アトモス部屋

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【ファイルSI 101】2015.09.10 小保方晴子さんのSTAP細胞について(その97)

◆ そもそもの発端は、怪しげなアメリカのブロガー=ポール·ノフラー氏の立てたスレッドのコメント欄。(その4)

レーン3の切り貼りの指摘は、なんと!ネイチャー電子版公開から、僅か4日と12時間後!!

前回は、↓

『◆ アメリカのSTAP叩きの急先鋒ポール·ノフラー氏のおかしな記事を垂れ流すサイト、“NewSphere”は露骨な反日の韓国プロパガンダメディア!』という記事を書きました。

http://blogs.yahoo.co.jp/metoronjr7/55705466.html

今回の連載『◆ そもそもの発端は、怪しげなアメリカのブロガー=ポール·ノフラー氏の立てたスレッドの書き込み。(その1)』から読まれる方はこちら。↓

http://blogs.yahoo.co.jp/metoronjr7/55693785.html

 『【ファイルSI 06】2014.04.17 小保方晴子さんのSTAP細胞について(その1)』から読まれる方はこちら。↓
http://blogs.yahoo.co.jp/metoronjr7/54899933.html

ということで、前回はアメリカにおけるSTAP叩きの急先鋒、かつ、今回のSTAP騒動の発端となったスレッドを立ち上げたにもかかわらず、何故かSTAP叩きの日本のマスメディアが取り上げたがらない、ポール・ノフラー氏のことを、異様に持ち上げている“NewSphere”というおかしなサイトが、露骨な韓国の提灯記事を書く反日サイトだということを説明いたしました。


ポール・ノフラー氏については、さらなる疑義が沢山あるのですが、これも後日に譲ります。

転じて言えば、それはとりもなおさず、だからこそ、STAP叩きが目的の日本のマスメディアは、今回のSTAP騒動を仕掛けた、あまりにも胡散臭いポール・ノフラー氏のことに触れたくないのでしょう。


今回は、物の順序として、ネット上で、ポール・ノフラー氏がPubPeerという『英語版科学系2ちゃんねる』のようなスレ板に、STAP論文のスレッドを立てるとともに、その書き込みにおいて、ポール・ノフラー氏がSTAP論文の概略とそれについての感想を書いたブログのリンクが貼られ、


そのスレッド内に、最初の『STAP論文に対する“具体的な疑義”』が書き込まれたことについて考察いたします。


これについては、各メディアは完全にシカトを決め込んでいますから。皆さんが一読するに値するものと私は自負しております。


まず、ポール・ノフラー氏がPubPeerに最初のスレッドを立てた経緯についての疑義は、本連載第一回の↓

◆ そもそもの発端は、怪しげなアメリカのブロガー=ポール·ノフラー氏の立てたスレッドの書き込み。(その1)で詳述したのでご参考ください。↓

http://blogs.yahoo.co.jp/metoronjr7/55693785.html

イメージ 1



↑ ポール·ノフラー(Paul Knoepfler)氏=再掲

繰り返しになりますが、日本のJTS時間より9時間遅れの時差があるUTC(協定世界時)の2014年1月29日午後8時21分に、

ポール·ノフラー(Paul Knoepfler)氏が

PubPeerにSTAPネイチャー論文に関する最初のスレッドを立て、自らをブログのリンクを貼ったコメントを投稿しました。↓

"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"

Haruko Obokata, Teruhiko Wakayama, Yoshiki Sasai, Koji Kojima, Martin P. Vacanti, Hitoshi Niwa, Masayuki Yamato, Charles A. Vacanti, Nature (2014)

PubPeerのこのスレッドのURLはこちら↓

https://pubpeer.com/publications/8B755710BADFE6FB0A848A44B70F7D

イメージ 2



そして、最初に自らのブログのリンクを貼ってその内容の要約のコメント投稿をしたPeer 1もポール·ノフラー氏だと思われます(時間的に他人が行うのは不可能です)。↓

Peer 1: ( January 29th, 2014 8:21pm UTC )

From Paul Knoepfler's blog:

http://www.ipscell.com/2014/01/review-of-obokata-stress-reprogramming-nature-papers/

"...something akin to hitting the cells over the head with a sledgehammer of a pH 5.7 (physiological pH is more typically thought of as around 7.4), they report the blood cells of 1-week old mice turned on expression of an Oct-GFP reporter as they floated around in clusters in the media."
(後略)

↑ つまりネイチャーSTAP論文に関するスレッドが立ったのです。

それに至る経緯は前掲(その1)に詳述しましたが、


要するに、ネイチャーが2014年1月29日午前11時20分頃(UTC) 【ノフラー氏の住む、カリフォルニア時間1月29日真夜中の午前3時20分頃】解禁破りをした英メディアに追従する形で二報の長文に亘るSTAP論文をネット公開。

ノフラー氏は、公開直後すぐにその論文を見つけて興味を持ち、全文読んで、徹夜して理解して分析し、図表を引用しブログ記事を作成しアップ、それにリンクを貼ったスレッド立てをしたのがJanuary 29th, 2014 8:21pm UTC【ノフラー氏の住む、カリフォルニア時間1月29日午後0時21分】。

最長でもこれだけの作業に要した時間は9時間以内。予め情報を入手して予定稿の準備をして、発表を待ち構えていなければ、こんなことは不可能です。


これだけでも有り得ないことなのに、さらに有り得ないことが起きたのです!↓


イメージ 3



↑,叛屬せで附番したコメント1がびっくりです。↓


附番 Unregistered Submission: ( February 4th, 2014 11:35pm UTC )

Figure 1i lane 3...

At higher magnification the background of that lane 3 is darker than the rest of the gel.

Also vertical straight change background on each side.

(Figure 1i lane 3...拡大してみると、レーン3の背景には、ゲルの他の部分よりも暗い。また、両側のバックグラウンドとは垂直の直線状に違いが表れている。)


↑ このUnregistered Submission氏(未登録の提出=つまり匿名書き込みですね)のコメントが書かれたのはなんと、

【February 4th, 2014 11:35pm UTC (協定世界時)】


ノフラー氏のスレ立てが、January 29th, 2014 8:21pm UTCで、

この、『レーン3の疑義』とやらに関する書き込みが、


ノフラー氏のこのSTAPスレッドが立ってから4日と3時間

ネイチャー誌ネット版の意図せぬ解禁からでさえ、4日と12時間

という短時間のうちになされたのです!


実物を確認してみましょう。

ネイチャー誌ネット版の当該画像がこれです。

アーティクル論文より、Figure 1のi (スクリーンショット未加工)

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F1.html

イメージ 4



↑上記の画像の小保方博士が書かれたと思われる注記(凡例)はこれです。↓
i, Genomic PCR analysis of (D)J recombination at the Tcrb gene. GL is the size of the non-rearranged germline type, whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons. Negative controls, lanes 1, 2; positive controls, lane 3; FACS-sorted Oct4-GFP+ cells (two independent preparations on day 7), lanes 4, 5.

↑ TCR再構成というのは、速い話が免疫系の再構成なのでした。説明すると複雑で長くなるのですが、要するにB細胞と共に狭義の免疫の主役であるT細胞には、免疫グロブリンによく似た抗原受容器が存在して、これをTCR(T細胞受容体)と呼びます。


STAP細胞は既に分化した細胞の時間を巻き戻して一旦初期化するわけですが、再びTCR生成の初期ステージにおける遺伝子再構成であるJ遺伝子再構成【J recombination】が見られます。

この写真はJ遺伝子再構成についてPCR法でゲノム分析を行ったものです【PCR法は警察捜査における犯人特定でも用いられる、一般的なDNA解析法です】。


TCR再構成が行われていない遺伝子は、長いままなので、電気泳動ではゆっくりとしか動かず線が画面上からGLのところまでしか伸びないのですね。


レーン1(ES細胞)とレーン2 (Fibroblasts=繊維芽細胞)は、ネガティブコントロールとありますから、最初から、TCR再構成がなされないと分かっている条件で行われた対照実験なので、当然、GLまで電気泳動が伸びませんでした(つまり遺伝子が長いままなのですね)。

一方レーン3のLymphocytes(リンパ球=T細胞はリンパ球の約70%を占める)や、4、5【FACSソートのOct4-GFP+細胞(2つは別々に独立して培養7日目のもの)】は、下の方までハシゴ状の光輝線が見られるので、遺伝子が短くなったため、速く動いて電気泳動距離が下の方まで伸びているわけです。


キメラマウスはすでにSTAP細胞から若山博士が作成しているわけですから、当然免疫系は出来ているはずなので、TCR再構成は当然あるに決まっているので、念のために確認しようというのが『ポジティブコントロール』です。

それで、レーン3のリンパ球が短いままなので、TCR生成の初期ステージにおける遺伝子再構成であるJ遺伝子再構成は見られたという、STAPの多能性の『傍証』として掲げられた画像なのです。


でも、STAPキメラマウスは若山博士によって“できちゃって”いるわけですから、捏造以前に、『三胚葉のテラトーマ画像』同様、この画像ががなくても、STAP論文は成り立つわけです。


ポジティブコントロールとして、TCR再構成が見られなかった場合、科学的な研究として、じゃあ、それはなぜかというステップに進むだけなのですが、例えば、NHKスペシャルや毎日新聞の須田桃子氏などは、『TCR再構成がないじゃないか』と鬼の首を獲ったかのように、言いつのるわけですね。どうせネット情報の受け売りでしょうけど。


それで、上の写真を見て、

「レーン3だけ暗くて、両側のバックグランドと違っているって分かりますか?

そういわれてじっと見ても私にはわかりません。


なのに、おびただしい数の2報のSTAP論文の図表の中から、【February 4th, 2014 11:35pm UTC (世界標準時】のUnregistered Submission氏は、論文発表からわずか4日と半日で、それを発見できたのです!

それこそ、この人なら、空飛ぶ円盤とか、ネッシーとかツチノコとかツチノコパンダとか、容易に発見できるでしょうから、その才能をそちらの方に向けた方が儲かると思うのですが、どうも無私無欲の人のようなのです。

“At higher magnification”とありますが、ネイチャー誌電子版のフィギュア画像はそのままでは拡大表示できないので、私も一旦スクリーンショットでコピペしたものをレタッチソフトで拡大してみます。↓


イメージ 5



↑ そうすると、成るほど、そういう“先入観を持って”よく見ると、レーン3の矢印の部分が両側よりかすかに暗いというのが“かろうじて”分かります。


ところが、Unregistered Submission氏は、まず、ネットで多くの図表をみて、その中から拡大も何もされていない状態のこの図表だけ、見てレーン3が暗いと気が付いたのですよ!

まず、普通に見て気が付いておかしいと思ったから、わざわざ、レタッチで拡大したわけです。


繰り返しますが、それに気が付いたのが、

なんと、わずか

ノフラー氏のスレッドが立ってから4日と3時間!

ネイチャー誌ネット版解禁からでさえ、4日と12時間!!

という短時間内なのです!


次に、赤い附番△如

つまり,らわずか、6時間25分後にレーン3の挿入が際立つような、加工画像が添付されたコメントが匿名のPeer 2氏により投稿されます。

このレスポンスの速さも異常ですね。


◆Peer 2: ( February 5th, 2014 6:00pm UTC )

Here is a false-colour image of Fig. 1i:

http://imgur.com/1nBfKTr

上記URLのリンク先画像(スクリーンショット)。↓


イメージ 6



加工画像部分のみの(スクリーンショット)。↓


イメージ 7



コメントが、

It does seem as if somebody did not like the original "positive control" (according to the legend). 【誰かさんは、(凡例によれば)オリジナルの『ポジティブコントロール』が好きではなかったかのように見受けられます。】

(以上引用終わり)

つまり『(according to the legend) =図表の凡例によれば』the original "positive control"が好きじゃない つまりオリジナルの画像に意図的な改ざんを行ったんじゃないの?というようなことを皮肉交じりに言っているらしいのですね。この嫌味な当てこすりから、この投稿者のお人柄が偲ばれます。


それで、物好きにも、私も試しにネイチャー誌の元画像のスクリーンショットから、レタッチソフトで、同じ画像を作ってみました。↓


イメージ 8



Peer 2: ( February 5th, 2014 6:00pm UTC )氏が作ったものと、私が作ったものを並べてみます。


イメージ 9



↑ まあ、このように私にもできないことはないのですが、何度も明度や、コントラストやシャドウ部の明るさ調整を繰り返し行わなければなりません。


それにしても、黒い写真の補正だけで分かるのに、何故色相を変えてオレンジ色にしたのかが不明です。

それから、,妊譟璽鵤海暗いと指摘したUnregistered Submission氏は、当然、レタッチソフトで検証したうえでコメントしたはずです。少なくともスクリーンショットの拡大処理は確実にやっているわけです。

私でも、そこまでするのなら、コントラスト等のレタッチ調整で確認しますよ。

つまり、,妊譟璽鵤海暗いと指摘したUnregistered Submission氏と、わざとらしく、△撚湛画像を示したPeer 2氏は、同一人物もしくは、同じ仲間内の可能性が大きいと私は思っています。


その後0聞漾STAP論文の疑義だ疑義だと放火炎上したのが、STAP騒動の発端なのですね。


それから、このページに再訪して気が付いたのですが、↓

https://pubpeer.com/publications/8B755710BADFE6FB0A848A44B70F7D

いつの間にやら、リンク先に飛ばなくても、スレッド内にこのオレンジ色の加工画像が表示され、


イメージ 10



また、リンク先も、もともとの“imgur”

http://imgur.com/1nBfKTr

から、

単なる画像だけの

i.imgur.com/1nBfKTr.jpg

へ、改ざんされているのです! ↓


イメージ 11



この手のスレッドで、後から改ざんが可能だなんて、初耳です。


私は、このPubPeerという論文アラさがし、タレこみサイトの管理運営方法の無責任さに不信感を持ちました。

これは、最初のリンク先の“imgur”経由で投稿者の身元がばれるのを惧れての措置ではないのですか?

ということは、PubPeerの管理者と、STAP叩きコメントを書いた人物は、同一人物もしくは身内だということも十分に考えられるのです。


というのも、PubPeerについては、無責任なコメントを垂れ流した書き込み主の情報を開示しろと言う訴訟が提起されたからです。

例えば小保方博士が同じ訴訟を提起しようと思ったら、PubPeerだけでなくimgur経由からも身元の確認・開示を要求することができることになりますからね。↓

 
 ※    ※   ※

JST 国立研究開発法人 科学技術振興機構HPより

http://www.jst.go.jp/gaiyou.html

 科学技術情報プラットフォーム

研究者、査読サイトPubPeerへのコメント投稿者を告訴(記事紹介)

http://jipsti.jst.go.jp/johokanri/sti_updates/?id=7662

2014年11月18日 | 情報流通,北米・中南米

査読サイトへの匿名コメントをめぐり、訴訟に至った事件に関する、ネイチャー誌11月14日付け記事"Peer-review website vows to fight scientist's subpoena"を紹介する。


ミシガン州デトロイトにあるウェイン州立大学の癌の研究者Frazlul Sarkar氏は10月9日、公開論文の査読サイトPubPeer.comに投稿された彼の論文への中傷的コメントのために、オックスフォードのミシシッピ大学から終身地位を保証された職の内定を取り消されたとして、コメント投稿者を告訴した。

またPubPeerに対し、コメント投稿者の氏名やIPアドレス等のサイト側が知り得る情報を明らかにするよう、証人としての召還を求めている。


 アメリカ自由人権協会(American Civil Liberties Union, ACLU)のAlex Abdo氏は、次のようにコメントしている。

「PubPeerは、投稿者の匿名性の権利は保護されていると主張している。投稿コメントは合法的な科学的質問であり、裁判ではなく、話し合いにより解決すべき問題である。またPubPeerは多くの州で適用されているシールド法(記者が情報源を秘密にすることを認めた法律、参考)により告訴から守られている。争点は、コメントが中傷に当たるとする強い証拠を提示できるかである」


 この事件により、研究者が査読サイトへのコメント投稿を躊躇することも懸念されている。サイト側は次のようにコメントしている。

「もし裁判に発展すれば、名誉毀損法と科学のプロセスとの曖昧な境界線を明確にすることになるだろう。公開データの不正が疑わしい場合に、このような特性に注目したことは中傷にあたるのか?」


[ニュースソース]
Peer-review website vows to fight scientist's subpoena - Nature 2014/11/14
http://www.nature.com/news/peer-review-website-vows-to-fight-scientist-s-subpoena-1.16356

イメージ 12



[関連記事]
Researcher files lawsuit over anonymous PubPeer comments - Science 2014/10/26
http://news.sciencemag.org/scientific-community/2014/10/researcher-files-lawsuit-over-anonymous-pubpeer-comments?rss=1

イメージ 13



 ※    ※   ※(以上引用終わり)

PubPeerのコメント投稿者を告訴し、PubPeerに対し、コメント投稿者の氏名やIPアドレス等のサイト側が知り得る情報を明らかにするよう、証人としての召還を求めているFrazlul Sarkar博士


イメージ 14



また、山中博士の論文疑義のデッチアゲの時にはこんな記事が書かれています。↓

 ※    ※   ※

 2014.4.28 23:20 産経ニュース
http://www.sankei.com/life/news/140428/lif1404280001-n2.html

山中伸弥教授会見 論文検証サイトの功罪

 インターネットのサイトで科学論文への疑義が指摘されるケースが増えている。理化学研究所の小保方晴子・研究ユニットリーダー(30)によるSTAP(スタップ)細胞論文に続き、今度は山中伸弥京都大教授の論文に飛び火した形だ。

STAP論文の疑惑を最初に指摘したのは、海外の論文検証サイト「PubPeer(パブピア)」。科学者が匿名で意見を投稿でき、世界中の論文について検証や議論が活発に行われている。

一方、山中氏の論文に疑義を指摘したのは、日本語による匿名の不正疑惑告発ブログ。論文の画像を中心に著名な大学の疑惑を取り上げ、降圧剤「ディオバン」の臨床研究データ改竄(かいざん)事件も追及してきた。ネットでは有名なサイトだ。


こうしたサイトは不正摘発に貢献してきた面がある一方で、指摘内容の妥当性や根拠が不十分だったり、匿名での運用に伴う問題点などが指摘されている。


ネットに詳しい神戸大の森井昌克教授(情報通信工学)は「重箱の隅をつつくような間違い探しは意味がない。山中氏以外の他の著名な研究者も、ありもしない疑義をかけられるかもしれない。本質以外で騒がれることは科学界にとってマイナスだ」と指摘する。

広島大の難波紘二名誉教授(血液病理学)は「ネットでの疑惑検証には功罪がある。情報の信用度を確かめる手段がなく、破壊的な方向に議論が進む恐れがある。山中氏が早期に会見したのは妥当だ」と話す。


 ※    ※   ※(以上引用終わり)

↑ 広島大の難波紘二名誉教授によると、『山中氏が早期に会見したのは妥当だ』ということですが、現実問題として、こんな因縁をタレこみサイトに書き込まれるたびに、記者会見で釈明しなければならないということ自体が、研究の大きな妨げになるということに気が付かれないのでしょうか?それだけでも、研究者は委縮してしまいます。

それにしても、ここにもポール・ノフラー氏の名前が出てこないんですよね。


今回のSTAPについては、以上論述いたしましたように、もう最初から、論文が発表される前に準備万端整っていて、発表と同時に『ヨ〜イ、ドン!』でSTAP潰しが始まったとしか思えないからです。

逆に、速すぎると疑われないように、時間差で情報をわざと小出ししているようにしか見えないのです。しかも客観的な利害関係の無い者の意見を装って。

メディアへの無責任なリークといい、どう考えても理研内部の人間が関与しているとしか考えられません。


ところで、理研のトップの野依博士はすでにノーベル賞受賞者。理研CDBセンター長の竹市博士、副センター長の故笹井博士は、ノーベル賞候補者。若山博士は胚操作技術では世界のトップで世界初のクローンマウス作成で世界的に著名。丹羽博士も幹細胞の世界的権威、バカンティ博士も発生生物学の世界的権威で、小保方博士のSTAP研究はノーベル賞級の仕事です。


日本の世界でも超一流の発生生物学を潰すには、一番効率の良いターゲットなのです。


まだまだ疑義は続きます。これは何度も言いますが、私のような個人ブロガーがやることじゃなくて、プロのライターのすべき仕事ですよ。本当にうんざりです。


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