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生命は生物として存在する。生物は歴史的な存在である。生命が自然発生的に生まれて死んでいくだけのものならば今日のような多様な生物の現存という事実を説明できないだろう。歴史的に変化を遂げながら今日に至っていると考えるしかない。それをとりあえず進化と呼ぶ。とりあえずというのは、新たな性質を獲得するということは、多くの場合、今まで備わっていたものが退化する、喪失するということでもあるからだ。だから「進化」と言わずにほかの言葉でもいいはずだがひとまず進化という言葉で考えるとすれば、ではその進化はいかにして生じるのであろうか？
生物学の教科書を見ると、遺伝子の突然変異とその後の環境による自然選択によると説明されることが多い。これはネオダーウィニズムの考え方だが、それが主流なのだろう。しかし、こういう説明で何か納得した気になるだろうか？眼の遺伝子を試験管に入れてもいつまでたっても眼はできない、そんなことは当たり前だ。細胞質という場所のはたらきを無視しては何も語れないはずだ。
遺伝子と言っても直接にはＤＮＡという物質の塩基配列にすぎない。そういう物質が単独で存在しても何の意味もない。この物質の示す情報を解読し、それに従って新たなたんぱく質を生成する仕組みと場所が同時に伝えられなければならない。遺伝子は細胞という環境とともにあり、それとともに伝えられなければならない。
それは、生命が自己を再生し持続させるためのシステム、すなわち種の形式を伝えることでもある。それは遺伝子を読み込み発現させる仕組みと働きを後世に残していくことだ。遺伝子が変化すれば当然形質を異にする子が産まれる。しかし、細胞という環境があれば遺伝子が同じである限り必ず同じ子が産まれるわけではない。
たとえば、脊椎動物の眼球の形成にかかわる「パックス６遺伝子」と称される遺伝子がある。また、ショウジョウバエの眼を作る「アイレス遺伝子」と称される遺伝子がある。この二つの遺伝子は塩基配列がほぼ同じだと言う。「パックス」をショウジョウバエに入れると脚などに複眼ができる。これは何を意味しているか？同じ遺伝子がそこにあってもそれを解釈し正しく発現させるシステムと場所が異なっていれば同じにはならないということを意味している。つまり種としての生命の形式が伝わらなければ実体としての遺伝子だけがあっても何にもならないということだ。
また、遺伝子に何ら変化がないとしても、細胞という環境に大きな変化があれば突然変異によって産まれた子と同じように形質の異なる子が産まれるという現象が起こる。これは種々の実験によって確かめられている。
今、仮に遺伝子の突然変異によって形質の異なる子が産まれたとしよう。それがより環境に適応しやすい形質であり、それが何らかの理由でこれまでの集団から隔離されるような状況ができれば、新しい形質を獲得した生物は生き残って別の種の集団を作るだろうと考えられる。そういうことが進化だと言われる。それで一応の説明はついているのかもしれない。しかし、ここにも大きな問題がある。
突然変異によって獲得した形質がより環境に適応しやすいかどうかいったいどうしてわかるのか？という問題である。環境の類似した二つの離れ小島にある同じ種を同じ個体数置いてみて何十万年かしてから様子を見てみようなどといった実験はできない。適応ということを繁殖能力とひとまず言い換えてみると、それを数世代ぐらいなら観察することは可能だろう。しかしそれをもって適応の可否を判断したり予測したりできるものだろうか？しかも多くの場合無前提に想定されている環境というものも変化するものだということだ。特にここ数世紀の環境変化は著しい。そういうわけで環境への適応ということは長い将来にわたってみた場合に結果的にしか言えないことではないかと言える。生物学者の池田清彦は次のように言っている。
「進化のある局面で自然選択というプロセスが働くことは間違いないが、それは自然選択が進化の主因であることとは別問題だ。生物の適応的な性質の進化を説明する理論は自然選択以外に考えられない、とネオダーウィニストたちは主張するが、ある性質が適応的かどうかを決める客観的基準は存在せず、この言明はネオダーウィニストの主観的希望にすぎない。適応度の高い生物は生き延び、適応度の低い生物は滅びるとネオダーウィニストは主張するが、適応度というのは予測不能であり、しかも状況次第で刻々と変化するものであるから、このような言明には生産的な意味はない」
遺伝子は変異すること、変異した遺伝子が遺伝すること、それが自然環境に適応的なら新たな遺伝子を持った集団がこれまでの集団から分岐して新たな種を形成する可能性があること、これらのことは多くの人々が認めることだろう。しかし、自然条件は一定ではないことを考慮した上で自然選択がいかにして働くか？それは進化の主因となり得るや？これについて未だ確定的な説明はできていないと言うべきだろう。
おそらくわれわれに伝えられるものは、種の形式であり、それを包み込む生命の形式なのだろう。それは実体としての遺伝子が伝えられることでもあるが、生命の流れの中で種が分岐していくという現象はただ単に遺伝子の突然変異だけで説明できることがらではないだろう。進化にも段階があるかもしれない。遺伝子の変化ということだけではない種の形式の変更、つまり、種の生存のシステムの変更ということが起こっているに違いない。
つまり、遺伝子の変化だけでなく、遺伝子を読み解く仕組み、遺伝子の環境である細胞と遺伝子の相互関係などを変化させる作用が進化の各段階で同時に起こっているのではないかと推測できる。
実体の変化に先行する作用の変化というものを考慮すべきだろう。たとえば、遺伝子と形質発現を媒介する酵素というものの作用を考えてみる。遺伝子によって生じた酵素は、自らは変化せず他を変化させる。たとえばリゾチームという酵素は糖たんぱくを分解する。それによって生じた生成物が遺伝子に反作用し、遺伝子の発現を誘導したり抑制したりして調節する。この作用は何回もくりかえされる。遺伝子の情報を読み取って必要なたんぱく質を作るだけならこのような複雑な過程は必要ないはずなのだが実際はそうではない。
この体内で行われる生体の自己媒介的な反応は生命のシステムであって、生命そのものが長い時間の中でそのシステムを少しずつ変化させている。それが進化ということではないか。そうであれば、遺伝子の突然変異ということと、システムの変化、すなわち種の形式の変化ということは時間的には違っていても論理的には同時でなければならないだろう。
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