学とみ子のブログ

病気と心を語り合いたいです。

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一言居士さんから以下のコメントがあり、レター論文Extended Data Figure 5-e,fを貼ってみました。https://www.nature.com/articles/nature12969

Letter Extended Data Figure 5-e,fのGFPとBFPの共挿入ES細胞の入ったGOFのFI-SCではないのですか。これは若山研に無いESですから丹羽研の提供だとすると、CD1のTSも丹羽研提供ですから、このESもCD1であった可能性はありますよね。無論GOFのFI-SCはあったに決まっている。だって、小保方さんは黒いマウスを渡されているんでしょ。彼女は混乱の中で若山さんをかばうために何を渡されたか知らなかったとまで答えていますね。なんてかわいそうなんだろう。以上です。 削除
2019/3/31(日) 午後 7:56 [ 一言居士 ]                                                        

However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor16 (Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).


ExtFig5の説明です。
Extended Data Figure 5: Responses of Fgf4-induced stem cells to signal modifications. (333 KB)


a-f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6M JAK inhibitor for 48h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments).      e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).

JAKiが無い状態では、ES細胞(1番左パネルa)はOctを発現しているが、JAKiを入れると(左から2番目パネルb)、ES細胞ではOctが消える。
一方、FI細胞の場合は、JAKiの存在に無関係に、FI細胞では(右から1番目d、2番目cパネル)、Octを発現した状態を保つ。
イメージ 2

下に示したExtFig5は、常にBFP(青蛍光)が光り、かつOct-GFP(緑蛍光)が光るように作ったESを、1/10量でFI細胞の上に加えて、JAKiの影響を見た実験です。
JAKiが無い状態(左)では、ES細胞はOct-GFP(緑蛍光)を発現しているが、JAKiを入れる(右)と、ES細胞由来のOct-GFP(緑蛍光)が発現しなくなる結果が示されています。


イメージ 1



ExtFi5g  FI細胞は、2種の転写因子(ESのOctとTSのintegrin 7)を発現する様が示されています。

g, FACS analysis of integrin 7 expression in Fgf4-induced stem cells. Over 40% of Fgf4-induced stem cells strongly expressed both the pluripotency marker Oct4-GFP and the trophoblast marker integrin 7. The bottom panel shows an isotype control for integrin 7 antibody. In ES cells, integrin-7-expressing cells were less than 0.1% (data not shown; three independent ES cell lines were examined).

イメージ 3

                    下図はコントロール



このように、レター論文では、STAP(幹)細胞とES細胞が異なる性質を持つという実験が、次々と並べられているのです。
各比較実験において、実験の手法や質を違えています。
若山氏らの幹細胞担当著者らが、精力的に実験をした様子が伺えます。

さらに、以前に紹介したヒートマップ図など、GRAS担当者も参加した遺伝子解析結果でも、ESとの比較を論文に載せています。

CDBの英知を結集したはずのSTAP論文が否定されたのですから、さまざまな実験が本物ではないと判断されたことになります。

STAP細胞がES細胞であるとすることは、CDB全体の実験能力が否定されたも当然ですから、CDBシニア研究者が、”CDBでの研究は虚構だ!”と叫びたくなるのもしかたありません、

調査委員会が各実験のねつ造判断をどうしたのか?については、一切明らかになっていません。
小保方氏が資料を提出しないから、調査委員会では判定できないとなっています。



         コメント(194)[NEW]
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[連投1]
>> 学さん
素晴らしい場を提供していただいて本当に感謝します。まず確認しなければならないことは、この実験は若山研で行われたものではないという事実ですね。Extended Data Figure 5-a,bの写真はOct4-GFPですね。小保方さんはOct4-GFPのESを若山研で入手はしていませんね。小保方さんが持っているのは学生が作って小保方さんがもらったと言われているOct4-GFPのntESです。さらにExtended Data Figure 5-e,fに使われているGFP/BFP共挿入マウスのESも小保方さんは若山研では入手していません。提供者は丹羽さん、もしくは笹井さんですが、ほぼ丹羽さんだと思われます。というのは公共データ登録されているTSはマウス背景がCD1と書かれていて、これは若山さんが作ったと言っている129B6F1CAGホモマウス背景のTSが分化していたため丹羽研から提供されたと報告されていますね。削除
2019/4/4(木) 午前 5:59[ 一言居士 ]返信する
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[連投2]
因みにこのTSは私があのねさんに提供した分類で以下のようになっています。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input CD1 (CD1系統-スライド)削除
2019/4/4(木) 午前 6:00[ 一言居士 ]返信する
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[連投3]
5件ともCD1とデータ登録されているんですが、Tru-Seqの分析結果は129xB6-CAGと分かりましたから若山さんのTSのようですね。ChIP-Seqは登録名と中身の検査結果が一致していて丹羽さんのものと分かる。公共データ登録は通常は論文の著者が直接行うものですが、小保方さんは直接でなく、2013/11/5に理研に提出していて、理研はそれを2014/2/13にNCBI に提出していますね。つまり間に人が介入しているんです。このデータベースのマウス背景記載はF1がすべて<C57BL/6x129/Sv>とされていて雌雄が逆になっている。Ooboeさんのパートナー氏には是非小保方さんが理研に提出した時のデータ資料を開示請求してもらいたいものですね。削除
2019/4/4(木) 午前 6:00[ 一言居士 ]返信する
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[連投4]
私がGFP/BFP共挿入マウスのESの背景がCD1ではないかと申し上げている理由はお分かりだと思います。遠藤論文が分析したデータは以下ですね。桂報告はTSであるとは言ってない。TSはCD1だと併記しているだけです。でも遠藤さんはこれをTSだと論文で主張しています。そしてその根拠たるや、TS特異的マーカーであるSox21とElf5が発現しているからだと説明したのです。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)削除
2019/4/4(木) 午前 6:01[ 一言居士 ]返信する
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[連投5]
Extended Data Figure3-bのヒートマップの下から1/3の辺りにPou5f1(Oct4)がありますね。CD45,ES,STAPの順に並んでいますが、右端のスケールで、CD45は2-4レヴェル、ESは10-12、STAPは4-6ですね。2を底とする対数表示ですから、リニアにはCD45は4-16、ESは1024-4096、STAPは16-64です。ESの0以上の発現遺伝子を真ん中に置いてESと同じ発現遺伝子に関してCD45とSTAPを比較している。これを見ると丹羽さんの後の検証確認と一致していますね。ESと比較したらSTAPは格段少ない。でも今はそのことを論じているのではなくて、Pou5f1(Oct4)はES特異的遺伝子であるが、Pou5f1(Oct4)が発現していたらESなのではないということの根拠として指摘しているんです。遠藤さんの論拠を思い出してください。TS特異的遺伝子が発現していたらTSだと言ってるんですよ。非論理も極まっている。削除
2019/4/4(木) 午前 6:01[ 一言居士 ]返信する
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[連投6]
遠藤論文はネイチャーで一蹴されて日本分子生物学会主催のGenes to Cellsに拾われた。STAP論文記者会見発表後に竹市さんのところに連名のメールを送った先です(手記142P)。当時の理事長と副理事長が大隅典子氏と中山敬一氏ですね。前者は東北大学、後者は九大でNHKの番組にも出てましたね。因みにBCA報告の松崎さんは東大ですが、理研に来る前は東北大で教鞭をとってましたね。
ここで、見落としていたあのねさんへの返事をさせてください。
>>
一言さんは、若山氏の、小保方さんに真実を告げられないままの論文が笹井さんが入る前、NatureやScienseに投稿していた時点で仮にリバイスされることは若山氏の中に微塵もなかったとの認識ですか?
2019/4/2(火) 午後 9:45[ あのね ]返信する削除
2019/4/4(木) 午前 6:02[ 一言居士 ]返信する
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私とパートナー説(a)
《stapキメラは成功していたのでは》説の根拠は「あの日」に、
様々に若山氏の各時点の情景描写が記述されています。
そこから浮かび上がってくる状況根拠によるものです。
物的科学根拠に基づくものでないので他者に科学的同意を得る
ものではありません。しかし有力な状況根拠と私達は捉えています。
stap幹細胞実験に若山研総出で取り組み出してから、
その情景描写に於て若山氏の舞い上がって行く人間的変化が記述されています。この舞い上がり変化は、ただならぬ動因によるものでしょう。
なんらか重大な成果を達成して欲がふつふつと湧いて来たときの凡人的姿は、ntESでキメラ作製成功ぐらいでは、その変化は説明出来ないと
パートナー直観です。削除
2019/4/4(木) 午後 10:47[ Ooboe ]返信する
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[連投7](入れなくなってました。続きです。)
そう思っています。一蹴されるレヴェルだと思っていたはずです。若山さんも査読する立場の人ですからね。自分でやってできなかったものを、できたことにして論文提出させている。落ちるに決まってる。実際の事実は自分が一番知っていますね。現にけんもほろろでしたね。若山さんは小保方さんをヴァカンティから切り離すこと事だけを考えていたんですよ。論文を提出したら縁が切れるような説明を小保方さんから受けていますよね(手記81P)。ニュアンスは分かりませんけどね。若山さんはあきらめていません。キメラができないことがはっきりした後に、当時はまだ人事秘だった山梨大への転勤の内示を発表できるまで小保方さんを引き留めたいと思ってntES化実験のことは何も話さないでキメラができたと嘘をつき、翌年の転勤発表の時に助手で来いと誘ってますね。若山さんは二つ返事だと思ってたでしょうね。ここで小保方さんが即答しなかったことが話がこじれて行った原因だと思っています。削除
2019/4/4(木) 午後 11:07[ 一言居士 ]返信する
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[連投8]
話を戻します。Extended Data Figure 5-a,b,c,dはESのOct4はJAKiの添加で消えるがFI-SCは消えないというものです。私が錯誤という言葉を使ったことが学さんの誤解を生んでいるようですが、ここの部分の本文は以下ですよね。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out.削除
2019/4/4(木) 午後 11:08[ 一言居士 ]返信する
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[連投9]
笹井さんが一からリバイズしたとされる本文で、コンタミが疑われるからとされているのはSTAP幹細胞で、ESではありませんね。それにそもそもSTAP幹細胞はインナーセルマス由来細胞ではありませんよ。JAKi検査される対象ではありませんよね。しかも、現にSTAP幹細胞のJAKi検証なんて行われていませんね。
この実験ではGFP/BFP共挿入マウス由来のESが使われている。提供者は丹羽さんか笹井さんですね。若山研にはないはずのESです。この実験をさせたのは笹井さんと丹羽さんで、この原稿をちゃんと見ているはずですね。若山さんは記者会見で、レター論文には自分のところでは行えない実験が入っている言っていると述べていますが、ここのことですね。削除
2019/4/4(木) 午後 11:09[ 一言居士 ]返信する
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[連投10]
論文の趣旨に沿って、Extended Data Figure 5-e,fを見てみましょう。ここはいろんな人が指摘しているところですが、FI-SCのOct4-GFPはJAKiの添加で消えませんでしたよね。e,fで使われているFI-SCは無論c,dで使われたものと同じですね。白の矢印の先にFI-SCがある。矢印はブライトフィールドでの同じ位置を示していますね。eの中段はOct4-GFP細胞ですからJAKi添加前も後も光ってないといけませんね。c,dと同じ結果でないといけない。でもどちらも光ってない。最下段はどうかというと、これはブルーのフィルターなんですからどちらも緑色蛍光は見えないのが当然です。ここは問題ない。削除
2019/4/4(木) 午後 11:09[ 一言居士 ]返信する
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[連投11]
そしていよいよGFP/BFP共挿入ESです。青の矢印の先にある。これはESですね。GFPに関してはa,bと同じ結果にならないといけない。つまりJAKi添加前には光っているが、添加後には消える。中段の画像はその通りになってますね。ではBFPに関してはどうなるのが論旨でしょうか。ESなんですからJAKiが添加されたらGFPと同様にBFPも消えないといけませんが、最下段のJAKi添加前はちゃんと光ってますね。でも添加後も光ってるのはどうしたことでしょうか。この実験は笹井さんも丹羽さんも見ている実験です。私が錯誤と言ってるのはその意味です。これ以上書き込むと機械にリジェクトされそうです。以上です。明日、また続きを書きます。削除
2019/4/4(木) 午後 11:10[ 一言居士 ]返信する
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[連絡1]
>> 学さん
一日の連投量に制約があります。お返事は遅れます。ご了解願う。JAKiに関するネイチャー第二レフェリーの査読文だけ先に貼っておきます。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.削除
2019/4/5(金) 午前 8:18[ 一言居士 ]返信する
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[連絡2]
(続き)A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?削除
2019/4/5(金) 午前 8:19[ 一言居士 ]返信する
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[連絡3]
>> Ooboeさん
ntES化してキメラ作成の成功は若山研では毎日全員で行われていることで、何も珍しくありません。小保方細胞核を使ってntESを作り、そのキメラの胎盤が光ったと思ったから舞い上がっているとみています。これも一言で解説はできません。待ってください。その間ご自説開示願う。以上です。削除
2019/4/5(金) 午前 8:20[ 一言居士 ]返信する
> 一言居士さん

>添加後も光ってるのはどうしたことでしょう

ExtFigは、説明は十分にされていません。ですから、参考ということなんですよ。素人には、JAKiがどのくらいの影響があるかわかりません。私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

論文で意味がわからない時は、強引に理由を考えない方が良いです。素人は、謙虚に結果を受け入れたいです。削除
2019/4/5(金) 午前 8:35学とみ子返信する
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Ext Fig5e/fで用いられているのは、Oct4-GFP ESに、BFPを恒常的に発現するよう外部から遺伝子導入した細胞です。未分化状態ではGFPとBFPを共発現しますが、分化するとGFPの発現を失いBFPのみが光ります。Ext Fig5eはJAKiなしのTS培地で2日間共培養する実験で、この状態ではBFP導入ES細胞はOct4-GFPの発現を維持するとレジェンドに書かれています。一方、JAKi添加のExt Fig5fではBFP導入ES細胞は分化してしまい、Oct4-GFPの発現を失う(BFPは残る)という事です。論理に矛盾はありませんが、LIFが入っていないTS培地内でFI幹細胞とES細胞を共培養するとESの未分化状態が維持される理由について、何らかの説明があっても良かったかもしれません(FI幹細胞がLIFを分泌している可能性が示唆されます)。何れにせよ、JAKiによる STAT3の阻害により、ES細胞の分化が誘導されGFP発現のみを失う事を示すコントロール実験としては、問題ないと思われます。学さんの解説であってます。笹井先生や丹羽先生の錯誤ではありません。削除
2019/4/5(金) 午前 9:19[ L ]返信する
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ちなみに、ここで使われたFI幹細胞がCTSとすると、Ext Fig5c/dのGFP発現はAcr/CAGプロモーターからですので、JAKiの影響が見られないのも当然と思われます。しかし、Ext Fig5e/fでFI幹細胞コロニーと思われる白矢印の細胞でGFPの発現が見られない事については、レジェンド内で良いので説明してあった方が良かったですね。おそらくは蛍光検出の条件設定により、ESでの強いOct4-GFP発現と比べ相対的に弱いFI幹細胞のGFPがカットされてしまったのだろうと推測します。Ext Fig5e/fのPDF写真を少し加工すれば、弱い蛍光の痕跡が見れるかもしれません。削除
2019/4/5(金) 午前 9:20[ L ]返信する
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[連投1]
>> 学さん
取り合えず、流出ネイチャー査読文のレターに関する第二レフェリーのコメントのグーグル訳を貼り付けることから始めましょう。
>
著者らは、STAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは異なることを示唆しているが、これに関するデータは決定的なものではなく、STAP細胞またはES細胞の持続的汚染に起因する可能性がある ( 時折あるNanog陽性細胞がそれを証している)。 ES細胞の存在は、JAK阻害剤の存在下での培養によって排除することができ、そしてOct4およびNanog免疫染色によってモニターすることができる。次に、TS細胞との比較のために包括的なトランスクリプトーム分析を実施することができる。TS様細胞からのFgf4を除くととうなるかのデータも提供されるべきです - これは栄養膜巨細胞への予想される分化を誘導するだろうか?削除
2019/4/6(土) 午前 5:18[ 一言居士 ]返信する
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[連投2]
この査読文の日付は2013年4月4日で、手記118Pの日付とも一致しています。小保方さんは同じページで論文原稿のウェブ投稿を終えたのが3月11日の夜中だと書いていますね。この論文は笹井さんがリヴァイズした文章です。特にレターに関しては小保方さんが事前に渡していた未完成論文の文章は全く残ってないと記者会見で答えています。でも、言わんとする内容は変えてないとも言ってますね。笹井さんは文責があるんです。科学的に明らかな間違いがあったら世界の笹井さんの知識によって訂正されていると考えていいわけです。ここに誤りがあるときには笹井さんの錯誤と言っていいわけですね。
Extended Data Figure 5の実験結果は最初の投稿時原稿に無かったという事実はご了解いただいたと思います。つまり、JAKiを使った実験は2013/4/4以後に行われているんです。同様にFigure 2-i,j,kも無かった。学さんが提示されているこの件に関する本文のグーグル訳も貼り付けましょう。削除
2019/4/6(土) 午前 5:19[ 一言居士 ]返信する
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[連投3]
>
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞(ICMタイプ)を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7(ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ)に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP(拡張データ図5g)を高レベルで発現した(拡張データ図5g)。削除
2019/4/6(土) 午前 5:19[ 一言居士 ]返信する
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[連投4]
第二レフェリーはSTAP細胞かES細胞がコンタミしている可能性があると言ってますね。その理由として時折Nanogの出ているデータがあると指摘している。で、もしESのコンタミならJAKiで取り除けると言ってるんですね。 could be excludedと表現している。取り除くという意味ですね。<constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells)>も存在していてはいけません。ただし、査読者はcouldと言ってますね。できるんじゃないかと言ってる。削除
2019/4/6(土) 午前 5:20[ 一言居士 ]返信する
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[連投5]
他方、笹井さんは論文の中でどう言ってるかというと、<STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない>と言ってるんです。査読者はESのコンタミでないことをJAKiで検証したらとアドヴァイスしているのに、笹井さんはSTAP幹細胞のコンタミがないことをJAKi検証したと書いている。ところが、実際の実験ではSTAP幹細胞は使われていませんよね。私が笹井さんの錯誤と言ったのはこのことで、錯誤には錯誤の原因がありますよね。ES細胞のコンタミはありませんという論文記述はできないんですね。どうしてかはお分かりですよね。コンタミなんてあり得る実験環境はラボとして最低です。そんな可能性があるかもしれないからと自分で言うような論文はあり得ません。そんなことする前に実験の基礎から勉強し直せと言われてしまう。削除
2019/4/6(土) 午前 5:20[ 一言居士 ]返信する
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[連投6]
でも、笹井さんは論文を通してやるのが使命です。査読者の言ってることを笑止というわけにはいきません。そんな態度ではリジェクトされてしまう。ご機嫌は取らないといけませんね。文責は笹井さんですね。実際にはESの実験しかしていないのに、本文ではESという言葉をSTAP幹細胞という言葉に置き換えたんです。その時にレトリックを駆使した。
<先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。>と書いていますね。<内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞>ってESのことですね。注意深く読むと、直前のSTAP幹細胞を受けているのではないと分かりますよね。もしそうなら間違いになる。STAP幹細胞はICMタイプではありません。彼が微妙な作文をしていることに気づかれると思います。削除
2019/4/6(土) 午前 5:22[ 一言居士 ]返信する
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[連投7]
そして、続く<対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。>という文章も単独では嘘にはなっていないですね。宙に浮いたのは<STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない>という文章で、この結末はどこにも落ちていないし、実験も示されていない。削除
2019/4/6(土) 午前 5:22[ 一言居士 ]返信する
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[連投8]
先行する論文は参照文献で示されているが、この論文がレフェリーの言っているように、<Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor, >と主張しているかどうかは、我々が読んでも別問題だと分かりますが、笹井さんならもっと分かっているでしょうね。でもリジェクトされない作文が必要ですね。でも、そもそもそんなことしていいんでしょうかね。削除
2019/4/6(土) 午前 5:24[ 一言居士 ]返信する
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[連投9]
学さんが先へ先へ進まれていることは承知しています。学さんらしく直感的表現で、<STAP論文を世に出すことの危険性を、なぜ、一流の学者たちが予想しなかったのか? >と問われた真意は分かっています。アーティクルのアブストの中に以下の文章があって、彼の内心の葛藤を漏らしたものと思っています。彼は万が一に備えて自分のことを告白しているんですよね。
>>
Thus, our findings indicate that epigenetic fate determination of mammalian cells can be markedly converted in a context-dependent manner by strong environmental cues.削除
2019/4/6(土) 午前 5:26[ 一言居士 ]返信する
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[連投10]
この実験は2013/4/4以後に行われている。Ooboeさん。したらばでの桂報告書の35の間違いを思い出してください。スライドにある<RNA-seq(2013.1:最終)>は2013.6ですから訂正を要求しないといけないと申し上げた。本文には6月とあるのにここで1月としているのは間違いを装った虚偽である可能性すらあるとお気づきですか?もどかしいですが書き込み量制限があるので明日にします。以上です。因みに<以上です>が無いまま止まっているとき、私は書き込めない状態に陥っていると判断されてください。以上です。削除
2019/4/6(土) 午前 5:27[ 一言居士 ]返信する
> 一言居士さん

>学さんが先へ先へ進まれていることは承知しています。
あなたの方が、先に進んでますよ。でも、考えすぎてそこでエネルギーを消費してないですか?

>学さんらしく直感的表現で、
>STAP論文を世に出すことの危険性を、なぜ、一流の学者たちが予想しなかったのか?

私は自然体ですが、直感的とは思いません。誰でも考えます。

むしろ、川合理事が(小保方氏を)無能呼ばわりをしていると想像する人たち(ため息グループ)は異常です。ため息グループは、操作された情報を無批判に受け入れています。

理研上層部が、共に研究をしていたグループでもない新人を、根こそぎけなしたりしませんよね。理研に来る人は、レベル以上の人間であることは暗黙の了解です。

ため息グループの方々は、本当の秀才たちに囲まれて仕事をしたことがないので、秀才が秀才たるゆえんをイメージできないのかな?

ため息グループの方々は、それぞれが属するコミュニティでは、知恵者なんじゃあ〜ないかな。削除
2019/4/6(土) 午前 9:47学とみ子返信する
サラリーマン生活29年さんが以下のコメントです。

>博物館長から聞く限り、科学コミュニティの方々は

前にも、お知り合いの博物館館長さんの談話の紹介がありました。知識人の代表として、館長レベルの方なら、科学を正しく評価しているはずと、サラリーマンさんは認識されてのコメントかと思います。

でも、STAP細胞の新規性と専門性については、他分野の知識人にとっては、評価は難しいでしょう。

細胞専門家が集団でSTAPを否定したから、非専門家知識人もES偽物を信じました。

その実態は、CDB京大体制をひっくり返すために、政官協力の企てに進展した事件です。

一研究者並みの理解がある教官ならば、この件で、STAP派をなじらないでしょう。一研究者も小保方否定から始まりましたが、途中で陰謀に気付きました。削除
2019/4/6(土) 午前 11:57学とみ子返信する
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「あの日」若山氏描写記述によるStapキメラの作製成功パートナー説
「ipsよりすごいものを作った」
「ips研究のような大型予算を」
と繰り返す若山氏の様子の記述は、ノーベル賞に匹敵する成果を達成した
との強い胸中の発露でしょう。
小保方スフェア核使用のキメラ作製や
胎盤寄与程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮と、
パートナーの解釈です。
小保方スフェアによるStapキメラ作製成功でないと、歴史的生物学成果の興奮とはならないでしょう、削除
2019/4/6(土) 午後 6:16[ Ooboe ]返信する
> 一言居士さん

>ネイチャー第二レフェリーの査読

情報をありがとうございます。

この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか?他のレフェリー分もあるのですか?削除
2019/4/6(土) 午後 8:06学とみ子返信する

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[学さんへのお答え1]
>>学さん
>核移植して一旦ES化した細胞は、ES細胞でしょう?

受精卵ESは自然のインナーセルマスから取り出した一次人工幹細胞です。ntESは体細胞核をリシピエント卵でリプログラムした時点で一次人工幹細胞で、その発生途中のインナーセルマスを取り出した時点で二次人工幹細胞ということになり、更にキメラ胚に入れて発生途中のインナーセルマスから取り出した三次人工幹細胞です。同じだと考えるのは危険でしょうね。それが胎盤の問題に発展したと思います。 削除

2019/4/20(土) 午前 9:06 [ 一言居士 ] 返信する

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[学さんへのお答え2]
>核移植技術を黙ってやったら、すぐ、ねつ造論文になってしまいます。

あなたが諸般の事情を配慮されてアップされなかった私のコメントに答えは書かれていますよね。私はさういうご疑問に先回りしてお答えしている。論文が通らなかったら捏造論文にはなりません。なぜこうなったかの経緯はアップされなかったところを再読されてください。以上です。 削除

2019/4/20(土) 午前 9:08 [ 一言居士 ] 返信する

> 一言居士さん

> それが胎盤の問題に発展したと思います。

実験で確かめる作業が必要です。実験の必要があるかどうかを考えるのは、科学者の仕事です。その実験に、お金、手間、時間、技術、成果等々が見合うか?でしょうけど。

2019/4/20(土) 午前 9:45 学とみ子 返信する

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[培地の違い1]
>>学さん
前回の続きです、まず以下はレター論文の最後の二つの文章です。
>>
As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. 削除

2019/4/20(土) 午前 11:56 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い2]
(続き)
Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation. 削除

2019/4/20(土) 午前 11:56 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い3]
Extended Data Figure 5-a,bの培地はES細胞なんですからES培地ですね。ではc,dの培地はなんでしょうか。Fgf4誘導細胞の作り方はFigure 2にあります。STAP細胞をFGF4培地に入れる。すると最初Oct4-GFPの蛍光していたものが7日目辺りで消える。そして第一回目の継代をon feeder条件で行った時点でうっすらととまたOct4-GFPが蛍光する。この状態の免染とqPCR結果がc,d,e です。Oct4が少し、Cdx2とEomesがたくさんという結果です。 削除

2019/4/20(土) 午前 11:57 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い4]
それに対して、Extended Data Figure 5-c,dの培地は何なのか。リジェンドには以下のようにある。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b). 削除

2019/4/20(土) 午後 0:01 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い5]
(続き)
The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm. 削除

2019/4/20(土) 午後 0:02 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い6]
条件がfeeder-freeになってますが、培地が何かは書かれていない。しかし、Figres 2の作り方なら常識的にはFGF4培地だとしておきましょう。ここにJAKiを入れた。そもそも論文上はSTAP細胞はインナーセルマス由来ではありませんから、そこから誘導されたとされるFI-SCが元論文の通りになるかどうかも分かりませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていた。これが仮に我々の仮説であるntESだったとしても受精卵ES細胞で行われた元論文の結果と同じになるとは限りませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていたわけです。 削除

2019/4/20(土) 午後 0:03 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い7]
ではe,fの培地は何なんでしょうかね。リジェンドは以下です。
>>
e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells). 削除

2019/4/20(土) 午後 0:08 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い8]
(続き)
Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f). 削除

2019/4/20(土) 午後 0:09 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い9]
ここではTS培地だとはっきり書いてありますね。Fgf4が入っている。c,dが本当にTS培地なら同じです。この場合常識的にはeの中段は光ってないといけない。何度も書いている通りです。でも、c,dはfeeder-freeとは書いてあるがTS培地であるとはっきりとは書かれていませんでしたね。仮にこれがa,b,c,dともにfeeder-freeのES培地だったらどうなるのか。
a,bはそもそもコントロールのES細胞なんですからともかくとして、この場合この細胞はFigure 3で説明されているES-likeに転換されたFI-SCだということになる。これだととても大量のESマーカーを発現して、TSマーカーの発現が少なくなる。このことはFigure 3-bで証明されている。 削除

2019/4/20(土) 午後 0:10 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い10]
FI-SCはTS培地の中ではES特異的マーカーであるOct4を発現していないか、もしくはとても微弱という意味です。光ってなくていい。それに対してES細胞はFgf4の入ったTS培地の中でどれだけ生き続けられるのかは知りませんが、取りあえずはOct4-GFPを発現している。しかし、JAKiを入れると分化してしまうのでOct4-GFP発現を失う。BFPの方はCAGですから分化し始めても蛍光しているということですね。これで実験結果に不合理は無いということです。 削除

2019/4/20(土) 午後 0:11 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い11]
Extended Data Figure 5-cのFI-SCのOct4-GFPが蛍光しているのに、5-eのOct4-GFPが蛍光していないのは、前者の培地がES培地であり、後者の培地がTS培地だからだということです。前者は査読者の求めに応じて、まずES-like転換後のFI-SCにJAKiを添加してES細胞でないことを示したもの。後者は、TS培地の中でTS-like転換されているFI-SCのOct4-GFP蛍光がなく、混ぜているES細胞ではOct4-GFP蛍光があり、JAKi添加後では消えるという違いを示しているものです。 削除

2019/4/20(土) 午後 0:13 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い12]
論文のリジェンドの説明では培地の違いが分かりにくいですね。ど素人には理解しにくい。でも、本文の説明をよく読めば、 <our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. >の実験ってExtended Data Figure 5-e,fの実験では無いかと気づけますね。 削除

2019/4/20(土) 午後 0:14 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い13]
プロトコルにある培地の説明です。
>>
(i) ESC maintenance medium consists of KnockoutTM DMEM (Life Technologies), 20% FBS, 1 × NEAA, 1 × Glutamine, 1 × Nucleosides, 10-4M 2-mercaptoethanol, and 1000 U/ml LIF.
>>
(i) TS medium consists of RPMI 1640 with 20% FBS, 1 mM Sodium Pyruvate, 100 µM 2-mercaptoethanol, 2 mM L-glutamine, 25 ng/ml of recombinant FGF4, and 1 µg/ml of heparin. 削除

2019/4/20(土) 午後 0:15 [ 一言居士 ] 返信する

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[培地の違い14]
小保方さんはFI-SCの遺伝子解析においてもリジェンドの中で培地の違いを明確にしないで書いています。すべてがTS培地にある状態での遺伝子発現なのか明確でない。
一連の考察は無論桂報告の欺瞞を明らかにしていますが、肝心のSTAP細胞は論文通りの形であったのか否かはこの検討だけではわかりません。"あった"か"ntES"であったのかは12/27テラトーマの体細胞組織と言われた試料の説明がつくかつかないかで決まる。ntESなら説明できるということです。
そして最後に残された問題は光る胎盤ですね。次回にします。以上です。 削除

2019/4/20(土) 午後 0:17 [ 一言居士 ] 返信する

> 一言居士さん
いろいろ、コメントありがとうございます。

しかし、相互の平行線は、当分埋まらない気がします。まあ、それでも、STAP細胞の理解には有用と思います。

あなたが大事と思うことでも、学とみ子にとって押さえておくべき大事な事ではないと判断するものがあります。大事でないと判断すると私は忘れてしまいますが、後から、それが間違いであると反省することもあります。

あなたは、不明な部分をご自身の解釈を補って理解しようとしますが、ここが学とみ子にはついていけない点です。

あなたのおうちに出掛ける事もあると思いますので、よろしくお願いいたします。

2019/4/20(土) 午後 1:03 学とみ子 返信する

一言居士さん
コメントもできれば、記事にコピーして移行させたいと思います。1記事は、三万字制限のようですので、分散してコメントを書き込んでください。

2019/4/20(土) 午後 1:09 学とみ子 返信する

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ここは写真があって好きなんですけど、了解です。 削除

2019/4/20(土) 午後 5:48 [ 一言居士 ] 返信する

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