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 SRR1171567 FI-SC H3K27me3 Chip-seq
 SRR1171568 FI-SC H3K4me3  Chip-seq
 SRR1171569 FI-SC input DNA Chip-seq
 クオリティー調整なし
 マッピング Bowtie2
 Mus_musculus_NCBI_GRCm38 genome INDEX 参照

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                                                           pluripotent marker genes

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 trophoblast marker genes

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閉じる コメント(14)

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これもすごいですね。129/GFP ESをFGF4で培養すれば、FI-SC的な細胞ができると考えざるを得ない。あと、さっきまで見れてたRNAseqのマッピングが、Sox21だけ残して全部消えてるような気がするのですが、幻を見ていたのでしょうか? 削除

2017/7/6(木) 午前 9:00 [ L ] 返信する

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> Lさん
乱雑になったので整理中です。

2017/7/6(木) 午前 9:47 [ Ts.Marker ] 返信する

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素人で、全くデータの意味が分からないのですが、FLSと、CTS、の性質が、培地により行き来する、ということですか? 削除

2017/7/11(火) 午前 6:03 [ No,4 ] 返信する

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なんか、例によってわけのわからんことを言ってきたなと思っていたが、どゆこと?
自分で解析ソフトをダウンロードして、勝手にデータ解析しちゃったってこと?すごいね。

2017/7/11(火) 午後 0:33 [ DORA ] 返信する

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素人なのでTs.Marker氏の示したグラフが何を意味するか全く分かりません。FI幹細胞は実在したという意味でしょうか。
また、レターFIG4bとの関連もさっぱり分かりません。Fig.4bが捏造でないことを示しているのでしょうか。僕はFig.4bは捏造だと思ってます。なぜならFI幹細胞は存在しないからです。

2017/7/11(火) 午後 3:51 [ tsu*isa*u*15 ] 返信する

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> DORAさん
そう、勝手にやっております。

2017/7/11(火) 午後 4:46 [ Ts.Marker ] 返信する

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SMARTer なかなかうまくいかん。ちょっと Bowtie2でやってみる。

2017/7/14(金) 午後 10:40 [ Ts.Marker ] 返信する

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71.85% overall alignment rate (SRR1171578 Bowtie2) ちょっと低いが、IGVで例のことを確認。
Tophatは時間が掛るが、もうちょっと%を上げて確認予定。

2017/7/16(日) 午後 5:16 [ Ts.Marker ] 返信する

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SMARTerのTophatは時間がかかる。明日の夜に終わるといいね。別に急ぐ旅ではない。誰かみたい。
しかし、Linuxの日本語変換は慣れぬ。

2017/7/17(月) 午後 11:07 [ Ts.Marker ] 返信する

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CPU% 300% (裏でもう一本JOB) でやっているが、なかなかですね。

2017/7/18(火) 午後 9:29 [ Ts.Marker ] 返信する

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Searching for junctions via segment mapping中
TruSeqの時はさっさと終わったのにSMARTterなぜにこんなに掛かる?

2017/7/19(水) 午後 9:56 [ Ts.Marker ] 返信する

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IOError: [Errno 28] No space left on device:
40Gぐらいのスペースでは足りなかった。

2017/7/20(木) 午後 2:10 [ Ts.Marker ] 返信する

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裏で流してたSRR1171578は、スペースを空けて死守。
chip-seq bowtie2 は、1本2〜3時間で終るのにな。

2017/7/20(木) 午後 10:41 [ Ts.Marker ] 返信する

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[2017-07-21 01:41:36] A summary of the alignment counts can be found in /home/SRR1171578.tophat/align_summary.txt
[2017-07-21 01:41:36] Run complete: 5 days 03:09:25 elapsed

73.0% overall read mapping rate. 感想さんと同じ結果ですね。

2017/7/21(金) 午前 8:24 [ Ts.Marker ] 返信する

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