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「ゼニガタアザラシの生態と保護」 共編著 東海大学出版会（1986年）
絶滅に瀕し、わが国で唯一繁殖する鰭脚類・ゼニガタアザラシの生態を初めて明らかにした研究論文集。人間との共存方法までを科学的に提言した、わが国最初の野生動物保護管理学の専門書でもある。
「地球と環境教育」共著 東海大学出版会（1993年）
生涯教育としての環境教育を考えるべく、研究者、教育者、市民レベルでの活動者など、あらゆるジャンルの専門家が一堂に会し、「環境教育」に関する提案・実践を報告。環境問題を理論から実践まで教育レベルでとらえたシリーズ。
（分担）羽山 「海獣と人間」
「滅びゆく日本の動物５０種」 共著 築地書館（1993年）
絶滅に瀕するわが国の野生動物の生態と現状をまとめたもの。
（分担）羽山 「ゼニガタアザラシ」
「海の哺乳類 ―その過去・現在・未来― 」 共著 サイエンティスト社（1997年）
わが国最初の海棲哺乳類に関する研究論文集。
（分担）羽山 「ゼニガタアザラシの保護・管理と漁業活動」
「野生動物救護ハンドブック」 共編著 文永堂出版（1997年）
わが国で最初の野生動物救護に関する理論および技術書である。年間数万頭以上の野生動物が救護されているが、その生物学的情報をデータベース化し、野生動物保護管理へ役立てることの重要性を指摘した。
「環境ホルモン問題入門」 単著 全日本病院出版会（1998年）
現在大きな社会問題となっている環境ホルモン問題を、特に野生動物などの生態系への影響を中心に解説した入門書。
「野生動物問題」 単著 地人書館（2001年）
現代日本における野生動物と人間との関係性にある問題をさまざまな角度から分析して、その解決に向けた政策を論じた。
【目次の一部】
第１章 放浪動物問題…都心にサル現る
第２章 野生動物被害問題…ワイルドライフマネジメント、鳥獣保護法改正
第３章 餌付けザル問題
第４章 商業利用問題…ワシントン条約と密輸問題、クジラ問題
第５章 環境ホルモン問題
第６章 移入種問題…雑種ザルの発見、日本の現状
第７章 絶滅危惧種問題…トキの誕生、コウノトリの野生復帰
「自然再生事業 〜生物の多様性の回復をめざして」共著 築地書館（2003年）
「自然再生」とはどのようにあるべきか。日本のNGOが模索してきた事例や歴史とともに、第一線の研究者、フィールドワーカー、行政担当者がそれぞれの現場から詳述する。
（分担）羽山「神奈川丹沢山地における自然環境問題と保全・再生」
「生態学から見た野生生物の保護と法律」 共編著 講談社サイエンティフィック（2003年）
（財）日本自然保護協会・研究保護委員会野生生物小委員会（羽山ほか4委員）による提言をもとに、わが国における野生生物を保護するための科学的理論と法制度論をわかりやすく解説した。自然科学と社会科学の両面から野生生物保護政策の指針を示した意欲的な書。
「河川文化〜河川文化を語る会講演集（その十五）」 共著 (社）日本河川協会（2004年）
（社)日本河川協会が毎月行っている河川文化を語る会の講演録をもとに加筆修正して出版された書。（分担）羽山「都市の野生を考える」−アザラシ.多摩川に現るー
「北海道の海生哺乳類管理」共著 北の海の動物センター(2004年）
2003年に開催された国際シンポジウム「人と獣の生きる海」で発表された講演を論文化して出版された書。
（分担）羽山「海獣管理元年」
「森林環境2005」 共著 朝日新聞社 (2005年）
（財）森林文化協会が森林環境問題のトピックスを集めた書。
（分担）羽山「外来種対策元年」
「地域再生の環境学」共著 東京大学出版会（2006年）
2002〜2003年度日本生命財団環境問題研究助成により実施された『環境再生を通じた「持続可能な社会」の実現に向けた総合政策に関する学際的共同研究』（研究代表者：淡路 剛久・立教大教授)の研究成果を取りまとめたもの。
(分担）羽山「４章 自然再生事業と再導入事業」
「森林環境２００７」共著 森林環境研究会編（財）森林文化協会・発行、朝日新聞社刊（2007年）
（分担）羽山伸一「シカ問題と自然再生」pp.38-47
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