幹細胞」だ。若山氏
によれば、研究室内で小保方氏らと議論している中で、「胎盤に
も分化する幹細胞を作ったらより研究の価値が高まるのではない
か」という意見が出たことが樹立のきっかけとなったという。
──毎日新聞科学環境部/須田桃子著の前掲書より
─────────────────────────────

Electronic Journal というブログに有りました。
胎盤は此処からですね。 削除

2016/11/7(月) 午後 5:39 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

調査報告書6~7ページ
2010年に若山研で受精卵凍結されたAcr-GFP/CAG-GFPマウスにも存在しなかった。ー とあります。
若山研の他の岡部マウス由来ES細胞を調べていないよう。
理研の言ってるFES1細胞が本当に2005年に作られたFES1と同じものかという証拠は 何もない。
FES1が京都大学に保存されていた記録も理研に移送した記録もない。 削除

2016/11/7(月) 午後 6:40 [ クローン ] 返信する

顔アイコン

理研CDB丹羽仁史氏記者会見(2014年4月7日〔音声データ〕 ※4:40〜
(長いので分けて転載します)
実は、これまでに各方面から、STAP細胞あるいはSTAP幹細胞に関しまして単純にES細胞を混ぜればそういう現象は作り出せるのではないかという疑義もあったわけです。
しかし、私は1989年以来、かれこれ25年ES細胞研究をしておりますが、私の知る限りにおきましてはES細胞はこのように、基本、胚盤胞に注入しますと胎児にしか寄与しません。で、ここでうっすらと見えているのは胎児側の胎盤であって、決してこれを超えて胎盤側に寄与することはありません。
で、これ胎盤への寄与がES細胞由来の細胞で認められるのは、例えば人為的操作でこれを胎盤系の幹細胞に変換したとき、変換し注入した時に限るということを、実は私自身が2005年に報告しております。で、この実験において、この中間過程すなわち胎児にも胎盤にもなりうる細胞というものは、私の手によっては少なくとも確認できておりません。 削除

2016/11/9(水) 午後 7:30 [ waka*rann ] 返信する

顔アイコン

ただ、そのような細胞が今日において全く存在しないかと言いますと、これまで私の知る限り2例の報告があります。1例目はES細胞に含まれる約2%の亜集団これを遺伝子マーカーを使用して識別して回収しますと、胚盤胞注入後胎児胎盤に寄与すると。しかし、この方法では、遺伝子マーカーの使用なしにはこの集団は回収できず、また回収された集団を安定にシャーレ内で維持することができるという報告も存在しておりません。
また、もう1例は特殊な環境で誘導したiPS細胞を胚盤胞に注入すると胎児胎盤に寄与すると。これは間違いなく両者に寄与するということが報告されておりますが、この報告は2013年10月の報告であり、極めて最近の報告です。 削除

2016/11/9(水) 午後 7:36 [ waka*rann ] 返信する

顔アイコン

我々はもちろんこの両者に関してまだ自らの手でこれを検証したことはなく、その材料も残念ながら持ち合わせておりません。
このように考えますと、胎児胎盤に寄与するという一点だけでも、なかなか既存の知見をもってそれを完全に説明することは難しい。とするとSTAP現象というのもそれを説明する一つの仮説としては検証されるべきものと考えます。
で、論文に記載されたこれがSTAP細胞作製の手順、この手順、もちろん我々もすでに何度も試みておりますが、確かに極めて単純。単純ではあるのですがこの一連の操作、脾臓から細胞を分取しこれを酸処理して培養に移すまでで現時点で一時間半から二時間、これが熟練の度合いによってどう変わるのかは、現在検討中の課題であります。

以上です 削除

2016/11/9(水) 午後 7:40 [ waka*rann ] 返信する

顔アイコン

2014年4月7日、相沢慎一氏と共に開いた検証実験計画の発表会見の冒頭で、ES
細胞混入説への反論を説明した丹羽氏の音声データの書き起こしです。 削除

2016/11/9(水) 午後 7:47 [ waka*rann ] 返信する

コメント投稿

顔アイコン

顔アイコン・表示画像の選択

名前パスワードブログ
絵文字
×
  • オリジナル
  • SoftBank1
  • SoftBank2
  • SoftBank3
  • SoftBank4
  • docomo1
  • docomo2
  • au1
  • au2
  • au3
  • au4
投稿

.


みんなの更新記事