学とみ子のブログ

病気と心を語り合いたいです。

万能細胞 iPS ES STAP

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桂報告書が出た時、これを読んだ一般人は、エリート研究者の悪口をこここまで書くのかか?が、第一印象だったのではないだろうか?

小保方氏によるESねつ造が確定した際には、科学界の大反発は、この程度かもしれないが、実際には彼女自身は否定し、ESねつ造は確定していない。
しかし、当時の科学界には、ESねつ造で世間を納得させたいと意向があったのであろう。
それほど、この報告書は、一見、偏向に満ちたものであった。
しかし、世の中、すべて見方が違えば、印象も違う。
桂報告書は、小保方氏の反論には好都合に書かれているとの解釈もなりたつ。


すでに、5年が通過し、その都度、桂報告書を読み返してみると、報告書の書き手は、さまざまな理研のポジションの人が参加したことがわかる。
彼らの科学的技量もさまざまであった事がわかる。

遺伝子解析の細かい部分を執筆したのは、もちろん専門家たちではあるが、理研には専門研究者以外、中間層の研究者層、研究補助者もいるだろう。

数の多い一般中間層の意向が、桂報告書に影響力を持った様相が伺える。
一般技術的な記載(例えば、FACSなどの手技的批判)を書いた研究者層はアンチ小保方色が強く、STAP研究そのものが、一般研究者の大きな誤解を呼んだのではないか?
一方、精度を追及した遺伝子解析の研究者層は、多数派の影響をもろにうけたであろう。
理研の中間層たちは、”STAP細胞はES由来”説で、結束していたであろうから、この人たちを満足させ、かつ、学術的にも正しい結論をめざしたと思われる。
英文論文となった時、多数派の影響は薄れていたと思う。

遺伝子解析をした学者層は、途中から、ES説の限界に気づいた。
その結果、表現の仕方に相当の苦労をしたと思う。

研究不正の調査書の作製のためには、”STAP細胞はES由来”とし、同時に研究者層からの追及にも耐える内容にしなければならない。

桂報告書には、印象操作感が強く感じられるが、その後、出されたBCA論文では、かなりトーンダウンしている。
もちろん、”STAP細胞はES由来”説はかかげているものの、同時にその判断材料が不十分であることを科学的に認めた書き方をしている。
読む人が読めば、ESねつ造説の科学的限界がわかるようにBCA論文は書かれている。
しかし、相反する事実を同時に書きこむことで、皮肉的な様相を帯びた論文となってしまった。

すなわち、一方で、精度高い判断材料とは何か?を解説しているにもかかわらず、その後で、精度高い判断ができませんでしたと書いてあるのである。

過去においても、当然、科学立国日本の人たちは、ここを追及してきた。
TSさん、和もがさん、一言居士さんらである。
そうした状況の中で、今回、このブログでは、カツラ報告書さんの書き込みにより、再度、この部分に光があてられた。

ため息ブログのES派たちは、この議論が再燃した本当の意味がわからない。
以前のデータを持ち出してきただけと、ため息氏らは言う。
なぜ、NGSによるSNP解析が鑑別に必要なのかの意味がわからないのである。

近交系マウス細胞の場合、Del,Dupの共通性が高い。
それゆえ、ESからSTAPが作られた事を証明しようとすると、SNPの高い近似が必要になる。
STAPとESの比較の際、培養中に1塩基が変化しても限定的であるSNPにおいて、高い近似性があれば、両者は同一細胞であると決められるのである。

NGSによるSNPの高い近似が必要であるとの事実が、ため息氏からにはわからない。
Del、Dupの発生機序と、細胞分裂で偶発的における1塩基変化SNPとの違いがため息らにはわからない。
染色体6のB6ホモ領域の詳細がないことに疑問を持たないのである。

以下の図は、BCA論文ExtFig2だ。
すでに、桂報告書スライドには、以下の図が載っている。

学とみ子と体内時計さんが、議論した図である。
129B6F1ES1が、作成時期、親マウスが違ったとしても、AC129、FLS-T1の4Del 1Dupが完全に一致してしまう。
これを見ると、Del やDupの一致では、ESと幹細胞の同一性は証明できないことがわかる。

図dの一番下の”B6 homo SNP type”の欄に、B6 type, 129 typeと書かれているが、これでは、大雑把すぎる。

NGSによる比較が必要だが、129B6F1ES1は、NGS調査をしていないので書けないのである。
NGS調査をしてないのだから、決められない。
さすが、BCR論文といえど、そこまでは書いていない。
しかし、図と本文を読む人であれば、129B6F1ES1にはNGS調査をしていないことはすぐわかるし、判定が不完全であったとわかる。
しかし、本文だけ読む人には、その不完全さがわからないのである。

BCA論文の始まり部分では、FES1と幹細胞の同一性が、SNP一致で説明されているのに、129B6F1ES1の場合は、判定に必要なSNPの記載を欠いているのである。


イメージ 2




桂報告書を読んだ後、BCA論文を読むと、桂報告書に疑義を感じるようになる。
その部分に光をあててみよう。
比較すると、いろいろわかってくることがある。

まず、NGS解析をどの細胞でやったのか?は、桂報告書ではわかりにくく書かれている。
BCA論文では、15細胞において全ゲノムを解析した事が明記されている。
さらにその細胞種類の一覧表がある。
ここには、129B6 ES1は無い。
つまり、元になったとされたESのSNP詳細は明らかでない。

129B6F1 ES1は、AC129の材料となったESと決めることができなかった。
AC129においては、著者らは材料となるESをみつけられなかったのである。
NGSで確かめることのできたのは、ES細胞が異なる下記の129B6F1 ES6の方であり、明らかにAC129とはB6ホモの長さが異なる。

一言居士さんは、ここを説明しながら著者は嘘つきと大怒りし、体内さんは、「本文で、同一と書いているじゃあないか?」と言ってくる。

さて、学とみ子の解釈は、BCA論文著者の中には、調査が不完全だったことを正直に示したい人がいるってことだ。彼らは学者だから、嘘は言いいたくない。
結果、こうした表現になっているのではないか?だ。


イメージ 1


ここで、一旦、FES1に話を戻す。
BCA論文では、FLS3、 CTS1、FES1, FES2,129/GFP ESのNGSデータが載っている。近交系のマウス細胞において、ある細胞が別の細胞から作られたと主張するには、SNPの近似性は必須だと、BCA論文では、説明している。

イメージ 3


FLS3、 CTS1の幹細胞と、FES1,129/GFP ESが、SNP解析でぴったんこであることは、従来から言われている。BCAでは、幹細胞と129/GFP ESが、FES1よりぴったんこと言っている。

Regarding these SNPs, STAP cell lines FLS3 and CTS1 and
129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at
30% of these alleles), suggesting that STAP cell lines FLS and CTS
were derived from a sub-stock of FES1 ES cells.

注目すべきは、FES2が、ntESG1 ntESG2と、SNP遺伝子背景が酷似している一方で、FES1は酷似していない点だ。
これは、当時、太田氏が使っていた親マウスは、三者(FES2、ntESG1 ntESG2)は同じ親マウス背景(太田氏作成当時、若山研究室にいたマウスの背景)からつくられたと思われるのに対し、FES1だけ、親背景が違うことを示唆する所見ではないのだろうか?
FES1は、FES2と一緒につくられたのではなく、親も違うのではないか?
これも、SNPを調べた結果、わかった所見である。

以下の茶字の桂報告書でも、99SNPのうち、FLS3、 CTS1の幹細胞と、FES1、129/GFP ESでは、4か所のヘテロで一致したが、FES2だけ、この4か所が一致しないと書かれている。

SNP解析をすると、一方の細胞群に、FLS3、 CTS1の幹細胞、FES1、129/GFP ESがあり、他方の細胞群に、FES2、ntESG1 ntESG2の一群があるのだ。

以上、SNPから細胞の同一性を決めるためには、NGSが必要になる事を示すものである。

この部分は、和もが氏も早期から指摘していたが、なぜ、一緒に作られたと思われるFES1とFES2がこれだけ違うのか?に疑問があがっているのである。

桂報告書のこの部分の記載は以下である。茶字

まず、129系統、C57BL/6系統を区別しうるSNPsを比較した結果、以下のことが判明した。
・・・
(2)常染色体のSNPsも同様にして調査した。その結果、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、およびES細胞FES1、FES2、ならびに小保方研ストックES細胞129/GFP ESは、ほぼ129 x 1/SvJmsSlcxC57BL/6NCrSlcの遺伝的背景を持つことが判明した。ただし、本来は全てのSNPsで129とC57BL/6のヘテロ接合体になるべきと考えられたが、実際は、FES2を除く4株では、調査した99か所中4か所において129由来のホモ接合体になっていた。このことは、これらの幹細胞を作製したマウス系統の遺伝的背景に不均一性があったため生じた可能性と、これら4か所において突然変異が生じた場合とがあることを示していた。実際、若山研で飼育されていたAcr-GFP/CAG-GFPマウス(遺伝的背景はC57BL/6)には、その遺伝的背景に不均一性が見られた( 3)NGSによる解析結果 を参照)。
(3)以上のことから、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、ES細胞FES1、および小保方研で見つかった129/GFP ESの、常染色体に存在する129ホモのSNPsが、突然変異、あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞれ独立に作製されたものであるなら、これらの4か所に共通のSNPsが観察される可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。


FLS3、 CTS1の幹細胞においては、材料となるESは、FES1と判定されたが、BCA論文では、上記幹細胞とFES1との間でSNPの30%は一致しないと書かれている。
しかし、桂報告書には、ここまで書いていない。
BCA論文では、FES1より、129/GFP ES細胞の方が、より幹細胞にぴったんこと言っている。

起源が不明の129/GFP ESが、FES1よりSTAP幹細胞に近いというのは、大いに疑惑を呼ぶ。

出所が不明な細胞129/GFP ESが、一番、FLS3、 CTS1に近いことが分かった時点で、サンプル調査でものを言うことの限界がわかる。



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「原著に戻る」?なに言っているんでしょ。桂報告書とBCA論文は同じ結果を元に書いた報告書・論文で、報告書のほうが先に公開され、皆さんの議論の対象になってきたんでしょうが。データは同じなんですよ。

「だから、会話に困りません。」そうですよ。だから欠失1でもDel#1 でも(学とみ子のように4Del、1Dup等と不正確に使わなければ)いいんですよ。ですが先に発表された報告書にある言葉でみなさん議論してきたんでしょうが。すでに専門とする方々から桂報告書の結論に異議がないということになっているのを、新たな事実が出てきたわけでもないのに、蒸し返してどうするの?新たな見解でも出来たの?だったら堂々と論理をつくして発表すればいいでしょ。

カツラ報告書さんの「AC129とChIP-seqの細胞株はそれぞれ別物」という考えを支持しているのは学とみ子とその有象無象だけです。頑張ってこの考えを広めてください。
2019/8/10(土) 午前 11:56


さて以上で引用は終わります。さて、今回の混乱ですが、私たちはそれぞれ違う考えがあり、結果、議論がすりあわなったです。こうした場合は、ため息さん、体内さんは、必ず、学とみ子でたらめ論になります。今回もひどいです。

学とみ子は、BCA論文ExtFig2のDelの縦4枠を縦5枠と見誤りました。しかし、言いたかった事は4枠すべてを見比べよと言いたかったのです。

体内さんは縦4枠を意味するとは思わず、間違いであると言いました。彼女は、学とみ子が、4欠失を2欠失と間違っていると言いました。

でも、二人の比較している対象は違うのです。

この行き違いのきっかけは、学とみ子の老眼が5枠と間違えたせいですが、学とみ子の意図を確認せず、いきなり、間違っていると言う体内さんにも問題あります。

学とみ子は個別の細胞比較をしているわけではないからです。

ため息さんのコメントです。

>「ESの染色体に見られる5欠損(当方が5欠損と書いたので5欠損としているが、実際の判定には2欠損を使っている)

ここも、ため息さんの誤解があります。ため息さんが説明したことは、以前からわかっていることです。

今回の学とみ子の指摘(新指摘ノイエス!)は、そこではないです。ExtFig2で、違う日に作られた細胞で、4Del 1Dupが一致してしまうとの事実です。

だからこそ、細かいB6SNPパターンが一致しないと、同じ細胞から作られたの証明にならないのです。

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今回のこの議論、学とみ子は英語が読めないとか、日本語がでたらめとか、いよいよ、他人をけなす行為を、ため息氏は際限なくやり始めた。
ため息氏は、都合が悪いコメントは自らで変えてしまい、知らん顔をする。
ため息は、周りから見透かされていてもかまわず、好き勝手をしている。
そして、ため息氏のでたらめと好き勝手を、いくらでも応援する仲間たちがいる。
ため息ご乱心ぶりの記録を残しておこうと思う。

今回、最初のいきさつは、カツラ報告書さんが書いてくれた貴重なコメントだ。以下の青字部分

これをもらった学とみ子は、さっそくBCA論文を読み返し、2cの図をあげて、カツラ報告書さんに質問をしている。2cの図は、BCA論文のもので、桂報告書にはない。(後から注釈 2cとナンバリングされたのは図は、桂報告書には無いとの意味です。)
最初から、すでに議論はBCA論文なのだが、ため息氏は気づかない。

ため息氏は、反論として桂報告書の内容を書いてきた。
そこで、学とみ子は、BCA論文について議論しているのだから、そこを読んで反論せよ!とため息氏に言った。
その時の、学とみ子の言い方は、「読め!」ではなく、「買ったらどうか」との皮肉を込めた言い方をした。

桂報告書と、BCA論文は表の一致があるが、書かれている内容が違う。
その後、ため息氏もストックしていたBCA論文を読んだようで、BCA論文についても書いてきた。
しかし、桂報告書とどこが違うかまでは、ため息氏には読み切れないようだった。

そうしたため息自身の問題点をごまかそうと、学とみ子否定をさかんにしてきた。

学とみ子向きには日本語情報でないとだめだと、ため息氏は言ってきた。
学とみ子は日本語じゃないと、理解できないと言い出した。
さらに、その日本語も、どうにもならなくひどいと、ため息氏は言う。
ため息氏は自らの理解不足を棚にあげて、学とみ子に問題があるとしか言わない。結局、ため息氏は議論の全貌が見えないのだ。
ここまで行くと、ホントにもう末期的だ。

ではその経過を、以下に記録しておきましょう。興味ある方はお読みください。
カツラ報告書さんの書き込みからです。

129/GFP ESが混入したというのは論点が外れてますよ。もともとESによる捏造は無理なんだから。あの偽プロフィールを学さんが作れないのと同じくらい無理ですね。結局、129/GFP ESはFLS3の別名ですよ。まだSTAPという言葉がないときにES likeという意味でESを付けてただけ。で、この129/GFP ESは若山夫人の所有物です。彼女が警察に盗まれたと言ったから警察は告発書を受理したんです。削除
2019/8/4(日) 午後 7:38[ カツラ報告書 ]返信する


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ChIP-seqに使われたのは129B6F1ES1っていうのは間違っているな。報告書のタイトルを鵜呑みにしちゃダメよ。内容的には、ほぼ同じと書いているでしょ。この理由がB.C.A論文の拡張データ2Cの第6染色体のSNPマップ図。このデータ、まだ見られるから、目ん玉ひん剥いて見てみてよ。ChIP-seqはAC129-1(129B6F1ES1)とはちょっと違っている。だから、調査委員会が調べたChIP-seqは129B6F1ES1〜6のどれにも当てはまらない。ESが混入したとするにも元のES細胞がないんです。GRASに残っていたChIP-seqはES捏造を否定しているんですよ。メデタシメデタシ。削除
2019/8/5(月) 午後 7:16[ カツラ報告書 ]返信する

黒字は、学とみ子です。
> カツラ報告書さん
情報をありがとうございます。
2Cの図は、129B6F1ES6しかありませんね。129B6F1ES1,2はAC129-1,2とすると、129B6F1ES 4,5は調べていないとなりますか?
(注追加;下線部分ES2は別物)

桂報告書では、2912年5月に独立に作製したES1-6と書いてあって、それぞれ1〜6の間でSNPが違っているとかかれています。そこは報告書では言い訳されてるのでは?と思うのですが、いかがでしょうか?。(9ページ)
・・・・
2019/8/5(月) 午後 8:17学とみ子返信する


何故、ES1ではなく、ES6が載っているかというと、それが129B6F1のコントロール用ESとして小保方さんに渡されたものだったから。予備調査隊は、AC129はES6で捏造されていると思ったから、これを解析した。しかし、それはAC129とは違っていた。そこで小保方研のES2〜ES5まで調べたが、それらも全て違っていた。困った予備調査隊は若山研からES1を取り寄せ、結局、これがAC129と一致することが分かりこれで一件落着となるはずだった。ところがその後、調査委員会がGRASに小保方さんが持ち込んだSTAP細胞のChip-seqのcontrolデータ(免疫沈降をしないで全ゲノムをシーケンスするサンプル)が残っていること知り、これを伊藤さんが解析した。その結果、それはES1〜ES6のどれとも違っていた。小保方さんがSTAP細胞の転写因子を調べるために持ち込んだ試料はES細胞ではなかったということになりますね。ちなみにES1は調査資金が尽きたので全ゲノム解析は行われなかったとのことでした。削除
2019/8/5(月) 午後 11:38[ カツラ報告書 ]返信する


さて、以下のため息氏の記事(4日後)に突然、飛びます。
ため息文章の途中で、学とみ子が発言します。
ため息氏の言い分文章を茶字で書きます。
タイトル:学とみ子以外は読まないほうがいい

何言っているんでしょうかね。上記のように、有料だと当方が言ったとして、だからといって当方がBCA論文のpdfファイルを持っていないということにはならないでしょ。ですから学とみ子が当方に論文を買えというのはお門違いですね。

BCA論文について書いているのに、ため息氏は桂報告書に戻ってしまう。
しっかり論文を読んで反論しろ!との皮肉を込めて、論文を買え!と学とみ子は言った。
皮肉を言われたと、なぜ、ため息氏は気づけないのか!
学とみ子は、天を仰ぐ気分です。

事実すでに持って読んでいますしね。前にも書きましたがBCA論文のデータは桂委員会報告書で使ったデータと同一です。学とみ子は英語にも難点があるからBCA論文にある単語を使わず桂委員会報告書にある日本語の単語を使ったわけですね。

BCA論文が議論され、議論の結果、桂報告書との間に差異があることが明らかになった。
しかし、ため息氏は、その差異に気づけない。その結果、ため息氏は上記のような見当はずれな言い訳してしまう。
STAP細胞について、多くの知識と考察が、ため息氏には欠けているのです。

カツラ報告書さんは、桂報告書の問題点を指摘している。
ため息氏は、ここにまだ気づけていない。
ため息氏は、BCA論文が読めていないし、ESねつ造の証拠のウエイトをどこに置くべきかの科学的考察ができていない。
こんなため息氏には、ES説の正当性の反論など、決してできない。
再度、学とみ子は、天を仰ぐ気分です。

Del#1 は 欠失1 としたわけです。「原著で返せ!」の意味が不明ですが、論文の方で議論しろとういう意味なんでしょうか、しかし桂委員会報告書の言葉を使っておかしな点があるとは思えません。

「原著で返せ!」は、桂報告書に書かれていないが、BCA論文には書かれている部分について、反論しろとの意味だよ。
なんで、いちいち解説しないとわからないのか?
再再度、学とみ子は、天を仰ぐ気分です。

・・・まさか当方が学ブログの管理者権限を乗っ取り記事を消したなどと言い出すのではないでしょうね。「その記録を消した」というのは当方が学とみ子に有料だから買えと、当方のコメントに書いたことを消したということなんでしょうかね。

ため息自身で消した部分があります。
ため息氏は、BCAは有料だからと書いて、日本語情報しか出さなかった当初は、PDFを持っていたことを忘れていたのじゃあないの?
学とみ子に買え!と言われて、思い出したのじゃあないの?
日頃から、必要があれば、専門外でもすぐ原著を読む習慣はないの?
学者だから、日本語読むより、楽なんじゃないの?

ため息氏が論文が有料と自身で書いたその部分を消したじゃないの!
とぼけても見え見えだわ。


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ため息さんは日本語情報をみているのですね。
体内さんは、BCA論文をお持ちのようですが、ため息さんはもっていないようです。

以前は無料だったので、学とみ子のファイルにあるのですね。今は有料のようです。
大した金額ではないので、この原著を読んで反論するのが、大学教官たるため息さんのお役目でしょう。

PDFファイルからのコピーはできないで、ここに示すことができませんが、日本語情報でがまんしましょう。
ため息さんが示してくれた

ここは以前から出ている桂報告書のスライド一部ですが、説明はかいてありません。
129B6F1ESですが、全ゲノム解析したのは、1−6のうちのES6であることが、BCA論文で示されています。
スライド14でも示されていますが、これでは、全ゲノム解析をしたのは129B6F1ES1であるかのような誤解を与えます。

129B6F1ES1−5は、公開されていません。
ここはとても大事な点で、それを確認するのにBCA論文を読むことが必要なのです。
この努力を、ため息さんは怠りました。

カツラ報告書さんは、129B6F1ES1は全ゲノム解析されていないと言っています。
スライド14(BCA論文でも同様)では、決め手となるSNPの内容がおおまかにしか書かれていません。

つまりES6タイプと、AC129タイプとしか書いてありません。これでは、近交系マウスの同一性を論じることができません。

幹細胞AC129が、ESから作られたのではないと考えた場合を前提とします。
すると、それぞれ作られた月日、親マウスが違うのにもかかわらず、4Del、1Dupにおいて同一のパターンがでてくることが事実であるということです。
これが近交系マウスを実験に用いた場合におきてくる問題点です。

だからこそ、全ゲノム解析をして、SNPにおいてもAC129とぴったり合致するESが存在している事が必要になるのです。
BCA論文は、SNPが一致しないES6をアップしています。
全ゲノム解析が無くても、STAPがESから作られたと結論しているのです。

あえて、後で問題になるように配慮してくれたSTAP支持派が、論文著者にいると信じています。

以下を読んでじっくり、15細胞の何が解析されたのか考えましょう。
 Because STAP cells were not maintained as frozen stocks, we first performed WGS of 15 genomic DNA samples in total, including three representative STAP stem-cell lines with different genetic backgrounds, an Fgf4-induced stem-cell line, and seven ES cell lines established at the Wakayama laboratory before or during the STAP study (Extended Data Table 1). We determined genome-wide patterns of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) that distinguish mouse strains129/Sv(129) and C57BL/6(B6), as well as green fluorescent protein (GFP) transgene types (Supplementary Methods and Extended Data Fig.1a).

追加
 BCA論文では、SNP解析 (1,290箇所)から、 FLS3、 CTS1 、129/GFP ES の三種の細胞は、 nearly identica であるといっています。
さらに大事なのは、FES1と、幹細胞との関係です。
 differ slightly from FES1 (at30% of these alleles)と書かれています。
STAP、 FLS 、CTSは sub-stock of FES1 ES cellsから作られたのでないか?
と書かれています。

ここで注目なのは、FLS3、 CTS1 、129/GFP ES の三者間です。
FES1のSNPは似ているものの、三者(FLS3、 CTS1 、129/GFP ES)とは少し違うと言ってます。
一方、129/GFP ESのSNP は、幹細胞のFLS3とCTS1 とぴったんこだとBCA論文が言っています。

つまり、この位、ぴったんこだ判定できる場合に、その細胞から作られたと(学者が)言えるということではないでしょうか?
そのよりぴったんこが、FES1でなく、129/GFP ES だというのも興味深いです。

じゃあ、それと比べて、第6染色体のSNPの詳細をしらべていないのに、AC129はなぜ、129B6F1ES1から作られたなどと言えるのでしょうか?

Delや Dupが細胞にある場合は、親からもらったかが判断材料ですが、129B6F1ES1〜6は親が違うので、そこがわかりません。
近交系マウス由来細胞間では、親からDelや Dupは共有することがあるので、結局、全ゲノムのSNPを調べないと、ものを言うことができないのではないか?と思います。

129B6F1ES1のSNPの場合には、必要なNGSのデータがありません。

FLS3、 CTS1 では、FES1由来であると決めた時の判断条件と、AC129の場合の判断材料が違っています。
この判定材料の違いがBCA論文で明らかになっています。

桂報告書10頁にその部分の記載がありますが、第6染色体のBホモ領域は共有するとしか書かれていません。
その詳細を知るには、NGSが必要ですが、桂報告書には、NGSをした129B6F1ES6は一致しないと書かれています。

少し、以下は、話が変わります。
今回のBCA論文では、論文最後の一覧表に、各細胞がどの実験に使われたのかが書かれています。

AC129(2012年8月)は、以後の実験で使われたと桂報告書にあるが、桂報告書は、実験の種類は特定はできないと書かれています。

一方、BCA論文によるとAC129は、レター論文のFig2i、Fig4(遺伝子発現の図)に使われたとあります。Fig4によると、AC129は、ESとは発現図が違うようです。

ESを使ったというなら、こんな一覧表は必要ないのでは?

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BCA論文の問題点


カツラ報告書さんが示唆に富むコメントを書き込んでくれました。青字
ChIP-seqに使われたのは129B6F1ES1っていうのは間違っているな。報告書のタイトルを鵜呑みにしちゃダメよ。内容的には、ほぼ同じと書いているでしょ。この理由がB.C.A論文の拡張データ2Cの第6染色体のSNPマップ図。このデータ、まだ見られるから、目ん玉ひん剥いて見てみてよ。ChIP-seqはAC129-1(129B6F1ES1)とはちょっと違っている。だから、調査委員会が調べたChIP-seqは129B6F1ES1〜6のどれにも当てはまらない。ESが混入したとするにも元のES細胞がないんです。GRASに残っていたChIP-seqはES捏造を否定しているんですよ。メデタシメデタシ。削除
2019/8/5(月) 午後 7:16[ カツラ報告書 ]

これに対するため息氏の反論です。
ため息氏はBCA論文を読んでコメントしたとは思えません。
茶字


sigh より:
・・・・
をしています。これに対して
2019年8月6日 10:27 AM 体内時計さんがB.C.A論文の終わりから2つめのパラグラフには、「the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived from 129B6F1 ES1 cells.(Google翻訳:ChIP-seqに使用されるSTAP細胞サンプルが129B6F1 ES1細胞に由来することを示しています。)」とあるからカツラ報告書さんの言い分はおかしいと反論しているのですよ。

BCA論文です。
STAP cells are derived from ES cells
ARISINGFROMH.Obokata et al.Nature505,641–647 (2014)doi:10.1038/nature12968; retraction511,112 (2014) doi:10.1038/nature13598; and
H. Obokata et al. Nature 505, 676–680 (2014) doi:10.1038/nature12969; retraction 511, 112 (2014) doi:10.1038/nature13599

SNP analysis revealed that two independent STAP stem-cell lines,
AC129-1 and AC129-2, had a 129B6F1 genetic background, while
they were documented in the original article1 as being established
from 129 cag-GFP mice. We identified five heterozygous genomic
anomalies: four deletions, and a duplication in these STAP stem-cell
lines (Extended Data Fig. 2b, d), which were not found in the
sequenced parental mouse genomes. We identified that these anomalies
and sexual identity were shared by one of six control ES cell lines
with cag-gfp, 129B6F1 ES1, established earlier than AC129. This is
also the case for the other cag-GFP STAP stem-cell lines, FLS-T1 and
T2, established in 2013. The 129B6F1 ES1 also shares a characteristic
homozygous B6-SNP cluster in chromosome 6 with these four cag-
GFP STAP stem-cell lines (Extended Data Fig. 2c, d).
It is unlikely that
the 129B6 ES1 line and these cag-GFP STAP stem-cell lines independently
inherited all five chromosomal anomalies, the Y chromosome,
and the same chromosome 6 from parental mice at establishment.

・・・・
Control genomic DNA sequences for STAP cell chromatin immunoprecipitation
sequencing (ChIP-seq) experiments (Fig. 4 in ref. 2)
had been deposited in the NCBI database2. To gain sufficient sequencing
coverage, we re-sequenced the genomic DNA prepared from the
STAP cell lysate used for ChIP-seq (Extended Data Fig. 1a). We confirmed
that this STAP cell sample shared all the genomic characteristics
described above for 129B6F1 ES1 (Extended Data Fig. 2c),
indicating that the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived
from 129B6F1 ES1 cells.
In summary, our investigations based on WGS of STAP-cellrelated
materials reveal that all of these materials are derived from
previously established ES cell lines and refute the evidence shown in
the two Nature papers1,2 that cellular stress can reprogram differentiated
cells into pluripotent cells. Data described here were presented
to an external investigative committee convened by RIKEN. Raw data
are available at the DDBJ sequence read archive (DRA) under accession
number DRA002862.


AC129-1、 AC129-2のSTAP stem-cell lines (Extended Data Fig. 2b, d), にはfour deletionsとa duplication があるといっていて、これが129B6F1 ES1と共通だと言っています。129B6F1 ES1の解析の図はこれだけです。
これを根拠に同じと言っているのです。

実際に、SNPが図に示されているのは、129B6F1 ES6ですよ。129B6F1 ES1はB6-SNPパターンデータがないのです。
ところが、BCA論文の記述では、幹細胞と129B6F1 ES1の両者はB6-SNPパターンが一致していると書かれています。

B6-SNPパターンは、STAPchIP lysateは、129B6F1 ES6とは違います(Ext Fig1a,Ext Fig2c)。


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