学とみ子のブログ

病気と心を語り合いたいです。

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yap*ari*w*katt*na*さん、コメントいただきました。
ありがとうございます。
ここに、別立てさせていただきます。

まず、前段として、桂報告書のメチル化実験の疑を調査した部分を下記に貼り付けます。
19頁の終わりから20頁にかけての記載です。青字

(3)Article Fig.2c は、2012 年 4 月に投稿論文原稿図として現れているが、それ以前 に小保方氏は計 3 セット(2011 年 10 月 27 日 1 セット、同 11 月 17 日に 2 セット)、 GRAS に DNA 配列解析を依頼していることが判明した。そのサンプル名には bisulfiteとあること、また 11 月 17 日の 2 セット分についてはそれぞれ「oct4」 、 「nanog」と の記述もあることから、これはメチル化 DNA 解析であったと判断した。「oct4」につ いては 96 クローンのシークエンスが行われ、作図に利用可能な高精度配列情報は 74 クローン分であった。しかし、この 74 クローン分のデータを用いて Fig.2c の Oct4 プロモーターの図を作図することは不可能であった。例えば Fig.2c では 11 か所中メ チル化部位が 1 か所以下のクローンが 18 クローンあったことを示すが、シークエン ス結果でこのようなパターンを有したクローンは 3 クローンのみであった。アライメ ントできなかった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であっ たと考えられた。    また、「nanog」については 96 クローン中 40 クローンが作図に使用可能と考えら れたが、これらを用いても Fig,2c に示された Nanog プロモーターの結果は得られな い。Fig.2c には 100%メチル化クローンが 15 クローン存在するが、シークエンス結果 でこのようなクローンは最大で 7 クローンしか存在しなかった。アライメントできな かった低品質配列クローンを含めても、この図を作ることは不可能であった。


次にyap*ari*w*katt*na*さんのコメントを書きます。いろいろ、いただきましてありがとうございます。一研究者さんの情報もありがとうございます。
昨年の10月以後、ブログが止まっているようなので、心配です。まじめすぎる方なので、何か御病気なのでしょうか?現役の教授であれば、学とみ子のような高齢者ではないので、突然の・・・・でもない事を祈ります。

yap*ari*w*katt*na*さんは以下のようにおっしゃています。

>上から下まで間違いだらけで、どこから手を付けて良いのかも判らないし、今まで何十何百と間違いを指摘されても、一向に理解しない学さんの姿勢も見てきたので、あまり気は乗らないのですが・・・

このメチル化部分の実験の手技については、以前、yap*ari*w*katt*na*さんが丁寧に学とみ子に説明してくれました。
それは上記の説明とは違いましたので、当時、ありがたく感じました。。

実際にこの実験をやるためには、手間暇がかかるとは思いますし、生きた菌は気まぐれな行動をするものでしょうから、結果がばらつく実験かと思います。

実際、小保方氏も何回か、実験をしているようです。
そうなると、どれとどれを採用したのかは本人のみ知るところですね。

実験の手技は手間がかかり、かつ、結果がばらついたとしても、実験者以外の人が、採用された図を見てものをいうのは難しくありません。

メチル化とかの意味がわかれば、碁盤の目をみて、説明を試みのは誰でもできます。
これが科学の優れたところで、誰もが納得できるようになっているのです。

上記の桂報告書の説明では、メチル化、脱メチル化が判定できない状態があったので、正確ではないと言っています。

yap*ari*w*katt*na*さんがめちゃくちゃ、学とみ子をこきおろしても、皆さん、碁盤の目をみて判断できると思います。

そして、私が、白い石が主に並んだ碁盤は2台あり、一台はES もう一台はSTAPですとの説明もわかります。
ESは白石・黒石をいじる必要がありません。
STAPはESにできるだけ近い方が見栄えが良いのです。
実際に、リンパ球の黒石碁盤に比べれば、STAPはESに明らかに近いですよ。

STAP幹細胞のメチル図は、誰でも実際に図をみれますから、納得です。
STAP(幹)細胞の碁盤の目も、明らかにリンパ球の碁盤の目とは違います。

ESねつ造派は、STAPをESだというのですから、ESとESを二種類をならべて、リンパ球と比較したとなります。

実はES説では説明ができない点は、レター論文の実験でも同様なのです。
STAP(幹)細胞はESなのですから、ESとES とを比較する実験がずらり並んでいます。

>学さんの無知過ぎるコメントは失礼極まりないものですよ。

学とみ子が疑問に思っているということです。
失礼はお詫びします。
でも、一研究者さんに質問はしたい気持ちはあります。
最初からESだから換える必要がないというのもすばらしいご指摘だと思います。
一研究者さんのこの気づきを、私が尊敬している気持ちを伝えたいです。

STAP幹細胞には、小保方氏はかかわらせてもらえなかったらしいです。
そうなると、幹細胞の方のメチル化実験は、小保方氏以外の方が担当した可能性があります。
しかし、桂報告書は一切、この点に触れていません。

>しかしながら、氏のいう「「DNAのメチル化の実験」についてだけ認めるという感覚は、私には理解できない。」というのは、想像力欠如のように感じます。不正調査報告書の記載のあちこちから読み取れることは、疑義がかけられたおよそ全ての図表について、小保方氏は実験ノートなどの生データは提出せず、知らない記憶にないと言い逃れたために研究不正と認定できなかったということであり、メチル化実験は生データがGRASに保管されていて言い逃れができなかっただけだったということでしょう。

ESねつ造説では、①碁盤の目を入れ替えるのも、②キメラ作成時ESまぜるのも、③STAP細胞を培地を変えて培養して、TS様、ES様細胞を誘導するのも、ねつ造行為です。
さらに、④STAP細胞と、胚盤胞などと遺伝発現のパターンを比較していますね。

③、④は、本当に手間暇のかかるねつ造です。
ひとりで誰にも見られず実験するふりをするなど絶対無理です。

桂報告書は、③、④ には触れませんでした。
誰がどの実験をやったのかすら明らかにしなかったのです。
そして、一研究者さんご指摘のように、①は実際には必要ないですね。

>STAP細胞は、ES細胞のような多能性があるが、ES細胞とは異なる特徴のある細胞である」という論文の理想的なストーリーに合うように、メチル化の作図を行ったことが問題なんですよ。

yap*ari*w*katt*na*さんの認識では、最初からSTAP細胞なんて無いとのご意見と思うので、GRASに残っていて不十分とされたメチル化の取得データにおいて、材料となった細胞はいったいなんだったのでしょうか?

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(続き)
一方

>小保方さんを限りなくクロ扱いしたこの桂報告が招いた「風評に対して」私は混入などしていないと小保方さんは強く主張しているのであり、桂委員会の調査結果に対して反論をしている訳ではありません。
2018/4/7(土) 午後 6:25[ tai*o*no* ]より

>ES混入問題は小保方さんにとって自分の与り知らぬところで訳の分からぬことが起きたという話で、この問題に対する「あの日」での表現の仕方から見ても小保方さんはES混入そのものも確定事実としては捉えてはいないでしょう。
2018/4/11(水) 午後 4:06[ tai*o*no* ]より

と書いている。
理研は告発しないことで小保方氏が犯人扱いされるように故意に仕向けており、小保方氏は自分が犯人だという風評に反論をし続けている、というのがあなたの主張なんですよ。 削除

2018/4/13(金) 午前 9:36 [ plus99% ] 返信する

> plus99%さん
横から失礼します。

>理研は告発しないことで小 保方氏が犯人扱いされるよ うに故意に仕向けており、

理研の立場では、小保方単独犯と世間が思ってくれると助かります。
理研の報告書は、世間がそう考えるように操作しました。

関係者証言があり、レター論文の謎が科学的にESねつ造で解明されれば、理研は告訴しないといけないと思います。それでノフラー氏も納得です。

当方ブログも、謝罪の上にも謝罪です。

しかし、現時点で、混入の証拠など、警察をいれてもわかりません。私は、混入説の問題点を指摘していきたいです。

tai*o*no*さんはループは嫌だとおっしゃっています。

2018/4/13(金) 午前 11:55 学とみ子 返信する

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学とみ子さん

理研の不作為は故意だと立証するべく証拠や証言を集めたらどうですか?
理研は告発義務を怠っていると所轄官庁に告発したらいかがでしょう?

するべきことを何もしないで、根拠のない悪口ばかりを垂れ流すのはやめたらいかがですか?

>小保方氏に迷惑がかからないよう、何をすべきか?考えています。アドバイスありますか?

とか書いているのは大笑いだと思いますよ。
日本人は責任転嫁を特に嫌う民族だそうですよ。
誰それのせいだと、小保方氏が言っていないことまでだらだら垂れ流すのは小保方氏がより嫌われるのを促進するだけであって、大迷惑をかけているんじゃないですかね。それともそれが本当の目的なんじゃないですか? 削除

2018/4/13(金) 午後 0:27 [ plus99% ] 返信する

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>上記のように混入犯がいるという前提に立っていなくても告発すべきだと書いている。

あなたが引用した文をどう読めば「混入犯がいるという前提に立っていない」ことになるのですか。
「被疑者不詳」とは容疑者を特定することが出来ないだけで「混入犯の存在」は前提となります。当たり前ですが。「断定する必要はない」とは、断定はしなくても可能性が高いという形で「混入犯の存在」自体は前提となっています。

これがどうなれば「上記のように混入犯がいるという前提に立っていなくても告発すべきだと書いている。」となるのか。こんな風だから読解力王子数字君と関わるのはメンドクサイんです。

2018/4/13(金) 午後 1:59 [ tai*o*no* ] 返信する

> plus99%さん
>立証するべ く証拠や証言を集めたらどうですか ?

私が問題点と感じるのは、知識あるもの、かつ公平であるべき調査委員会にバイアスがかかっている事です。

証言、証拠を集めたいなら、彼女が元気になってからチャレンジするのが良いと思いますよ。
私の仕事ではないと考えています。

いろいろおっしゃって、あなたは、他人の言葉、行動のどこかを突っ込んでやろうと狙っているんですかね?

結局、人間好きと言うことなんでしょう…。

2018/4/13(金) 午後 2:00 学とみ子 返信する

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そもそも数字君は人の意見の解釈の仕方が歪んでいて、相手が言ってもないことに難癖付ける藁人形論法の常習犯で、相手の論旨を踏み外して斜めから人に絡んで来る「ヤカラ」なので、それなりの対応をした方が良いと思います。

2018/4/13(金) 午後 2:25 [ tai*o*no* ] 返信する

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tai*o*no*さん

>あなたが引用した文をどう読めば「混入犯がいるという前提に立っていない」ことになるのですか。

理研が混入犯がいるという前提に立っていないことは、懲戒を行ったことで示されている。
不正判定されたのは ES混入を含まない4件の不正だけです。
これは周知の事実であり、あなたの発言はこれを踏まえてなされている。

理研が混入犯がいるという前提だと、言ってもいないことに難癖つける藁人形だかなんだかはまさに自分が今やっていることではないかね。

規則で同一事案で重ねて懲戒を行うことはできませんから、石井調査委が不正判定した後桂調査委の報告まで懲戒が行われなかったように、まだ不正があると疑わしい場合には懲戒を先延ばしにして、次なる判定を待たなければいけません。 削除

2018/4/13(金) 午後 3:38 [ plus99% ] 返信する

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学とみ子さん

>いろいろおっしゃって、あなたは、他人の言葉、行動のどこかを突っ込んでやろうと狙っているんですかね?

一研究者ブログにいた時からずいぶん長らく愚民というHNの方については発言が非常に問題があると感じていて注意して読んでいましたよ。
tai*o*no*さんは人物を汚く貶める描写といい、屁理屈でのらくら逃げようとすることといい、私は愚民氏と同じタイプに分類して注意して読んでいますね。


>証言、証拠を集めたいなら、彼女が元気になってからチャレンジするのが良いと思いますよ。
私の仕事ではないと考えています。

彼女が元気になってから自分でやると期待していることの周辺に推測で絨毯爆撃して、彼女がいざ反撃しようとした時に敵意を持った人が何倍にもなっていて証拠や証言が得にくくなる、ということがお望みなんですか? 削除

2018/4/13(金) 午後 4:02 [ plus99% ] 返信する

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ただのロンパ君の屁理屈モードかも知れないけど、人の話を理解する気がまったくないみたいですね。
ちょと話にならないので、さっきの続きになりますが「理研は告発しないことで小保方氏が犯人扱いされるように故意に仕向けており」というのもまた勝手な解釈で、そんな主張はしていません。
2018/4/9(月) 午後 5:58[ tai*o*no* ]にあるように、理研が刑事告発をしなかった理由は、「犯人扱いされるように仕向ける為」だなんてことではなく、単に故意によるES混入の可能性が高いという桂報告書の意見を支持していないということだろうと推測しています。
しかし、そのような見解を表明してしまえば騒動を収めることが出来ないために、官僚的レトリックであたかも小保方さんがESを使ったねつ造をしたかのような印象を振りまいて幕引きをしたと書いているのです。

理研が刑事告発をしなかったことは混入犯が実在しないことの傍証と受け止めることが出来るという主張をしているのであって、『理研は告発しないことで小保方氏が犯人扱いされるように故意に仕向けて』いるなんて話はしていません。

2018/4/13(金) 午後 6:56 [ tai*o*no* ] 返信する

> tai*o*no*さん
>混入犯が実在しないことの傍証と受 け止めることが出来るという主張

ご意見に同意します。

委員会裁定は、数名の構成です。そこでの合意です。弁護士では科学的判断はできません。

一般人では専門分野は分からないし、専門家は沈黙してくれるだろうの読みでしょう。

専門家の方は、あの環境ではとても…などの後の発言があるようです。革命、下ごく上のような、権力の一過性の変革があったかも…と思います。

理研は多様な専門家の集団です。ESねつ造論は支持されないでしょうね。

2018/4/13(金) 午後 7:27 学とみ子 返信する

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>単に故意によるES混入の可能性が高いという桂報告書の意見を支持していないということだろうと推測しています。
しかし、そのような見解を表明してしまえば騒動を収めることが出来ないために、官僚的レトリックであたかも小保方さんがESを使ったねつ造をしたかのような印象を振りまいて幕引きをしたと書いているのです。

>『理研は告発しないことで小保方氏が犯人扱いされるように故意に仕向けて』いるなんて話はしていません。

ぐだぐだだねえ。
理研がどう考えているかも、あなたの単なる推測を述べただけ、
幕引きのしかたもあなたがそういう印象を受けたと、そう述べているだけだということね。

大風呂敷を広げた割には中身はなんにも入っていませんでしたとさ。 削除

2018/4/13(金) 午後 7:40 [ plus99% ] 返信する

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学とみ子さん

>理研は多様な専門家の集団です。ESねつ造論は支持されないでしょうね。

理研の中にSTAP論文に書かれたことに可能性を感じている人が大勢いると信じるなら、、理研の多くの科学者が事務屋の顔色を伺って自分の科学に対する信念を曲げて沈黙しているのだと書き散らかすことがなんの役に立つのか、誰かの迷惑になっていないか考えたほうがいいんじゃないですか?
そう書き散らかすことが、自分の功績になるのでもない、自分の分野でもないことに、自分が獲得してきた研究費を割いて、再現実験をしてくれることを促進するとお考えなんですか? 削除

2018/4/13(金) 午後 9:44 [ plus99% ] 返信する

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世間の一般人も研究者ももはやSTAP なんかどうでもいいし、未来に向けて移行している。もはやどうでもいいくだらない話題に著名な研究者であるノフラー氏に連絡をとった行為は愚かとしか言いようがない。何をしたいのかもはや不明。子供の喧嘩に、他の国の大臣を巻き込むかの行為。恥ずかしいですよ。 削除

2018/4/14(土) 午前 5:55 [ 概日時計 ] 返信する

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> 概日時計さん

>ノフラー氏に連絡をとった行為は愚かとしか言いようがない

ノフラー氏のところも承認制ですし、英語でアウトならそれまでです。彼は、でたらめな幹細胞治療について警告を発する活動をしていますから、社会的な出来事にも関心はあると思います。

2018/4/14(土) 午前 6:15 学とみ子 返信する

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日本語ができないことが問題なんですよ。つまり問題が深刻か深刻でないか判断できない。幹細胞治療で問題にあがっているのはもっとグレーなレベルで問題になる成体幹細胞を用いた治療法です。STAP はもはや科学的には社会問題でも何でもないです。STAP 治療法などというのが日本で行われていますか?いませんよね。ならば巻き込む必要性はないです。 削除

2018/4/14(土) 午前 6:26 [ 概日時計 ] 返信する

> 概日時計さん

>日本語ができないことが問題なんで すよ。

私の事かもしれませんが、そこはどうでもよいです。

科学者層というのは、基本、フレンドリーな人たちです。それぞれのメイルアドレスを公開しています。科学者が興味ないなら、差出人を相手にしないだけです。

STAPにどの位に興味あるか?は、人それぞれですね。

幹細胞治療は、すでに確立した治療法です。
ノフラー氏が警告しているのは、それ以外のものです。

まだSTAPに興味を維持している人が、ここにいらしています。
私は、ESねつ造したら、STAP論文を書けないとの主張です。

反論も歓迎ですが、広く一般論で論じられると、文系でない当方には荷が重いです。

2018/4/14(土) 午前 8:11 学とみ子 返信する

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幹細胞治療は確立されていません。これから発展する分野です。分化段階のどの細胞を使えば有効か。免疫系に排除されないのはどのような細胞か。腫瘍を形成しないようにする方法はどのような方法か。すべて今後十分に検討していかなければいけません。ノフラー氏の警告しているのは確立していない幹細胞治療方が実際用いられて腫瘍化している事実を知っているからです。科学者がフレンドリーなのは将来性がある議論です。ここにはありますか? 削除

2018/4/14(土) 午前 11:49 [ 概日時計 ] 返信する

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概日時計さん

ひとつお尋ねしたいのですが。
ネイチャーはSTAP論文をオープンアクセスにすると宣言したので、そうなった経緯を考えると、マンガの海賊版サイトと同列に扱うのは少し腑に落ちなかったのですが、
ネイチャーがSTAP論文を有料に戻したのは、STAP論文に関して、もう議論すべきことはすべて議論が終わり、責任は果たした、とネイチャーは考えているということだとお考えということでしょうか。「STAP はもはや科学的には社会問題でも何でもないです。」ということの表れであると。
そうであれば、先の海賊版同様という見解も納得するところです。 削除

2018/4/14(土) 午後 0:33 [ plus99% ] 返信する

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> 概日時計さん

概日時計さんのイメージされている幹細胞治療と、当方で考えているものが違うようです。

すでに30年以上前から臨床的実績のある血液幹細胞治療があります。たとえば、国立がんセンター中央病院が以下のサイトを出しています。
https://ganjoho.jp/public/dia_tre/treatment/HSCT/hsct01.html
ノフラー氏はこうしたエビデンスのあるものは推奨し、それ以外に警告を発していると思います。

Mariさん(匿名さん)の投稿はそこがあいまいになってしまったので、当方がへたな英文を当ブログに載せているわけです。

幹細胞治療のイメージで、お互いに誤解があるようです。

2018/4/14(土) 午後 1:16 学とみ子 返信する

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皆さま、遅ればせながら本日、日経サイエンス2015年3月号を見直していて、きづいたのですが、42頁にまざに、メチル化実験のデータ図が載っていました。
白がほとんどの初期化したES,STAP(白い碁盤)と、成熟したリンパ球(黒い碁盤)の図です。

これをみていただけると、上の記事の説明がよくわかると思います。

ここに興味のある方、見てくださいね。

2018/4/14(土) 午後 1:42 学とみ子 返信する

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