忙しいときにエラーが。。。

ふふふ。１年も空いてしまったぜ。

NGS解析についてまとめようと思っているのだけど、まだ出来ていないというていたらく。


来週の学会で発表するデータをもう少し肉付けしようと思い、久しぶりにデータを読み込んで解析をポチポチと進めてみる。


現在はCufflinks → CummeRbundのコンビでデータを解析しているのだが、コマンド中に意味不明なエラーが起こる。


CummeRbundで「ある遺伝子群」を抜き出して解析するために(getGenes)コマンドを使うのだが、突然エラーが発生して出来なくなる。

他のコマンド、例えば(csDensity)とかは問題なく動くので、何かgetGenesに関する問題みたいだ。
記述を見るとRSQLiteに関するものみたいなのだが、訳がわからん。
しかも、毎回RSQLiteのエラーなのだが、エラーの種類が変わるｗ

ちょちょいとネットで似たような症例がないかを調べてみると、ちょこちょこあるみたいです。
(readCufflinks)をやり直せば大丈夫、みたいな記述があったけど、自分はダメでした。
ちなみにdbファイルはrebuildしてます。dbファイルが壊れている、というわけではなさそう。

案外メモリ(キャッシュ？)の問題かもしれないので、明日またトライしてみよう。意外といけるかもしれん(野生の感)。


悪戦苦闘の記録はしっかり残して、できれば解決方法も見つけてここで出していきたいと思います。