学とみ子のブログ

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前回の当ブログ記事で、TS氏が以下のコメントをくれました。
大事な情報だと思うので、こちらに別建てします。Ts.Marker氏のコメントは茶字
Sox21 まとめ
STAP
 Tru-seq 〇
SMARTer 〇
ChIp-seq 〇
STAP-SC
 Tru-seq(Acr) ×
 SMARTer N/A
 ChIP-seq 〇
FI-SC
 Tru-seq 〇 (B6側でも発現)
ChIP-seq(Acr) 〇

和モガ氏の公開データ遺伝子発現の解説は、2017年7月8日の以下のエントリー記事から始まった。Ts.Marker氏、阿塁未央児‏氏による精力的な努力により、遺伝子発現図ができあがり、その中身が和モガ氏による解説つきで見れるようになったのである。
その記事の中で、和モガ氏は、「Ts.Markerブログの5月10日の記事はSTAP細胞の多能性を証明、7月5日の記事は、FI幹細胞のES,TSの両機能が存在する事を証明するものである。」と言っている。

FI幹細胞(FI-SC)には、“ChIP-seqデータ、若山研時代”と、“RNA-seqデータ笹井研時代”という2種類が残っている。この2種のデータ共に、ES細胞とTS細胞の両方の特異遺伝子の発現がみられたと、和モガ氏は書いている。

ご存知のように、FI-SC細胞のRNA-seqデータというのは3種類ある。
そのうちのひとつがOct入りであるが、2種類の細胞が混じっていると評価されてしまった(TS細胞はCD1マウス由来、STAP細胞はOct3/4-GFPのB6マウス由来で、桂調査委員会がFI-SC3としたもの)。

FI-SC1, FI-SC2は、129xB6マウスでアクロシン入りのFI細胞である。
いずれにしろ、FI細胞は、どれも怪しげな細胞であると、桂調査委員会で評価されてしまった。
しかし、この細胞で、ES,TSマーカーの遺伝子発現がみられることがわかった。
それは、笹井氏が言った、まさにSTAPは新しい細胞である事を証明したと、和モガ氏は言っている。
これは、とても大事な情報である。

2017年7月8日以後、和モガ氏のブログで、一連の遺伝子発現の解説記事が続いているので、興味ある方は、元の和モガデータに飛んでご確認ください。
和モガ氏による解説を以下に書きます。青字

http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-153.html
「STAP細胞事件」-桂調査委員会の結論が一発で吹き飛んだ解析データ
2017.07.08 Sat
Ts.Marker氏のブログを久しぶりに覘いたら、とんでもないデータを載せてあった。桂調査委員会の「STAP細胞はES細胞由来」という結論が一発で吹き飛ぶデータだ。
Ts.Marker氏がこの登録データをダウンロードして、遺伝子解析ソフトで画面上にマッピングしたのである。
元データは遺伝子の発現量を調べるためのRNA-seqデータで、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したものであった。TS細胞はCD1マウス、STAP細胞はOct3/4-GFPのB6×129/svマウス(この種の細胞株は論文には書かれていない)、ES細胞はB6×129/svマウスから作られていた。
Ts.Marker氏がこの登録データをダウンロードして、遺伝子解析ソフトで画面上にマッピングしたのである。
Sox21というのはTS細胞特異遺伝子でES細胞では発現しない。以前、遠藤論文にもFI幹細胞がTS細胞とES細胞の混ざりものであるとする論文の指標にもTS細胞特異遺伝子として使われていた。
解析データをみるとSox21はTS細胞では発現するがES細胞ではほとんど発現していない。では、STAP細胞はというとTS細胞と同様に発現している。持ち込まれた細胞株がSox21を発現するなら、それはとりもなおさずES細胞ではないということになり、「STAP細胞はES細胞由来」を完全に否定することになる。
Ts.Marker氏は、生前、笹井氏が記者会見で次のように話していたことを実際に見せてくれたことになる。

http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-154.html
・・・そこで、Ts.Marker氏は他の細胞が混ざっていないこのChIP-seqデータに目を付け、ダウンロードし解析ソフトにかけたのである。
その結果、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したFI幹細胞のChIP-seqデータからES細胞特異遺伝子とTS細胞特異遺伝子の両方の発現を確認し、FI幹細胞の存在を証明したのである。

http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-155.html
・・・公開されたSTAP細胞(RNA-seqデータ)にはSox21というES細胞では発現しない遺伝子の発現がみられた。このSox21はTS細胞で特異的に発現する遺伝子として知られており、これでES細胞ではない細胞であることが分かった。
この細胞を小保方氏らはSTAP細胞と呼んだのである。

一方、FI幹細胞(ChIP-seqデータ)はES細胞とTS細胞の両方の特異遺伝子の発現がみられた。(別のFI幹細胞のデータ(RNA-seqデータ)は2種類の細胞種からなると調査委員会は解析していたが、)、これについてはそのような記述はない。このFI幹細胞にはinputデータがあるので全ゲノムを調べられる。RNA-seqでも分かったのだから、別の細胞種が少しでも混ざっていればすぐ分かるはずで、従って、これは混じりっけなしの細胞種だったのである。そこからES細胞、TS細胞の特異遺伝子が発現していたとすれば、これは紛れもないFI幹細胞だったことになる。
注1;上の文章で、下線のついたこれの意味は、((ChIP-seqデータ)をさす。
注2:inputデータがあるとDNA配列もわかる。

このエントリーでは、阿塁未央児‏氏の10月26日のツイッターを紹介している。
「STAP細胞事件」-STAP細胞の存在を示す公共データベース2017.11.14
出ました!。完膚なきまでに、STAP特異的な発現!。STAP-SCもFI-SCもない。ESCもEpiSCもなし!。オマケのDUX+ESCもなし!。
公共データベースの登録データから「Bmper」遺伝子がSTAP細胞しか発現していないのを見つけたとつぶやいていたのだ
STAP細胞のBmper遺伝子のリード数は472と417あり、かなりな発現量である。対してES細胞は全く発現していない。また、Pou5f1(Oct3/4)はどうかというとES細胞に比べかなり量は低いがはっきりと発現しているのが分かる。

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