学とみ子のブログ

病気と心を語り合いたいです。

万能細胞 iPS ES STAP

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天敵ため息ブログに、以下を書き込まれてしまいました。
学とみ子は、しばらく、したらば掲示板は読んでいなかったので、ちょっとショックでした。

青字
>学さんには他の人に先んじて僕らのブログの場所を教えていたんだけどね。
がっかりだね。
 学さんとの対話も終わったんでそろそろ皆にも知らせる準備をしようかな。
2019-06-10 12:55:54

>学さんはあの対応だと我々ど素人の真剣さをなめてるな。
そんなもんだと思えみたいな。
無茶苦茶だ。
ここは我々のntES論が間違ってることを証明されているところかもしれないからとても重大だ。
間違ってたら別の道を探さなくちゃいけなくなるんだからね。

>在原業平
彼女は途中から我々のコメントをアップしなくなった。
そして一部だけを都合よく利用していたね。
そして後に分かったがLさんのコメントもアップしてなかった。
もちろん向こう側のは以前からだし、こちらですらこうなんだからあちらは当然そうだろうとは推測していたけどね。
2019-06-04 07:31:46

学とみ子:ヤッパリさんと同じことを言わないでください。Lさんのコメントは気づかなかっただけです。そこから、私はパクってなんでいませんよ。

私は、一言居士さんを応援してきたつもりですが、結構冷たいお言葉で・・・シクシク😢
私が一言居士さんのすべてをアップしないのは、いろいろな理由があります。

私の中では根拠があります。

まず、一言居士さん自身で、後で間違いに気づくであろう(間違い)記事はアップしません。
一言居士さんの誤解に基づく記事は、ご本人が後で修正するでしょうが、学とみ子ブログの第三者の読者が混乱することを恐れます。

さらに、当ブログは、ため息ブログの大いなるターゲットになっている事もアップしない理由となります。
最近のため息氏の攻撃は特にひどく、ため息氏自身が議論のリーダーシップをとっているとの虚勢をはります。学とみ子を論破していると言います。
「ため息氏は勉強不足!}が、ため息氏にとって、とんでもない心外!なようです。
「俺の方が知っているんだ!科学的に論破しているんだ!」と大パフォーマンスしてます。

時々、一言居士さんの考察は深すぎる、こだわりすぎるの問題点があります。
そこにこだわると他の大事な部分を見逃すと、学とみ子が忠告したくなることがあります。
似たような内容で物理的に記事数が多すぎる場合もアップされません。
ごめんなさい。

学とみ子が、理解できない、説明できない領域に及ぶ記事はアップしません。

それでも、最近の一言居士さんは、ご自身で研さんをつまれて、一時的に迷走されても短期間でうまく収まって行くようです。
一言居士さんご自身でも、「自分で学ばなければいけない!」と言っているように、確かに、自己研鑽で良い方向に向かっていると思います。

ため息氏のように、何も進まず、揚げ足取りに奔走する様子とは、一言居士さんは対照的です。

細胞学の専門家でもない一般人が、STAP事件不可解な経過に気づき、勉学を進めて、STAPの謎を解くというのは、サクセスストーリーです。ドラマ性もあります。こうした啓発により、一般人のSTAP支持が広がりそうです。

但し、一言居士さんには、男性特有の「武士は食わねど、高楊枝」的矛盾があります。
時には、「素人の本気」とも言うし、時には「便所の落書き」などとも表現するので、女性は混乱します。

さらに言わせてもらえば、一言居士さんに得策になるはずですので、科学者層の意見を大事した方が良いです。
あからさまに桂報告書を否定できない(科学者たちの)立場を考慮すべきです。
科学者たちは、特に日本では、理研裁定反対は難しいと思います。
研究者本人の身元が暴露されたりするでしょうし、意地悪チェックも、相当にあるのではないか?と思いますよ。
学とみ子の個人情報まがい暴露どこの騒ぎではないと思います。
小保方氏救済をめざすなら、科学者層を攻撃しない方が得策です。
STAP派の理論武装には、科学者層は大事です。

話を変えます。したらば掲示板の内容に触れます。

調査結果
 小保方氏と笹井氏の連名により提出された Figure 1i の元になったゲルの写真 の電子ファイルと実験ノート類及び同図の作成経緯と方法の書面による説明、並 びに両氏からの個別の聴取内容を精査した結果、Figure 1i の図は 2 つのパルスフ ィールド電気泳動ゲルを撮影した2枚の写真に由来する加工画像であることを確認した。
同電気泳動においては、合計 29 のサンプルを、サンプル 1 から 14 をゲ ル 1 に、サンプル 15 から 29 をゲル 2 に電気泳動したこと、Figure 1i のレーン 1, 2, 4, 5 がゲル 1 の左から 1, 2, 4, 5番目のレーン(標準 DNA サイズマーカーを レーン 0 として左から番記)に相当し、レーン 3 がゲル 2 のレーン 1(同)に相当することを、各ゲルに写った写真情報から確認した。
なお、ゲル 1 のレーン 3 とゲル2のレーン1はともにT細胞受容体遺伝子再構成を示すポジティブコント ロールであり、それぞれ脾臓の CD45+血液細胞と CD45+CD3 T リンパ球由来の DNA の PCR 産物を泳動したものである。

学とみ子はこの石井報告書を読んでないです。(いろいろ抜けていますがすみません)
ここで、大事なのは、ゲル2にはコントロールがあるということですよね。つまり、図として評価できる状態にあるということです。それなのに、石井委員会は大事な所見を削除してしまったのです。

ペリー・メイスン 氏はいかのように言っています。
>石井調査チームはここに2Nキメラの電気泳動写真があるということの重大さには当時まだ気づいていないね。

これは、学とみ子的解釈では、そのような理研研究者が検証調査をやっていたということは重大だと思いますね。そこに謎があるのですから、問題とすべきです。

ヤッパリさんが長いこと、TCRバンドは1本、あるいは数百の塩基の欠損と間違い解釈をしていたのですが、これこそ、多くの研究者層がTCRバンドの解釈を間違っていた事実を象徴します。

吉村氏は、あくまで1個のT細胞が胚で生き残ったと仮定しています。何個のT細胞が胚内で生き残り、キメラに寄与したのかはわかっていません。ここで、ボケた本数を考えるより、どのような条件でバンドがぼけるか、本数が読みにくくなるかを考えた方が良いです。



一言居士さん、学とみ子のやり方が不満でも、私はあなたの努力を評価しています。
あなたが勉学を積まれて、ここまでSTAPの謎の解明に頑張ってきた成果は、将来、一般人のSTAP理解につながって行くと思います。

それから、最後に聞きますが、一言居士さんは、一旦ここへアップした情報を消してしまったのではありませんか?

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ため息氏の以下のコメントに接して、学とみ子は少し安心していました。
このため息コメントは、まともでしたね。
>あるいは、科学は仮説を立て、その仮説の妥当性を実験・観察で検討するのであって、仮説が誤りであることはいくらでもある。学とみ子の説はそのような仮説なんだから、訂正されるのは、次のステージに登るための一歩である なんてことを言うのでしょうかね?

学とみ子は仮説を披露しているのだろうと、ため息氏はご自身のブログに書かれていました。
しかし、2019/6/8(土)の新たな学とみ子コメントに対しては、又、ため息氏は、元に戻った感があります。

さて、問題の以下の学とみ子コメントです
2019/6/8(土) 午後 3:39に学とみ子コメントです。茶字

学とみ子
>しかし、ため息氏は、学とみ子はT細胞からキメラはできないと言ったと言い続けます。
ここを、学とみ子バカ呼ばわりの手段にしてます。
今回も、ため息氏は、学とみ子は、胚の感知能により元T細胞は排除されると言ったじゃあないか!と何度も言います。

このコメントに対するため息氏が以下のように返信しました。

ため息氏
>どうやらTCR再構成のあったT細胞からキメラはできないという学とみ子説と2NキメラにTCR再構成があったかのような実験結果(石井委員会で提示されたゲル2、特許申請図20)との整合性をとるために、前者の説がなかったことにすることを始めたようです。


”学とみ子は嘘つき、ごまかそうとする人”に結び付けないと、ため息氏は満足できないようです。
こうした印象操作にがんばるため息陣営ですが、これからもつづくのでしょうか?

学とみ子がブログで伝えたいと思う時、自由競争の社会においては、当ブログを潰そうとする人達がいたら、学とみ子は受けて立たざるをえないのでしょうかね?
無視すれば良いとは思うのですが・・・・・、
「学とみ子はため息氏に論破されて、手も足も出ない!}
なんて感じる人もいるらしいから、学とみ子は反応しちゃうのです。

実は、2019/6/8(土) 午後 3:39の学とみ子コメント文章があります。
これに対しても、ため息氏の反応がありました。
 
学とみ子
>ジャームラインは、完全型のDNA配列です。将来の個体となる予定の生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求されます。しかし、一方で、胚の免疫寛容が働けば、遺伝子改変細胞から体細胞寄与はOKなのかもしれません。

このジャームラインコメントに対するため息ブログです。青字
ため息氏
→ 意味不明
「生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求」??
初期の胚には免疫システムそのものがないからキメラ動物ができるのでしょ?これを免疫寛容というの?

ここについて、学とみ子が少し説明します。

一旦、細胞が配偶子になると、細胞が改善される現象があります。
これから生命体となる細胞は完全なものである必要があるからです。
動物が優秀な子孫を残すために、細胞独自の生き残りスキルです。
こんなこと、医学部の人なら知っていると思いますけどね。
こういう発想が、ため息氏にはないのですかね?
意味が全く分からないと言っています。困った人です。
ため息氏はつかさず、「そういう意味じゃない!」と言うかも・・・。

卵子や精子になると、細胞は改善する現象があり、実験でもジャームラインを通したりしますよね。
ミトコンドリアDNAのヘテロプラスミーは、STAP細胞でも問題になりましたね。
たまたま、西川先生のサイトに以下のような記事がありましたので、貼っておきます。                       

10月19日:凄まじい淘汰のおかげでミトコンドリアの質が保たれている(アメリカアカデミー紀要オンライン版掲載論文)

おそらくタイトルの生殖細胞ボトルネックと言う言葉を知っている方は少ないだろう。これは卵子形成過程で一度ミトコンドリアの数が急速に低下した後、分裂により元にもどる現象を指す。これにより、機能異常をもつミトコンドリアを淘汰していると考えられている。さて、この研究では39組の母子の細胞内のミトコンドリア遺伝子配列を調べて、細胞内に突然変異を起こしたミトコンドリアがどの程度存在しているのかを調べている。ミトコンドリアの遺伝の理解を難しくしている原因が、ヘテロプラスミーと呼ばれる現象で、一つの細胞に正常と突然変異を持ったミトコンドリアが共存することを言う。ミトコンドリアゲノムが独立性を持つため起こる状態だが、一つのミトコンドリアで突然変異が起こっても、細胞内には多くの正常ミトコンドリアが存在するため異常が表に出ない。ただ、分裂しない神経細胞などで、異常ミトコンドリアの増殖が高まり細胞を占拠し始めると症状がでてくる。他にも、先に述べたボトルネックを通るとき、異常ミトコンドリアの比率が急に増えることがあり、お母さんは正常なのに子供で病気が急に発症したりする。実際今回の研究で、ほぼ全ての親子で、突然変異を持つミトコンドリアが見つかる。また、突然変異の1/8は病気を起こす可能性がある突然変異だ。幸い、その割合は低く、1例を除いてそのままで異常を起こす事はない。また、アミノ酸変異を起こす突然変異は、ボトルネックの際淘汰されるのか子供に伝わりにくい。とは言え、20代に出産した組を30代で出産した組と比べると、異常ミトコンドリアが子供に伝わる確率は2−3倍上昇する。さらに39組中1組で子供の細胞で異常DNAが急激に増加しているケースも発見されている。以上の事から、ミトコンドリアヘテロプラスミーは誰にでも見られる事がわかる。そして、生殖細胞ボトルネックが異常ミトコンドリアの挙動を左右している事も良くわかった。このためこの研究では、ボトルネックでミトコンドリアの数はどの程度低下するのかを計算している。すると驚いた事に、普通なら10万個程度存在するミトコンドリアが一度は40個以下に減少する事が計算からわかって来た。とすると、ミトコンドリアは氷河期の人類が晒されたのと同じ様な凄まじい淘汰に毎世代晒されている事になる。この結果が裏目に出る事もあるが、このおかげで私たちは異常ミトコンドリアに占拠されずに済んでいるようだ。地道だが、ミトコンドリア病を理解するためには重要な研究だと思った。

コメント(26)
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[FACS1]
>> 学さん
ゲル2と特許図にキメラマウス尾部細胞らしきもののTCR再構成のPCR検査結果がある。あなたのご判断は以下です。
>>
(2)TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える

従って、写真が偽物であるか、検体に白血球が混じったりしていない限り、キメラ体細胞がT細胞由来であることは証明されたように見える。でも、あなたは小保方さんのこのPCR結果はそれ以外の由来細胞の存在を排除できてないとおっしゃる。削除
2019/6/9(日) 午前 8:18[ 一言居士 ]返信する
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[FACS2]
例えばライブセルイメージングでは蛍光細胞が移動していてマクロファージが選別の際に検体の中に残っているのは明確です。おそらくこの時はCD45+のみでFACS選別したんでしょうね。でもゲル2において小保方さんはCD45+とCD3+でT細胞を選別している。TCR再構成を調べるということになって、できるだけT細胞のみを選別しようとしたわけです。そして、酸浴して蛍光しているSTAP細胞にはTCR再構成があった。論文の論旨的には、ここで証明されたことはOct4-GFPが発現していない体細胞であるT細胞が酸浴刺激によってOct4-GFPを発現し、光ったということです。光ったのは他のどんな幹細胞でもなく系譜決定されていたT細胞がリプログラムされたからなんだよと主張した。TCR再構成のPCR検査自体は検体がT細胞のみである限り酸浴前でも酸浴後でもラダーの出るのが当たり前ですね。削除
2019/6/9(日) 午前 8:19[ 一言居士 ]返信する
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[FACS3]
そして、いよいよ若山さんが小保方さんの作ったこのときのT細胞由来STAP細胞をキメラ胚に移植して、2Nキメラを作った。そしてこのキメラマウスの、明確には書かれていないが、尾部であろう体細胞組織のDNAをPCRにかけて、小保方さんが論文に書いているプライマーで挟んだらラダーが出たということです。従って上述しているようにこの結果が本物なら、このキメラはES細胞由来ではないと証明されたことになる。つまり桂報告はでたらめだということです。どこにあったかも分からないような太田ESなんかは使われていないということです。削除
2019/6/9(日) 午前 8:20[ 一言居士 ]返信する
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[FACS4]
従って、以後は、以下の二つを検討していけばいいわけです。私は今ジムさんのブログでそちらの方向に進んでいる。
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている削除
2019/6/9(日) 午前 8:20[ 一言居士 ]返信する
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[FACS5]
ところが"ある派"のあなたはもう一つの可能性を主張なさっている。つまり、

③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである

その根拠は不完全なDNAを持つ細胞は胚の中で排除されるというものですね。脾臓構成細胞の中でT細胞以外で一番多いのはB細胞ですが、無論あなたの説ではこれもありませんね。マクロファージを仄めかしておられましたかね。削除
2019/6/9(日) 午前 8:41[ 一言居士 ]返信する
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[FACS6]
酸浴下では細胞は生き残るのが精いっぱいの努力で無論増殖は出来ませんが、FACS選別でわずかに含まれていたリンパ球以外のTCR、もしくはBCR再構成の無い白血球もしくは他の脾臓構成細胞が生き残って、しかも、酸浴でOct4-GFPを発現している細胞が7日目にたくさん残っているということはちょっと考えにくいので、最初に含まれていた割合で少量残る。それを若山さんが20個程度の塊で、100個程度のキメラ胚に入れたわけです。これは由来はともかくとしてキメラ自体は他のケースでたくさんできています。Article Extended Data Figure 7-6で、264個のキメラ胚に対して64個体のキメラを得ています。24%の達成率です。FACS選別ですり抜けた細胞の量を全体の1%とすると酸浴して残るのもそのままの含有率でとみなせる。20個づつ入れるとして5280個の細胞の中の1%というのは52個です。これが均等にばらまかれてすべてキメラになったと仮定するとほぼそういう結果になりますね。ESでも半分くらいしかできないと仮定しても含有率を2%と条件を少し変えるだけで可能になりますね。削除
2019/6/9(日) 午前 8:42[ 一言居士 ]返信する
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[FACS7]
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである

こういう理解で、この3つを検討すればよろしいですか? 以上です。削除
2019/6/9(日) 午前 8:42[ 一言居士 ]返信する
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> 一言居士さん

一言居士さん、考察中です。

>もしくはBCR再構成の無い白血球もしくは他の脾臓構成細胞が生き残って、しかも、酸浴でOct4-GFPを発現している細胞が7日目にたくさん残っているということはちょっと考えにくいので、

アーティクル論文Fig1dで示されるように、5日目からSTAP細胞の6割位がGFP陽性細胞で、構成されます。こういう論文図表は逃さないでしっかり見て欲しいです。

それから、ホストキメラ由来のTCRクリアバンド(体細胞DNAにTCR−DNAが多く含まれる証拠となる)から、肉眼的に体細胞が元T細胞STAPに由来することが判定できます。研究者はT細胞並みのTCRの検出と表現されています。見る人にはそう見えるということです。しかし、それ以上はわかりませんので、この検査の精度はそこまでです。削除
2019/6/9(日) 午前 11:26学とみ子返信する
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酸浴後にどのタイプの細胞が残ったのかはわかりません。酸浴前には少なかった細胞種が、酸性環境に抵抗性なら(生き延びれれば)、酸浴後にその細胞が増えています。

臓器には臓器幹細胞が存在していて、特に新生児期の動物には組織幹細胞が多く存在し、初期化しやすいことが知られています。つまり、CD45で選別できる分画の中に、そうした初期化能の高い細胞がいて、それが酸浴刺激で選択されてSTAP細胞になった時、初期化能の高い細胞数が増えた可能性もあります。

この酸浴後7日間で細胞にどのようなイベントがあるのか、誰もまだ調べていません。ハーバード大学の検証実験では、酸浴後細胞を7日間生かしておけていません。
つまり、これでは検証実験ではありません。本来、こうした問題がもっと議論されてしかるべきだったと思います。削除
2019/6/9(日) 午前 11:26学とみ子返信する
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T細胞を集めてTCRを見た実験は、STAP細胞のTCRを見る時にはつかわれましたが、キメラや幹細胞実験は関係ありません。すなわち、T細胞由来STAP細胞からキメラが作れたとはかかれておらず、キメラにはTCRが無くても良いのです。

キメラをつくったCD45+細胞は、幹細胞になりにくい細胞種だとは思いますが、生体内(胚内)では、生存力が強く、分化能、増殖能が高いであろう細胞です。丹羽先生の実験の写真も参考にしてください。そうした細胞の存在が想像できます。Lさんのアドバイスもありますので、この部分の当ブログ記事を読んで欲しい。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15861903.html

この先は、学とみ子の想像ですが、もともと人工的操作された特殊なマウス脾細胞を材料にしたからこその、キメラの成功だったのはないかと???
以後、普通のマウス細胞使用では再現性が得られなかったのではないか????削除
2019/6/9(日) 午後 0:57学とみ子返信する
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一言居士さん、①③の質問に対するコメントです。

① この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である

可能性は、ラベルの貼り間違えです。もし、本物だったら、このキメラマウス#1の他の体の部分を徹底的に調べているはずです。そして、アクロシンがばらされても、STAP細胞からキメラができたことの何よりの証拠ですから、著者らは、論文維持に固執するでしょう。


③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである
CD45+細胞からキメラができたと論文通りの結果です。“FACSで選別しきれない”とかではないです。最初からCD45+だけで選別して、キメラ実験に使いました。削除
2019/6/9(日) 午後 3:31学とみ子返信する
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[Fig1d]
>> 学さん
>アーティクル論文Fig1dで示されるように、5日目からSTAP細胞の6割位がGFP陽性細胞で、構成されます。こういう論文図表は逃さないでしっかり見て欲しいです。

あなたは再構成を起こしている白血球はDNAが不完全だからキメラの中で生き残らないのではないかとおっしゃった。ですからそうでない細胞はどういう細胞かということを問題にして、そういう細胞が7日目にたくさん残っていることは考えにくいと申し上げています。つまり最初に入っていた割合でそのまま酸浴後生き残りますねと申し上げている。アーティクル論文Fig1dでたくさんOct4-GFPを発現している大半はT細胞やB細胞でしょ。そうでない細胞は少ないですねと申し上げています。学仮説の話はまずそこから始まるんでしょ。確認をお願いします。以上です。削除
2019/6/9(日) 午後 5:02[ 一言居士 ]返信する
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酸浴後、7日間というのは短期間ですよ。それも細胞の代変わりはなく、今ある細胞が生き残るかどうかです。一方、胚の中の細胞は、単あるいは極少数の細胞から始まり、長期に、分化増殖していきますので、生存条件が全く違います。

論文ではどの細胞が死にやすいかは調べてませんね。

学仮説と言う程のものでなく、STAP細胞がT細胞からできなくてはいけないというような通説に対して、私は反論したまでです。キメラ、幹細胞にTCRは無くても良いという考え方が私の基本です。

T細胞は勝手に増えない制御条件があり、条件が整わなければ消滅します。iPSは比較できません。

キメラにTCRがあればすごい事だと思っていました。ところが、実験結果にそれがあったわけです。それが、今まで他のブログなどでは騒がれなかったのですよね?削除
2019/6/9(日) 午後 7:05学とみ子返信する
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NHKでもTCRが問題化されましたが、このキメラのTCRの図があったことを知っている人は騒動当時からいたわけで、その人たちが情報の一部をマスコミに流したと思うのです。しかし、その人たちは、キメラにTCR陽性の図があることを公にははっきり言わなかったのですよね。須田氏も詫摩氏も理解してなかったのですから。ここも、本当に謎ですよね。そして、大事な部分です。

特許の図20が公開されたのはいつか、確認したいです。削除
2019/6/9(日) 午後 7:15学とみ子返信する
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> 一言居士さん
この会話、ため息氏の揚げ足取りの都合良いターゲットになっているので、気をつけていきましょう。彼らは短時間アップも見逃しません。

私とあなたの行違いは、時間が解決していくと思うので、ここで、あまり取り立てて問題にしないようにしましょう。

お互いの理解のずれが、ため息氏に狙われています。ES派は、STAP派のあらゆる失敗を誘い出そうとしています。さらに、ため息グループの他の人達によるそしりや軽蔑の言葉が加わり、STAP潰し花盛りになります。

しかし、今までのいろいろな議論を通じてわかったと思うのですが。ため息氏は自らSTAP細胞の問題点を新たに掘り起こして議論をぶつけてきたりはできません。ため息氏らは、学とみ子や一言居士さんの発言を狙い、間違い呼ばわりで潰してやろうとの戦略です。

キメラホストは、誤解を招く表現でした。
正しくは、
キメラマウス体細胞由来DNAサンプルのTCRクリアバンド(体細胞DNAにTCR−DNAが多く含まれる証拠となる)から、体細胞が元T細胞STAPに由来することが肉眼的に判定できます。削除
2019/6/9(日) 午後 8:36学とみ子返信する
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[蛍光しているのはリンパ球ではない?1 ]
>> 学さん
>今ある細胞が生き残るかどうかです。

あなたはキメラの中で取捨選択が行われるのみではなくて7日間のSTAP変換途中でもT細胞やB細胞はサヴァイヴァルできなくて消滅もしくは減少してしまうとおっしゃってるんですか? 論文のSTAP細胞は別に白血球でなくてもどんな細胞からでもできるとされている。あなたのおっしゃっている③はT細胞やB細胞ではないという意味でその中の一つになるんですが、これらの細胞群はTCR再構成はありませんから小保方さんのプライマーで挟むとGLがでるだけです。つまり③の主張は同時に①を主張することになりますね。そのことをご確認なさってください。私は学さんと違ってとても頭が悪いもんですから、論理の階段は一段づつしか登れないんです。よろしくお願いします。以上です。
>>
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである削除
2019/6/9(日) 午後 8:46[ 一言居士 ]返信する
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>7日間のSTAP変換途中でもT細胞やB細胞はサヴァイヴァルできなくて消滅もしくは減少してしまうとおっしゃってるんですか?

そのような事は言ってません。T細胞(CD45+CD3+)をあつめてSTAPにしたら、TCRがでましたよね。
7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。

>細胞群はTCR再構成はありませんから小保方さんのプライマーで挟むとGLがでるだけです。

陰性コントロールとしてES,繊維芽細胞がでていてGLだけでした。リンパ球は陽性コントロールでした(TCRがある)。図20の#1は、リンパ球並みのTCRが出ていたので、問題になっているのですよね。

>③本物であるが、FACSで選別しきれなかった

CD45+だけで選別しているので、その中にいろいろな細胞種が混じっています。そのどれかの細胞からキメラができたのですが、#1のTCRが本物なら、元T細胞からキメラができた証明ができます。そうなると、著者らは、#1を証拠にSTAPの多能性を証明できるのに、そうした動きはありませんでした削除
2019/6/9(日) 午後 9:52学とみ子返信する
> 一言居士さん

私の書いた
[7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。]
この意味が分かりにくかったと思うのですが、ここは、各種細胞が生き残れる条件で小保方氏は実験をしているという意味です。

PHに幅があり、毎回微妙な酸性調整が必要なのだと思います。ここにケチつける人もいたけどーー。削除
2019/6/10(月) 午前 6:15学とみ子返信する
ため息さん、朝から日課のように記事を書き、とんちんかんな当ブログと書いています。

ES派研究者層、その支持者がやみくもにサポートするのでしょうが、もう、ここへ来て、ため息コメントも、とんちんかんとしか言い様の無いレベルまで落ち込みました。ご苦労様です。

ため息氏はホントに細胞知識に欠くんですね。というか、文献にあたれば、すぐに身に付くレベルの知識なんですけど、ため息氏は文献検索をしませんね。

各論で敗北したとの反省が、ため息氏にあるためでしょうか?
ここへ来て、学とみ子否定の戦略として、各論攻撃から総論攻撃へと変えたみたいです。
お手並み、拝見です。削除
2019/6/10(月) 午前 8:36学とみ子返信する
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[CD45の1]
>> 学さん
>そのような事は言ってません。T細胞(CD45+CD3+)をあつめてSTAPにしたら、TCRがでましたよね。7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。

何がキメラになったかに関しての学仮説に対する私の理解に修正を入れて以下でいいわけですね。
>>
③本物であるが、FACSでCD45+選別されたものの中のT細胞やB細胞以外の細胞や、CD45+選別しきれずに混入した脾臓構成細胞やのいずれかのSTAP由来キメラである

確認をお願いします。削除
2019/6/10(月) 午前 8:48[ 一言居士 ]返信する
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[CD45の2]
次に、石井調査資料の事実確認です。CD45は白血球の、CD3、CD90(Thy-1)はT細胞の分化抗原ですね。
まずGel1です。
①DNA ladder
②ES Cell
③Fibroblast
④CD45+ cells
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
⑦Sorted-Oct4+ 3
⑧Sorted-Oct4+ 4
⑨Sorted-Oct4+ 5
⑩Sorted-Oct4+ 6
⑪STAP cluster 1
⑫STAP cluster 2
⑬STAP cluster 3
⑭STAP cluster 4削除
2019/6/10(月) 午前 8:49[ 一言居士 ]返信する
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[CD45の3]
次はGel2です。
⑮DNA ladder
⑯CD45+/CD3+ 1(100ng)
⑰CD45+/CD3+ 1'(50ng)
⑱CD45+/CD3+ 2(100ng)
⑲CD45+/CD3+ 2 (50ng)
⑳CD45+ 1
㉑CD45+ 2
㉒CD45+/CD90+
㉓CD45+/CD90+
㉔CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉕CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉖CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉗2N chimera 1(CD45 STAP)
㉘2N chimera 2(CD45 STAP)
㉙2N chimera 3(CD45 STAP)削除
2019/6/10(月) 午前 8:50[ 一言居士 ]返信する
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[CD45の4]
私は学さんのお陰でこの歳になって『喜ばしき知識』以外の何物でもない免疫学の入門教科書に(本体3,200円+税)なる浪費をさせらましたが、先生にはその責任を取られてせめて私が”喜ばしい”状態になるまではご指導願いたいものだと念じております。別に急いではおりません。
まず最初にラダーの数に関してです。小保方さんのプライマーで挟まれるDJリコンビネーションの組み合わせ数はGLを入れて15でいいですね。つまり小保方検査で現れて来うるラダーはあり得る場所を全部数えると15以上ではないと。

ここまでのところを確認いただきたい。たくさんのことを同時にご説明なさっていますが、いずれ先生のコメントは全部拾い出して検討することになります。うち捨てているわけではありません。順番に理解していけば私のような愚鈍な頭でも何れ正解に至ると信じておりますので、よろしくお願いいたします。以上です。削除
2019/6/10(月) 午前 8:51[ 一言居士 ]返信する
> 一言居士さん
いろいろご勉学なさってますね。
頑張ってくださいね。

細かい細胞種に関するやりとりは誤解を生じ易いので、ここではやりません。学とみ子の日本語能力にも問題あります。但し、学とみ子も易しい話であれば、他の方並みには文章を作れます。今は、ごめんなさい。

ため息陣営が一時も逃さずチェックして、ミスを誘います。彼らはミスでなくともミス呼ばわりです。そうした中で、難しい領域の議論に入ると、彼らの破壊作戦の餌食です。

一言居士さんは、ES混入説ではSTAP細胞を説明できないことを理解できているのだから、後はゆっくり進んでください。小保方氏から何らかアクションが出たら、又、共闘しましょう。

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やっぱりさんのこだわりはすさまじいです。
yap*ari*w*katt*na* より:
ご自身は正しい、学とみ子は間違っていると強調されています。
いいんですよ、ため息ブログであれば、皆、ヤッパリさんが正しいと言ってくれますよ。
しかし、こちらは、学とみ子が正しいと私は主張します。
判断するのは、読者です。

yap*ari*w*katt*na* より:
(一時、学さんの卑劣な未承認で妨害されましたが、Lさんが別サイトに記載してくれたのでまともに続けられました。)


私が、Lさんコメントを1晩見落としたのを咎め、内容をパクった!などと、ヤッパリ氏はパフォーマンスします。
私が「そんなことはして無い!」といくら説明しても、執拗に学とみ子を貶めます。

学とみ子は考えを変えました。
男性のメンツと戦っても意味ないです。
むしろ、そんなに悔しい思いを持たせてごめんなさいね!と私の方がなってしまいました。
他人から間違いを指摘されたら、悲しくても認めざるを得ないのが、普通の人ですが、ヤッパリさんはそれをしたくない人のようです。

yap*ari*w*katt*na* より:
レーン2とレーン3、科学的に整合する説明はつくのでしょうかねえ?

と疑問を呈していましたが、

yap*ari*w*katt*na* より:

やっぱりさんが、そこまで、STAP論文ミス発見にこだわるモチベーションは、自己の存在価値がかかっているからでしょうかね?
そうなら、それは実験室で長く仕事をされていた方特有の、自己のメンツなのかもしれず、人として大事なことかもしれません。
やっぱりさんは、研究者たちのために正確な生データを作って差し上げた人なのかも??
と思いますね。

一方、学とみ子は実験などしたこと無く、だから、細かいことはわかりません。
その学とみ子が
>生のデータを読むために、基礎知識を得るのです。
>生データを読めない基礎知識なら、勉学方向に問題あり。
などと、生意気なことを言うなんて、やっぱりさんは許さないのかもしれませんね。
この私の文章が、実際にデータを作っている人たちの神経を逆なでした表現であるなら御免なさい。
「ゲルに触ったことのない人とは議論したくない!}と言いたいのかと・・・。

素人、学とみ子は、明らかにTCRラダーが出ている、出ていない(コンタミ)を見るだけです。
拡大などしなくても、明らかにTCRラダーが出ている、それを皆、見逃した!と、学とみ子の驚きを書いただけですが、そうはとってくれないヤッパリさんです。
実験したこともない、軽蔑すべき臨床医なんて絶対に負けないぞ!ですかね。

学とみ子は、マスコミに抗議したい気持ちがありました。
この時、詫摩さんがラダーがキメラに出ていると騒いてくれたら、小保方氏は取るべき態度を決意できたと思います。
キメラのTCRが論文から省かれた理由が、その時、議論されたはずです。マスコミがそれを問題視しなかったことが、今の学とみ子には残念なのです。


ヤッパリさんの間違いコメント①②③を書きだします。ヤッパリさんは青字

2019/6/5(水) 午後 1:21[ yap*ari*w*katt*na* ]
プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。

この投稿の前に以下のやっぱりさんの投稿があります。
2019/6/5(水) 午後 1:09
                          
 >ExtFig2gでは、レーン2と3で、GLバンドのすぐ下に変なバンドがある(非典型的?)
→ (混在するCD90+CD45+造血前駆細胞のGL関連? サイズ的にプライマーダイマーではないよね)


②2019/6/5(水) 午前 8:08[
すでに学さんが何度も力説されていたように、1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。
従って、ラダー状と称される複数のバンドは、異なるTCR再構成を有するT細胞が複数あることを示しているわけです。
すなわちレーン2と3では、異なるTCR再構成を有する細胞の比率がほぼ完全に一致しているということになります。
酸浴によって生き残る細胞は2−3割程度とされたはずですが、、
こんなことがあり得るのでしょうか? と
削除

あり得ますね。ついにヤッパリさんも納得されました。
1個のT細胞のバンドは一本ではなく、1パターンです。
あなたが長い間、間違って理解していたことが、めでたく、ここで修正されましたね

yap*ari*w*katt*na* より:    




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結論ありきブログで、ヤッパリさんはLさんに質問をしています。 http://blog.livedoor.jp/peter_cetera/archives/7445342.html#comments
 この質問は次に続くLさんの答え5260で、やっぱりさんは納得して終わってしまいます。
ヤッパリ氏は以前にも質問したかも?と言っています。
彼の仲間内では、長いこと、小保方捏造の証拠としてファイルしてきたゲル図だったのでしょう。

STAP騒動が起きた時、STAP論文の図表の問題点につき、科学者層からさまざまな疑問がだされていましたね。 ほとんど、すべての図表に問題があるとされ、図表の多くは若山研究室総出で仕上げられたものでありながら、実験責任が明らかにされぬまま、図表の疑義はすべて小保方氏の未熟と不正に帰せられました。

当初の状況は、学とみ子は詳しくないのですが、その時から、ゲル図のバンドの形がおかしいとかは世間で騒がれていました。やれ、バンドが上向きだとか、下向きだとかも言われていたと思います。

ヤッパリさんたちは、仲間内で何人も集まり、図表を拡大して、しみじみとバンドを見て、ここもおかしい、あそこもおかしいと騒ぎまくったのでしょうね。 それらはマスコミにも公開され、すべて、小保方氏に不利に働きました。


今回、当ブログで問題になったことで重要なことは、当時騒がれたバンドの型の問題より、それ以外の部位に問題があったことです。
 当初は、特許図20は出回っていませんが、石井氏が出したゲル2問題はすでにあったはずです。 しかし、そこを問題視した人は少なかったのです。 そこに大変なねつ造の証拠があったのに、その事実は隠されてしまいました。

ゲル2図は、小保方氏の要望で公開中止となったとアナウンスされたようです。
その要請に応じて、ゲル2は簡単に引っ込められてしまったのです。

多くの人が小保方捏造を騒いていて、それを直接的に示すことのできるゲル2図が公開されたのですから、世間は騒ぐはずです。 しかし、この重要問題は見逃されたのです。

 その後も、この問題が熱くマスコミを含め、議論された様子はありません。 詫摩氏は、ゲル図の読み方はわからないと言いました。
陰性コントロールが無いから評価できないという理由も出ました。

少なくとも、石井調査委員会は、ゲル1とゲル2は同時にされた実験である立場で、話をしていたと思います。
ゲル1とゲル2は、石井氏が同じ条件で行ったものとして扱っている事から、GLの位置は同一と思われます。コントロールレーンも存在します。

しかし、小保方氏が公開中止要請をしようが、すでに公開されてしまったデータについて、一般人から熱い議論が起きるのは自由です。
 それこそ、いろいろな立場の人たちの自由議論です。
 調査委員会は、論文以外は調べないというのは、とってつけた言い訳に聞こえます。

この重要な所見が見逃され、どうでもいいことが騒がれたと思うんです。
 当時、STAPの新規性が分からない人たち、TCRとは何かということがわからない人たちが、見当はずれに小保方捏造を騒ぎ、この重要点が見逃されたと考えます。

ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
  これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
 そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。

酸浴したリンパ球のTCRがどのような影響を受けるのかは、世界で誰も知りません。 ですから、実験をやった人のみ知ることができます。
やっぱりさんのような部外者が、あれこれ言えることではありませんし、ご自身の検討はずれを今は、反省されているのでしょうか?

前書きはこの位にして、5257. yap*ari*w*katt*na*  の質問を抜粋してみましょう。     茶字                     
2019年06月03日 17:39
・・・・・
そして、Ext Fig 2gですが、、
(これは以前にもLさんにお聞きしたかもしれませんが、回答いただいたかどうかも記憶にないので、すみません。)
400%くらいに拡大して、レーン2とレーン3を見比べていただきたいのですが、、  あまりにも、TCR再構成を示す部分のバンドが酷似していると思われませんか?  相対位置も相対濃度も、ほぼ完全に一致するレベルです。
仮にレーン2のリンパ球そのものを材料にしてレーン3のSTAP細胞を作成したのだとしても、複数のTCR再構成を有するT細胞を酸性処理して、生き残った20-30%の細胞塊から分離してきたSTAP細胞において、その複数のTCR再構成の比率が完璧に一致するとは考え難いと思います。
要するに、レーン2とレーン3、少なくともラベルとサンプルは一致しないし、もしかすると同じサンプルを流して画像修正を行った捏造画像ではないかと思うのですが、、
いかがでしょうか?

イメージ 1





下図は参考までに、ネーチャーアーテイクル論文のFig1iです。

イメージ 2

5260. L 2019年06月04日 10:39 やっぱりさん、STAP論文で、ピュアな「リンパ球」をサンプルとする実験は一つもありません。筆頭著者がリンパ球と思っていたのは、脾臓のCD45陽性細胞で、非リンパ球を含んでいます。造血系の専門家が、著者に一人もいなかったのが致命的ですが、西川先生にちょっと見てもらえば、こんな基本的なミスは防げたと思いますよ。

筆頭著者にとっての「リンパ球」の定義は一貫している(リンパ球=脾臓のCD45陽性細胞)ので、ラベリングの問題でデータの信頼性が損なわれるとは、私は考えません。バンドのパターンが異なる理由は不明ですが、Fig 1iのバンドの方が、TCR再構成バンドとしては典型的と思います。Ext Fig 2gの方が非典型的ですが、ここで効いてくるのが、レジェンドの "confirmed by sequencing" になります。「非典型的だけどシーケンスを読んであるなら良いですよ」となるわけです。私がレビュアーだったらシーケンスの結果を図に含めるよう要求したかもしれませんし、サザンをやれと要求した査読者も実際いましたね。

レーン2とレーン3の類似については、同じサンプルを流したのであれば、一番上のバンドを切り取った痕跡がレーン3で見られるはずですが、そのような指摘がこれまでにありますか? なければ、同じサンプルという立場には立てません。



このヤッパリコメントに、(私から言わせれば)おもしろいコメントが続きました。
 Wilsonさん、あなたは何者?
全く、科学の部外者か?それとも、印象操作に必死のES派の科学者?
いや!(やっぱり氏ではないが)やっぱり、学者層の関係者だな?
科学の部外者だったら、学とみ子ブログに意味があるのか?ないのか?も全くわからないだろうし、そもそも、こんな奥まで出没しないだろうし!

表面的には、ため息ブログ批判を装い、本心は学とみ子ブログを根幹から否定する事を目指す。意地悪ES派研究層の攻め方なんだろな。
                            
5258. Wilson 2019年06月03日 20:35 ため息ブログの面々、余程STAP議論が終わってしまうのが嫌なんだな。

学とみ子ブログなんてなんの影響力も信用性もなく、放っておけば他の擁護ブログと同じように沈殿するしかない、って分かってるくせに、一々細かいことにいちゃもんつけて、議論を終わらせないようにしてる。しかも、著者らから新たな情報発信はないから、過去に議論された内容の繰り返し。

自分の染み付いた日課を終わらせるのが怖いだけなのに、擁護が暴走しないように、とか、社会が問題提起することに意味がある、とか、大仰な大義名分を拵えて自分に言い聞かせてるんだろうな。

どう考えても、学とみ子ブログなんて、放っておけばそのうちネタ切れするし、万が一にも社会的に影響を及ぼすことなんてないって。



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コメント(37)
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ため息氏がコメントしてますね。

>yap*ari*w*katt*na*さんの指摘コメントに対しては、怒り狂った学とみ子のコメントがいくつか続いています。否定できない事が図星だと怒り狂う学とみ子がよく現れた事件でした。


体内時計さんとか、ヤッパリさんとか、ため息氏も同様ですが、学とみ子の言っている事が理解できずに、「答えていない!」「でたらめ言ってる!」と連呼してます。

体内さんは、学とみ子に「自信があるなら答えよ!」とすごみました。

学とみ子が、ここまで答えたのだから、今度は相手も理解するだろうと思っていても、相手から「答えがない。答えがないのは理解してないからだ」
と返されると、ええっとなりますね・

学とみ子側は、相手も理解してほしいとの気持ちがあるためか?どうやったらわかってもらえるかを言い方を考えてしまいます。
相手から返り血をあび無いよう、学とみ子が傷つかないように、作戦を考えます。

でも、返り血を浴びないためのアイデアが浮かばないと、いいや!ほっとけ!となります。(相手は)わからなきゃ、わからないままでいろ!と。削除
2019/6/4(火) 午後 7:30学とみ子返信する
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「理由はこうなのです」と、学とみ子が答えると、
「そんなことは聞いてない。そんなことは最初からわかっている。」
「学とみ子はでたらめ言っている。」「本当を指摘されて怒り狂っている」と返ってきます。
学とみ子が正論を言っても、
「それは正しくないね」「何にも知らないね」と返してきます。
どうにもならない人たちです。

ヤッパリさんは言いました。
「学とみ子は、Lさんコメントをわざと止めて、その内容をぱくった!」と。
このやっぱりコメントは、ホントにみっともない言い方だと思いますよ。

かなりの人は、やっぱりさんの見当違いのコメントが分かっていると思います、この分野に興味を持つ人たちはレベルが高いから。

再度、言いますが、やっぱりさん及びそのお仲間の人たちは、意味のないゲルの型にこだわっても、TCRゲル図のどこに問題が起きているのかわからなかったのです。意味の無いゲルの型にこだわって、あなたご自身の価値を低めてしまっています。削除
2019/6/4(火) 午後 7:33学とみ子返信する
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体内さん、
西川先生の記事読みました。
あまり、具体的な議論はないと感じました。

研究者たちは、初期化すら大変なことなのに、酸浴位で細胞が変化し、なぜ、幹細胞化やキメラ化まで至るのか?が謎でしたね。
普通は、研究者はそうだと思うでしょうね。特に、幹細胞化とキメラ形成は、本当なのか?というところでしょう。

西川先生は、T細胞キメラはできるだろうとのニュアンスのようですが、どの細胞から実際のキメラが出来たか?はわからないとの発言でした。

科学者の立場では、酸浴で初期化遺伝子が動くとの事実は受け入れても、幹細胞化やキメラ形成は無理だろう・・が一般的だったと思います。

nishikawa より:
2014年2月22日 7:27 AM
>現象と説明は別です。ほとんどの現象について合理的な説明はまだありません。

西川先生のこの言葉が印象的でした。削除
2019/6/4(火) 午後 8:05学とみ子返信する
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西川先生から離れます。

ため息ブログの方は、学とみ子が、T細胞からキメラはできないと過去に言ったことをしきりと持ち出して、学とみ子を嘘つき呼ばわりしたいようですが、キメラ尻尾細胞にTCRと思われるバンドは出ていそう(コンタミとは明らかに違う)だの話です。

TCRバンドが4本より多様なので、キメラに入ったT細胞は2-3個か?(オリゴクローナル)とも、Lさんは予想しています。

ゲル2の27-28にはTCR(と思われる)バンドがでてますが、LさんはGL近くのシャープなバンドがおかしいと言っていて、基本のGLの型が変化していないかを、TCR遺伝子配列を読んで確かめるべきと言っています。

図20では、レーンは#1で、明らかなTCRバンドは出ているということです。削除
2019/6/4(火) 午後 9:35学とみ子返信する
体内時計さん、TCRの理解ができなければ、STAPは語れません。

ため息さん、詫摩さん、やっぱりさんの理解は不十分なのがわかりますか?知ったかぶりで皆、突っ張ってますよ。細胞学者も知らないようです。

TCR多様パターンからの読める細胞背景、GLの予想位置、コンタミとの区別、TCRの場所すらわからずに、わかったふりの以下のため息コメントを味わってください。

>詫摩雅子氏が2014年3月20日 18:04に「ただ、実験条件が書かれていないので(また、私には電気泳動図を解読できるだけの知識が不十分なので)、これがTCR再構成のデータとなっているのかどうかがわかりません。」削除
2019/6/5(水) 午前 6:30学とみ子返信する
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学さん

>当初の状況は、学とみ子は詳しくないのですが、その時から、ゲル図のバンドの形がおかしいとかは世間で騒がれていました。やれ、バンドが上向きだとか、下向きだとかも言われていたと思います。

>ヤッパリさんたちは、仲間内で何人も集まり、図表を拡大して、しみじみとバンドを見て、ここもおかしい、あそこもおかしいと騒ぎまくったのでしょうね。 それらはマスコミにも公開され、すべて、小保方氏に不利に働きました。 不正


学さんは詳しくないどころか、完全に間違っていますね。
ゲル図のバンドの形での疑義は、STAP論文ではなく、それ以前に出されていた小保方氏のTissue誌の論文ですね。バカンティがかかわる雑誌であったため、論文取り下げではなく修正で対応していたようですが。

私が違和感を感じているNature誌Article論文のExt Fig 2gのゲル図については、私の知る限り、マスコミどころか、個人ブログの類でも疑問視した動きはなかったと思いますよ。削除
2019/6/5(水) 午前 8:03[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学さん

>ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
> これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
> そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。


学さんは、私の疑問点をまるで理解できていないようですね。
私がExtFig2gで問題視しているのは、GLバンドの違いではなく、TCR再構成のバンドがあまりにも酷似していることなんですよ。

すでに学さんが何度も力説されていたように、1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。
従って、ラダー状と称される複数のバンドは、異なるTCR再構成を有するT細胞が複数あることを示しているわけです。

すなわちレーン2と3では、異なるTCR再構成を有する細胞の比率がほぼ完全に一致しているということになります。

酸浴によって生き残る細胞は2−3割程度とされたはずですが、、
こんなことがあり得るのでしょうか? と削除
2019/6/5(水) 午前 8:08[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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(末尾が切れたので続けます)

酸浴によって生き残る細胞は2−3割程度とされたはずですが、、
過半数の細胞が死滅する状況において、異なるTCR再構成を有するT細胞がその比率を全く変えることなくSTAP細胞になるなんて、、そんなことがあり得るのでしょうか? という疑問案ですよ。

(それから、もう一つ、ExtFig2gでラダーバンドがほぼ完全一致していることが不自然な着眼点があるのですが、
まあ、これは実際に実験している人にしか分からないことでしょうから、触れないでおきましょう。)削除
2019/6/5(水) 午前 8:10[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
やっぱりさん、以下の問題あるコメント、引っ込めたいでしょうか?
この見当違いが、まさに、優先順位がわからない人と言われる所以です。実験の細かい手技的問題と、論文理解は別物です。もちろん、両方に詳しくあることが論文著者に求められます。
one of themの図表に、優先順位がつけられない事が、論文理解が不十分な状態である事がバレます。やっぱりね!

>学さんが必死に叫んでいるゲル2や特許図の#1なんてのは、その中の one of them に過ぎないんですけどね。

私が別の疑問に上げた、 Ext Fig 2g も、one of them であり、PCRの原理や電気泳動の原理を理解して画像生データを読める人ならば、一目で捏造が疑われる画像だということです。削除
2019/6/5(水) 午前 8:15学とみ子返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

あなたの投稿に気づかず上記コメントしました。

読みにくくなってしまってすみません。

この数年、やっぱりさんとTCRを議論しあってきました。そして、初めて、あなたの本気を見ました。D2J2で増幅できるTCRのDNA配列の話に、今までのやっぱりさん入ってきませんでした。

しかし、今度は言及してきました。やっと、土俵に乗ってくれましたね。疑問の解答は、あなた自身で解決できます。削除
2019/6/5(水) 午前 8:28学とみ子返信する
やっぱりさんコメントです。

>ゲル図のバンドの形での疑義は、STAP論文ではなく、それ以前に出されていた小保方氏のTissue誌の論文ですね。

そうなのですね。すみません。学とみ子はTissue誌読んでいなくてすみません。

以前から、やっぱりさんたちは、TCRバンドの理解を間違えています。でもあなたはそこの議論を避けてきましたね。自信が無いから?

Lさん、吉村さんがD2J2プライマーで増幅できるパターンの可能性を解説してます。もう一度読んでください。

STAP論文の図表は一流学者が出したのです。おかしなところなどありません。本物を偽物が潰したのがSTAP事件です。削除
2019/6/5(水) 午前 8:48学とみ子返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

あなたのコメント
>すでに学さんが何度も力説されていたように、1つのT細胞のTCR再構成のバンドは1本です。

上記コメントは、学とみ子は一度も言った事ないです。私が言ったのは、以下です。

1つのT細胞のTCR再構成のバンドパターンは1種類です。

こうした重要な間違えをするから、本物じゃ無い!と言われちゃうんですよ。削除
2019/6/5(水) 午前 8:54学とみ子返信する
やっぱりさん、以下の文章はどっから来ている?

>ExtFig2gでは、レーン2と3で、GLバンドのすぐ下に変なバンドがある(非典型的?)
→ (混在するCD90+CD45+造血前駆細胞のGL関連? サイズ的にプライマーダイマーではないよね)

これはExtFig2gの話ではないと思うけどーー削除
2019/6/5(水) 午後 1:09学とみ子返信する
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学さん

何が問題なのか、意味不明ですね。


>今回のTCR議論は、STAPが元の脾臓細胞(リンパ球)由来のTCR再編成能を維持したままSTAP細胞となったかが議論の的。
学とみ子 2015/2/22(日) 午後 7:48


こうした重要な間違えをするから、出鱈目妄想婆さん!と言われちゃうんですよ。 (笑)削除
2019/6/5(水) 午後 1:17[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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学さん

>これはExtFig2gの話ではないと思うけどーー

一応、ExtFig2gの話ですよ。

プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。削除
2019/6/5(水) 午後 1:21[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
再度、Lさんコメント貼ります。

>(2)Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、

T細胞以外のGLバンドが出た可能性が指摘されてますね。あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。

ラダーバンドは一致しても良いと思います。同じサンプルの酸浴前、酸浴後で説明可能です。T細胞は生き残り凝集する場合、かたや、酸浴後はT細胞はいなくなっちゃう事もあるのかとーー。削除
2019/6/5(水) 午後 3:35学とみ子返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん
8:08のコメントです。

>ExtFig2gについては、リンパ球と示されたレーンと、Tcell#1と示されたレーンのDNAバンドが良くにていて、GLバンドは異なります。
> これを見て、学とみ子は、酸浴後、リンパ球のGLが完全型の細胞がより多く死滅したのかな?と想像しました。
> そう考えば、このレーン2細胞間のTCRの違いは、全くねつ造とは関係ないことがわかります。

以上の学とみ子コメントに対し、やっぱりさんの返答です。

>学さんは、私の疑問点をまるで理解できていないようですね。
私がExtFig2gで問題視しているのは、GLバンドの違いではなく、TCR再構成のバンドがあまりにも酷似していることなんですよ。

学とみ子の返事です。
TCR再構成のバンドがあまりにも酷似している理由を、学とみ子は説明してるんですけどね。何で行き違えるのですかね?削除
2019/6/5(水) 午後 4:05学とみ子返信する
学さん

> あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。


私の記載
「GLのすぐ下に変なバンドがある」
Lさんの記載
「GLの直下に変なバンドがあり」

あれ???削除
2019/6/5(水) 午後 4:08[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
> yap*ari*w*katt*na*さん

>プライマーダイマーというのはLさんのコメントにはなく、勝手に付け足しました。 PCRにおいてたまにありうるアーティファクトという意味合いですけどね。

ここもおかしいです。

やっぱりさんご自身が書いた事が間違いと指摘されても、やっぱりさんはそれを認めず、私の方がでたらめであるとパフォーマンスしてます。
あなたの手法は、これからも変わらないでしょう。削除
2019/6/5(水) 午後 5:49学とみ子返信する
学さん

> ここもおかしいです。

どこがどうおかしいのか、具体的に通じる日本語でお願いしますね。削除
2019/6/5(水) 午後 6:42[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
軒下管理人さんが、ため息ブログに、2019年6月5日 8:11 PMにコメントあります。

同じサンプルを、酸浴前後で流すと、この結果で良いと思いませんか?GLを持つ細胞がより多く死んで、再構成済みのT細胞は、どのTCRバンドパターン細胞もそのまま平均的に残った可能性です。

当時、そうした意見がでて、議論が終息したのでしょうか?それとも、そのように理解した人はいなかったということですか?

yap*ari*w*katt*na*さんは、もう諦めました。どうぞ、あちらで専門家として頑張ってください。最強の生き残りテクニックです。削除
2019/6/5(水) 午後 9:18学とみ子返信する
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[何でございましょうか2]
今の私の理解はD2を跨ぐ切り取りがあり得るのかということと、やっと相同染色体の両方で別々のDJリコンビネーションが起きるのかなと気づいたところで、その確認までは行ってませんが、吉村氏の説明と自分の理解が一応一致したばかりです。以下ですね。
>>
①GLの1バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)削除
2019/6/6(木) 午前 8:50[ 一言居士 ]返信する
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[何でございましょうか3]
私にとってはntES仮説の否定に結末するかもしれない大事なところなのでゆっくに確認しています。今問題になっている2-gの2レーンのLimphocyteと3レーンのTcell STAP #1の酷似はあなたと同様の解釈をしていましたが、そもそもGLラインとリアレンジメント領域が近くてゲル1,2とは違う実験ですね。ただし、マテメソに(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだとあるのでプライマーは同じだと思っています。特許図はいよいよ別の実験でプライマーも同じかどうかわかりませんね。
今、Limphocyteと3レーンのTcell STAP #1の酷似は一つの試料を3等分して一つはPCR、二つは酸浴させて、#1と#2になったと考えるのはおかしいと気付いているところです。削除
2019/6/6(木) 午前 8:51[ 一言居士 ]返信する
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[何でございましょうか4]
先に#2ですが、これは酸浴させて後に①②③④⑤のどれもOct4-GFPを発現しなかったということですね。ここには丹羽さんのGFPの漏れ出し現象や、GFP蛋白のみの残存(マクロファージの体内)もしくは最悪だと目視で蛍光している細胞だけ選択すると自家蛍光も混在し得ると思いますが、基本FACS( fluorescence-activated cell sorting=flow cytometers)選別ですから自家蛍光は無いと思いますね。あのねさんがGFP選別だとおっしゃってるが、私はそれだけでなく分子レヴェルでも光学選別できると聞きかじっているので、蛋白質の選別もできると思ってましたけどね。CD45+で選別するのはそれですよね。だからあるとしたら前者二つですね。
#1の場合は、GLに並んでいた細胞がOct4-GFPもしくはOct4蛋白選別で外れたと考えればいいとみていたわけです。削除
2019/6/6(木) 午前 8:52[ 一言居士 ]返信する
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[何でございましょうか5]
でも根本に戻って、最初にひとつの試料を3等分した時の、三分の一の試料である2-gの2レーンのLimphocyteの中はほぼ7つのバンドが出ているわけです。元の試料の中には別々の再構成を起こしている無数の細胞が存在していて、小保方さんのDβ2:とJβ2.6で挟んだ部位のみに再構成を起こしている断片が4から8個あったということです。そして残りの三分の二を二等分したものにもそれぞれ、別々の再構成を起こしている無数の細胞が存在しているが、2-gの2レーンのLimphocyteの中で捕まった7バンドにでた再構成細胞と同じものは存在していませんから、Tcell STAP #1に同じレーンは出ませんね。そもそも小保方さんのプライマーで挟んだ狭い領域で存在し得る再構成の組み合わせは15通りとGLの再構成無しの断片を入れて16通りですが、最初に2-gの2レーンのLimphocyteの中で7つのバンドで捕まえたものは別の三分の二の中にはあり得ません。削除
2019/6/6(木) 午前 8:54[ 一言居士 ]返信する
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[何でございましょうか6]
すると、これは同じものを3等分したのではないということになる。しかも別の実験だとしても、そもそも何兆という種類の再構成のあるTCR再構成で同じものは一つもありませんから、この実験の写真を撮ったのは誰かということが大問題になるわけです。私はど素人なんで考え落ちが無いかどうか慎重に確認しながら考えているんです。先生と違って、私には搦め手からの証拠もあるのでここだけの話しで、すべてを簡単にぺしゃんこにしてしまうことはできないんです。事件に関するいわば土器の破片はほぼすべて噛み合ってるんです。私にとっては今ここだけ噛み合わないという大問題が起きているんです。ここを嚙合わせると他の噛み合いに影響してきます。全体の修正も必要になってくるんです、慎重足らざるを得ないんです。以上です。削除
2019/6/6(木) 午前 8:55[ 一言居士 ]返信する
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> 一言居士さん

[何でございましょうか6]はアップしました。

先生は、私のことですか?ここでは、STAP実在を信じる一般人の役割なので、先生の呼称は白けるでしょう。

結論ありきで、Lさんがヤッパリさんをたしなめているので、必見です。

[何でございましょうか1]はアップしません。
理由は、ため息ブログから嘘つき呼ばわりされるからです。

来てないコメントに対し、来たつもりになっている哀れな妄想老婆とため息氏らは言うでしょう。

彼らにとって、学とみ子を否定できるものは何でもOKです。学とみ子が又、嘘をついている!で、学とみ子封じ込め作戦です。

今回、複数の間違いを書いてしまっても、ヤッパリさんは訂正もせず、平気なんですね。削除
2019/6/6(木) 午後 0:43学とみ子返信する
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やっぱりさんの内心は、「学問が深い私(やっぱりさん)にとって、学とみ子の学問的浅さは、どうにも我慢ができません」でしょうか?
そう思うのは勝手ですが、ヤッパリさんご自身で、間違いを見つけられる人になって欲しいと思います。

やっぱりさんは、TCRは特に不得意のようなので、早くマスターしてほしいです。

やっぱりさんは、他の分野では、参考になる科学的意見を披露しているので、このやっぱり解説が通じる世界で、これからもがんばってほしいと思います。

ヤッパリさんの最近の言動は、STAP論文のコンセプトが理解できないまま、多くの科学者たちが、論文のミスの追及で奔走した過去の経過がわかって、私には興味深いです。

STAP論を理解してしまったES派(学者)は追及を止めて今はだんまりを決め込み、まだ、理解しきれてないES派(学者)は成仏しきれないで、論文不正を騒いでいるのかもしれませんね。削除
2019/6/6(木) 午後 0:53学とみ子返信する
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学さん

> あなたはGLバンドでは無いと書いたので、あれっと思ったまでです。


私の記載
「GLのすぐ下に変なバンドがある」
Lさんの記載
「GLの直下に変なバンドがあり」

私の記載とLさんの記載で何か意味が違いますか?

私が「GLバンドでは無い」と書いたというのは、学さんの脳内世界の話ですか? こんな出鱈目な方とまとも議論できるとは思えませんね。削除
2019/6/6(木) 午後 1:09[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
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桂報告書が決定した小保方氏の不正行為は、本人が抗議しない限り、正しいこととして通用するのが社会のルールです。

つまり、彼女はねつ造した人となりますが、ES派が悪意を持って広げたESねつ造とは全く質の異なる研究不正です。

特に増殖実験は、複数回で複数の人たちが関係して出したデータかもしれません。こうした実験責任に対し、小保方氏が一切触れないのは、本人しかわからない事情があると思います。






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勉強になるので、貼らせていただきました。

5256. L 2019年06月02日 19:36 学ブログに昨日追加でコメントしましたが、時間差承認のトリックで論旨をミスリードされているようです。昨日の投稿分のうち、やっぱりさんや一言さんへの回答が未承認なので、抜粋でここに貼ります。

ため息さんのところでの、やっぱりさんからの質問に対する回答。
(1)Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル2の#16ですから、CD3で純化したT細胞(リンパ球とラベルするのは不適切)サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで6本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞(B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている)の所見として矛盾しないと思います。
(2)Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない(TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている)と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。

一言さんへは、今回限りの回答で、
(1)0本については両アレルでD1J2再構成を起こせば説明できる。
(2)DJ再構成はほとんどの末梢T細胞で完了しているので全体がGLで残ることはないが、D1J1再構成を起こしたアレルでは、下流のD2J2に限りGLで残る可能性がある(吉村氏によれば、実験的に10%)。




当ブログへのLさんコメント TCR関連バージョンも載せます。青字
みんなで、TCR制覇しましょう。

Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル2の#16ですから、CD3で純化したT細胞(リンパ球とラベルするのは不適切)サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで6本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞(B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている)の所見として矛盾しないと思います。 削除
2019/6/2(日) 午前 9:57 [ L ] 返信する 
    
                   
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Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない(TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている)と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。
・・・・
2019/6/2(日) 午前 10:02 [ L ] 返信する 
  
                     
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> 一言居士さん

D1J2で再構成すると、D2上流のプライマー結合配列が切り取られ、D2J2プライマーペアでは検出不能。よって両アレルでD1J2再構成だと0本。

学さんのallelic exclusionの説明を理解する事が先決。再構成は両方のアレルで同時進行し、機能性(インフレーム)のVDJ再構成が一方で完了したところで、もう一方の再構成が止まる。その後、胸腺から末梢(脾臓など)へ出る。この時点でDJ再構成までは両アレルで終了しており、DJ全体がGLであるT細胞は脾臓にはほとんど無い。ただし、D1J1で再構成した場合は、D2J2はGLで残る可能性があり、これが実験的に10%の末梢T細胞で見られるという事。
・・・・・・・
2019/6/2(日) 午前 10:54 [ L ] 返信する

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