学とみ子のブログ

病気と心を語り合いたいです。

万能細胞 iPS ES STAP

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結論ありきの雑談コーナーには、興味深いコメントありますね。 plusさんのコメントについて書きましたが、ここにはLさんのコメントがいろいろあるのですね。 じっくり時間をかけて読んでいこうと思います。

Lさんは、ES派なのは知っていましたが、これだけはっきりと小保方氏がESを混ぜたと書かれていたのにはびっくりしました。
それでも、Lさんは小保方氏にはモチベーションがあるともかかれていて、さらにびっくりしました。
Lさんが、ESを混ぜたと思っている確率はどの位なのでしょうかね?
もし、LさんがESを混ぜたと思っていて、それでも、小保方擁護的な発言があるのが不思議です。
今は、小保方氏が故意に混ぜた!で結論するに至ったということですか?
学とみ子の価値観からすれば、アンバランスな評価だろうと思うわけですが、それがLさんという方であると受け入れるしかないのですね。

学とみ子の価値観では、小保方氏がESを混ぜる確率はゼロパーセントです。
そんなこと、普通の人はしません。
これから前途ある新人研究者が、ESを混ぜたりは絶対していない!、なんでそんなことをするの?と思います。とにかく、動機がない。
動機が無いという事は、ESねつ造を否定する大きな要因と思います。

共同研究者たちも、小保方氏がESを混ぜたとするなら、検証実験なんて決してやらないし、日本も世界の科学界も、彼女を完全に無視しますよ。
CDB上層部は、小保方氏をサポートしたのです。

なによりも、小保方氏自身でESを混ぜていたら、潔白を主張した手記なんて書けない。
そんなメンタリティーの人なんて、現実にいませんよ。

キメラのTCRは、小保方氏が最後、ゲルに流して実験したかもしれないが、そのサンプルの調整、ラベル貼りの確認は、小保方氏以外の人の手によるものだと思っています。
小保方氏をねつ造者にしたい人がいたのではないか?その可能性の方が高いと思います。

桂調査委員会の委員からの質問については、誰かから小保方氏はだまっているように言われたのではないか?と思います。
黙っていた方が有利になるといわれていたのではないか?と。
結局、だまされてしまったのではないかと・・・・懸念します。
そして、当初、だまっていたから、すべての実験の責任をすべて背負わされてしまったのではないか?と・・・・😢

但し、STAP実験で指摘されている種々の問題点は、アクロシン入りの件を除けば、特別のものではないと思います。
若山研究室でのキメラ、幹細胞を用いた主要実験は、若山研究室スタッフの手でやられたものです。75/80パネルの数値が示す通りです。


5255. L 2019年06月02日 10:04 ・・・・
本当は、ちょっとだけ再現していた訳で、ここにフォーカスすれば、ちょっとだけ光っていた細胞に自家蛍光を混ぜ込んで過大評価した事、さらにはES混入でそのストーリーがどんどん肥大化して行った事、最終的に引くに引けなくなって不正データで飾ることになってしまった事、が分かると思います。何もないところから捏造を重ねて作られたストーリーではないという事で、不正は不正ですが、情状酌量の余地があったと、私自身は思っています(桂報告書にはそのような雰囲気があると思います)。もちろんESを意図的に混入していたなら、全責任を筆頭著者が負う形で良いと思いますが、ここを詰めない事にしたにもかかわらず、最終的な裁きとしては極刑(学位剥奪=研究の世界から追放)になりましたね。筆頭著者の人生を考えた場合は、見切りをつける良い機会になったと、今ならば思えますが、当時は筋の悪い裁きだと思いましたよ。

再現実験には批判が多かったですが、データをきちんと管理していなかった筆頭著者の杜撰さが致命的だったという側面もあり、再現実験してみる他に方法がなかったのではないかと思います。


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結論ありきの雑談コーナーには、興味深いコメントありますね。今も、ため息ブログに、活発にかいている方もいます。細胞理解が進んだ現在、今との違いも興味深いです。

当ブログが、これら興味深いコメントに論評していきたいです。

STAP細胞を守るための論拠が、この議論の時にはありませんでしたね。ES派、マスコミによる印象操作で、世の中が誤解してしまっています。

そこに、手記「あの日」の発売があっても、結論ありきに集う多くの読者は、「あの日」に若山責任転嫁しか読み取れません。

多くの疑惑は、キメラと幹細胞です。レターはアーティクルがなくなったら存在できません。そんな関連性も理解できない人がいます。この点について、マスコミの見当外れな解釈が出ました。これを信じる人もいるのですね。

キメラも幹細胞も、若山作成であり、小保方氏は、その詳細を明らかにしてほしいと、若山氏に迫っています。それが、[あの日]です。

以下の頃のplusさんは、かなり今とは違いますね。興味深いです。
以下の文章の興味深い部分は、

>ただの勘繰りだったにせよ、より深刻なトラブルの引き金となったわけですが。

理研上層部によるまともな裁定が初期には機能していたのです。残存検体には信頼性が無いです。レター論文の遺伝子解析は、CDBの技術の粋を集めたものです。

これが偽物なんて、世界に向けてこんな恥ずかしいことはありませんでしたね。


世界を見据えた理研上層部ブレインたちの判断より、そうでない人たちの集団的権力が勝ってしまったのです。下極上的判断が可能となるのは、政治力の理不尽な介入でしょう。

政治家は、何が世界的恥か?何が科学的許容かがわかりません。
ES混入疑惑論文は撤回しないと、世界的恥なんだとマスコミが騒ぐと、そんなもんか?と政治家は思ってしまったんですかね?

むしろ、一旦出した論文成果を否定する方が世界の恥なのにーー。
ES混入して、STAP細胞を作った作業、実験をやらないで遺伝子解析結果を論文に載せた作業、なぜ、そんな作業が複数の最高実験者のいる公的な研究室で可能なのか?
これが実行可能だったとする方が、よっぽど謎かつ恥でしょうね。

世界に散らばる良識ある研究者層は、理研の奥にある秘密を予想して、だまっているしかないのでしょうね?

科学者、政治家に限らず、世界を見ない一般の人たちもマスコミ解説を信じ、STAPを潰しました。

ハーバードのアンチSTAP勢力が、世界の良識ではなく、アンチバカンティライバルでした。

科学者は常にライバルを蹴落とそうとします。そうした競争を、ES派はうまく利用しました。

STAP論文が一部でも残ったら日本の恥、理研の恥と啓発されました。
撤回がやむを得ない場合は、何が一番の問題なのか、その原因は何が考えられるか、著者らより共同メッセージが出されてしかるべき場面です。

STAP細胞のごまかしが、正義感溢れる科学者たちによって打破されたとのストーリーが作られました。マスコミが科学者をヒーロー呼ばわりをして、世間に広めました。

ポピュリズムの危険で暗い側面です。

>412. plus99%
2016年10月12日 19:14
409. サラリーマン生活26年さん
私は個人的には、「知らなかった」は免責を目的としたものではなかったと思っています。
理事長から「未熟者を鍛え直す」と発言があり、第2論文は調査せず、残存サンプルは解析しないという理研の初期方針は、2項目の不正は認めるが解雇とならない軽い処分で止め理研で研究続行するという、雰囲気でも合意でもいいですが落とし所に向かっていたのではないかと思います。
それが周りのただの勘繰りだったにせよ、より深刻なトラブルの引き金となったわけですが。

>2016年10月12日 22:59
420. 一旅人さん
あはは、そうですね。
STAP論文が4月末にでも撤回できていたら、同年5・6月くらいに完成版博士論文を早稲田に提出できていたら、未熟で逃げ切れた可能性はあるんじゃないかと。そうであれば弁護団は小保方氏の利益を見事に守ったと信じられそうな気がしませんか?どちらもそうならなかったのは小保方氏個人の問題と言えばそう言えないこともないわけです。



上層部の判断ミスが、何でもない事件を大きくしてしまったと、plusさんは言いたいようです。

上記の場面では、小保方氏に判断ミスがあったと書いています。
この方の攻撃対象はここですね。


上から見下ろして、当事者は判断ミスをした!と、plusさんはそうした物言いをします。

窮地にある人を、引きずり出して否定するマスコミの好きなスタイルですね。

理研上層部が判断ミスをした。小保方氏が判断ミスをしたというスタイルで文章作りをする裏側は、「私なら(plus氏自身なら)うまく立ち回れるんだ!」と言いたいのですかね?

このplusスタイルで、学とみ子は随分とけなされてきました。
学とみ子の愚かさはここにあるのに本人は全く気づけない!という物言いをして、学とみ子を否定してきました。

科学的な記述については、plus氏は思い込みを書いて、記述が間違っていても訂正するということがありません。そこは、ヤッパリ氏、と似ています。
己のミスを認めることができない人たちです。

攻撃してやろうと決めた相手の言い分など絶対聞かない!との彼らの強い意思を感じます。
しかも、彼らに言わせれば、こうした扱いを受ける原因は、学とみ子側に責任があるというのです。


こういうタイプの人たちなら、STAPは偽物と信じて反論者も含めて潰そうとするでしょう。


小保方氏の新人科学者としての未経験さが、CDB上層部に反発を持つ人たちに利用され、ES派の結集を呼び込んだと、学とみ子は想像します。

現実に起きたCDB解体の結果からしても、言えることです。

上層部攻撃の手段として、STAP論文が利用されたのではないか?
です。

常なる競争を強いるCDBの職場環境は、そこで働く人を疲弊させます。

能力主義に反対の全国の理研職員からのサポートも、CDB上層部への圧力となります。

理研には歴史的に、上層部に対する労働組合的反抗勢力があるようです。

STAP事件の起きるずっと前から、論文不正をかぎ分ける自己点検グループ活動などもあったでしょうし・・・・。

その流れの中で、改革を進めるCDB上層部指導を止めさせたいとの理研職員の意向が高まり、CDB上層部の敷いた実力本位の採用システムを否定する活動へと集結したのでしょう。


こうしたCDB上層部に反発する人たちは、STAPミスに乗じて、若山研究室を攻撃するとの選択肢もありました。

小保方攻撃と戦略的には同じです。

STAP実験中から、GRASへのサンプル持ち込みなどに際し、若山研究室はマークされてようです。
しかし、堅牢な若山城は、研究者のネットワークも密で攻略困難と判断されたため、STAP攻撃派は、小保方攻略にしぼったのではないでしょうか?


つまり、小保方氏が単独で行ったとなんらかで証明できる実験のみ、ねつ造攻撃を行いました。
小保方氏が作成したSTAP細胞を使い、論文に書かれた多能性を証明したのは、すべて若山研究室です。その実験量も膨大でした。
しかし、その実験結果を、小保方氏が隠した!、提出しない!ことを理由に公開しなかったのです。
つまり、誰が実験をやったのかはわからないようにしたのです。
小保方氏の責任に集結させるためです。

若山城を攻撃をしない代わりに、若山城主にSTAP擁護をさせない戦略を提案したのかもしれません。あくまでも、想像ですがーー。

筆頭著者を潰し、若山城での将来戦略を中止させ、STAP可能性を徹底破壊したことで、日本で研究従事する他の人たちが、業務上の危惧をさらに抱くようになったのは確かでしょう。

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私が承認しなかったと避難を浴びてるLさんコメントです。1日遅れただけですよ。

内容的には、以前からLさんが主張されていることです。科学者として、簡潔で無駄な言葉がありません。誰にとっても理解しやすいように書かれています。

以前、Lさんは新たなる発見を私たちに教えてくれました。
しかし、今回のこのコメントは、内容からして、従来コメントを、再度、誰にも分りやすく解説したものです。そのLさんコメントを意識的に、学とみ子が止める意味って何ですか?その主張はおかしくありませんか?

まあ、何でも、学とみ子を非難するのが、ES派の戦法なので仕方無いですね。

こうした時には、とんちんかんの鐘のねを聴くと良いかもーー。

やっぱりさんの突っ張りは相当なものです。やっぱりさんは、長い間、技術的に見栄えの良い図表が作れるように努力してきたのですね。ご苦労様です。

では、Lさんコメントコピペです。


5256. L
2019年06月02日 19:36
学ブログに昨日追加でコメントしましたが、時間差承認のトリックで論旨をミスリードされているようです。昨日の投稿分のうち、やっぱりさんや一言さんへの回答が未承認なので、抜粋でここに貼ります。

ため息さんのところでの、やっぱりさんからの質問に対する回答。
(1)Fig 1iのリンパ球レーンは、ゲル2の#16ですから、CD3で純化したT細胞(リンパ球とラベルするのは不適切)サンプルです。純化したT細胞の場合でも、理論的にはD2J2がGLで残る可能性がありますが、PCRではより小さい再構成バンドの増幅の方が効率よく起きるため、GLのバンドが見えなくなる事があってもおかしくないと思います。Oct4-GFP STAPサンプルでは、D2J2.1からD2J2.6まで6本の再構成バンドとGLバンドが見られ、生き残ったCD45陽性細胞(B細胞、T細胞、非リンパ球が混ざっている)の所見として矛盾しないと思います。
(2)Ext Fig 2gでは、LymphocyteのレーンでGLの直下に変なバンドがあり、このバンドはT cell (CD90+CD45+) STAP#1でも見られます。これは再構成バンドではなくGLに関連したバンドではないかと私は考えており、CD90+ではT細胞を純化できない(TCRbがGLで維持されているCD90+CD45+造血前駆細胞が混じっている)と考えます。興味深い事に、この図のレジェンドには、「配列を確認した」と書いてあるのですが、どのバンドがどのような配列だったのか、桂調査委で確認してもらえたらよかったんですけどね。

一言さんへは、今回限りの回答で、
(1)0本については両アレルでD1J2再構成を起こせば説明できる。
(2)DJ再構成はほとんどの末梢T細胞で完了しているので全体がGLで残ることはないが、D1J1再構成を起こしたアレルでは、下流のD2J2に限りGLで残る可能性がある(吉村氏によれば、実験的に10%)。

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天敵ため息ブログに、以下を書き込まれてしまいました。
学とみ子は、しばらく、したらば掲示板は読んでいなかったので、ちょっとショックでした。

青字
>学さんには他の人に先んじて僕らのブログの場所を教えていたんだけどね。
がっかりだね。
 学さんとの対話も終わったんでそろそろ皆にも知らせる準備をしようかな。
2019-06-10 12:55:54

>学さんはあの対応だと我々ど素人の真剣さをなめてるな。
そんなもんだと思えみたいな。
無茶苦茶だ。
ここは我々のntES論が間違ってることを証明されているところかもしれないからとても重大だ。
間違ってたら別の道を探さなくちゃいけなくなるんだからね。

>在原業平
彼女は途中から我々のコメントをアップしなくなった。
そして一部だけを都合よく利用していたね。
そして後に分かったがLさんのコメントもアップしてなかった。
もちろん向こう側のは以前からだし、こちらですらこうなんだからあちらは当然そうだろうとは推測していたけどね。
2019-06-04 07:31:46

学とみ子:ヤッパリさんと同じことを言わないでください。Lさんのコメントは気づかなかっただけです。そこから、私はパクってなんでいませんよ。

私は、一言居士さんを応援してきたつもりですが、結構冷たいお言葉で・・・シクシク😢
私が一言居士さんのすべてをアップしないのは、いろいろな理由があります。

私の中では根拠があります。

まず、一言居士さん自身で、後で間違いに気づくであろう(間違い)記事はアップしません。
一言居士さんの誤解に基づく記事は、ご本人が後で修正するでしょうが、学とみ子ブログの第三者の読者が混乱することを恐れます。

さらに、当ブログは、ため息ブログの大いなるターゲットになっている事もアップしない理由となります。
最近のため息氏の攻撃は特にひどく、ため息氏自身が議論のリーダーシップをとっているとの虚勢をはります。学とみ子を論破していると言います。
「ため息氏は勉強不足!}が、ため息氏にとって、とんでもない心外!なようです。
「俺の方が知っているんだ!科学的に論破しているんだ!」と大パフォーマンスしてます。

時々、一言居士さんの考察は深すぎる、こだわりすぎるの問題点があります。
そこにこだわると他の大事な部分を見逃すと、学とみ子が忠告したくなることがあります。
似たような内容で物理的に記事数が多すぎる場合もアップされません。
ごめんなさい。

学とみ子が、理解できない、説明できない領域に及ぶ記事はアップしません。

それでも、最近の一言居士さんは、ご自身で研さんをつまれて、一時的に迷走されても短期間でうまく収まって行くようです。
一言居士さんご自身でも、「自分で学ばなければいけない!」と言っているように、確かに、自己研鑽で良い方向に向かっていると思います。

ため息氏のように、何も進まず、揚げ足取りに奔走する様子とは、一言居士さんは対照的です。

細胞学の専門家でもない一般人が、STAP事件不可解な経過に気づき、勉学を進めて、STAPの謎を解くというのは、サクセスストーリーです。ドラマ性もあります。こうした啓発により、一般人のSTAP支持が広がりそうです。

但し、一言居士さんには、男性特有の「武士は食わねど、高楊枝」的矛盾があります。
時には、「素人の本気」とも言うし、時には「便所の落書き」などとも表現するので、女性は混乱します。

さらに言わせてもらえば、一言居士さんに得策になるはずですので、科学者層の意見を大事した方が良いです。
あからさまに桂報告書を否定できない(科学者たちの)立場を考慮すべきです。
科学者たちは、特に日本では、理研裁定反対は難しいと思います。
研究者本人の身元が暴露されたりするでしょうし、意地悪チェックも、相当にあるのではないか?と思いますよ。
学とみ子の個人情報まがい暴露どこの騒ぎではないと思います。
小保方氏救済をめざすなら、科学者層を攻撃しない方が得策です。
STAP派の理論武装には、科学者層は大事です。

話を変えます。したらば掲示板の内容に触れます。

調査結果
 小保方氏と笹井氏の連名により提出された Figure 1i の元になったゲルの写真 の電子ファイルと実験ノート類及び同図の作成経緯と方法の書面による説明、並 びに両氏からの個別の聴取内容を精査した結果、Figure 1i の図は 2 つのパルスフ ィールド電気泳動ゲルを撮影した2枚の写真に由来する加工画像であることを確認した。
同電気泳動においては、合計 29 のサンプルを、サンプル 1 から 14 をゲ ル 1 に、サンプル 15 から 29 をゲル 2 に電気泳動したこと、Figure 1i のレーン 1, 2, 4, 5 がゲル 1 の左から 1, 2, 4, 5番目のレーン(標準 DNA サイズマーカーを レーン 0 として左から番記)に相当し、レーン 3 がゲル 2 のレーン 1(同)に相当することを、各ゲルに写った写真情報から確認した。
なお、ゲル 1 のレーン 3 とゲル2のレーン1はともにT細胞受容体遺伝子再構成を示すポジティブコント ロールであり、それぞれ脾臓の CD45+血液細胞と CD45+CD3 T リンパ球由来の DNA の PCR 産物を泳動したものである。

学とみ子はこの石井報告書を読んでないです。(いろいろ抜けていますがすみません)
ここで、大事なのは、ゲル2にはコントロールがあるということですよね。つまり、図として評価できる状態にあるということです。それなのに、石井委員会は大事な所見を削除してしまったのです。

ペリー・メイスン 氏はいかのように言っています。
>石井調査チームはここに2Nキメラの電気泳動写真があるということの重大さには当時まだ気づいていないね。

これは、学とみ子的解釈では、そのような理研研究者が検証調査をやっていたということは重大だと思いますね。そこに謎があるのですから、問題とすべきです。

ヤッパリさんが長いこと、TCRバンドは1本、あるいは数百の塩基の欠損と間違い解釈をしていたのですが、これこそ、多くの研究者層がTCRバンドの解釈を間違っていた事実を象徴します。

吉村氏は、あくまで1個のT細胞が胚で生き残ったと仮定しています。何個のT細胞が胚内で生き残り、キメラに寄与したのかはわかっていません。ここで、ボケた本数を考えるより、どのような条件でバンドがぼけるか、本数が読みにくくなるかを考えた方が良いです。



一言居士さん、学とみ子のやり方が不満でも、私はあなたの努力を評価しています。
あなたが勉学を積まれて、ここまでSTAPの謎の解明に頑張ってきた成果は、将来、一般人のSTAP理解につながって行くと思います。

それから、最後に聞きますが、一言居士さんは、一旦ここへアップした情報を消してしまったのではありませんか?

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ため息氏の以下のコメントに接して、学とみ子は少し安心していました。
このため息コメントは、まともでしたね。
>あるいは、科学は仮説を立て、その仮説の妥当性を実験・観察で検討するのであって、仮説が誤りであることはいくらでもある。学とみ子の説はそのような仮説なんだから、訂正されるのは、次のステージに登るための一歩である なんてことを言うのでしょうかね?

学とみ子は仮説を披露しているのだろうと、ため息氏はご自身のブログに書かれていました。
しかし、2019/6/8(土)の新たな学とみ子コメントに対しては、又、ため息氏は、元に戻った感があります。

さて、問題の以下の学とみ子コメントです
2019/6/8(土) 午後 3:39に学とみ子コメントです。茶字

学とみ子
>しかし、ため息氏は、学とみ子はT細胞からキメラはできないと言ったと言い続けます。
ここを、学とみ子バカ呼ばわりの手段にしてます。
今回も、ため息氏は、学とみ子は、胚の感知能により元T細胞は排除されると言ったじゃあないか!と何度も言います。

このコメントに対するため息氏が以下のように返信しました。

ため息氏
>どうやらTCR再構成のあったT細胞からキメラはできないという学とみ子説と2NキメラにTCR再構成があったかのような実験結果(石井委員会で提示されたゲル2、特許申請図20)との整合性をとるために、前者の説がなかったことにすることを始めたようです。


”学とみ子は嘘つき、ごまかそうとする人”に結び付けないと、ため息氏は満足できないようです。
こうした印象操作にがんばるため息陣営ですが、これからもつづくのでしょうか?

学とみ子がブログで伝えたいと思う時、自由競争の社会においては、当ブログを潰そうとする人達がいたら、学とみ子は受けて立たざるをえないのでしょうかね?
無視すれば良いとは思うのですが・・・・・、
「学とみ子はため息氏に論破されて、手も足も出ない!}
なんて感じる人もいるらしいから、学とみ子は反応しちゃうのです。

実は、2019/6/8(土) 午後 3:39の学とみ子コメント文章があります。
これに対しても、ため息氏の反応がありました。
 
学とみ子
>ジャームラインは、完全型のDNA配列です。将来の個体となる予定の生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求されます。しかし、一方で、胚の免疫寛容が働けば、遺伝子改変細胞から体細胞寄与はOKなのかもしれません。

このジャームラインコメントに対するため息ブログです。青字
ため息氏
→ 意味不明
「生殖細胞は、より厳密なDNA構造を要求」??
初期の胚には免疫システムそのものがないからキメラ動物ができるのでしょ?これを免疫寛容というの?

ここについて、学とみ子が少し説明します。

一旦、細胞が配偶子になると、細胞が改善される現象があります。
これから生命体となる細胞は完全なものである必要があるからです。
動物が優秀な子孫を残すために、細胞独自の生き残りスキルです。
こんなこと、医学部の人なら知っていると思いますけどね。
こういう発想が、ため息氏にはないのですかね?
意味が全く分からないと言っています。困った人です。
ため息氏はつかさず、「そういう意味じゃない!」と言うかも・・・。

卵子や精子になると、細胞は改善する現象があり、実験でもジャームラインを通したりしますよね。
ミトコンドリアDNAのヘテロプラスミーは、STAP細胞でも問題になりましたね。
たまたま、西川先生のサイトに以下のような記事がありましたので、貼っておきます。                       

10月19日:凄まじい淘汰のおかげでミトコンドリアの質が保たれている(アメリカアカデミー紀要オンライン版掲載論文)

おそらくタイトルの生殖細胞ボトルネックと言う言葉を知っている方は少ないだろう。これは卵子形成過程で一度ミトコンドリアの数が急速に低下した後、分裂により元にもどる現象を指す。これにより、機能異常をもつミトコンドリアを淘汰していると考えられている。さて、この研究では39組の母子の細胞内のミトコンドリア遺伝子配列を調べて、細胞内に突然変異を起こしたミトコンドリアがどの程度存在しているのかを調べている。ミトコンドリアの遺伝の理解を難しくしている原因が、ヘテロプラスミーと呼ばれる現象で、一つの細胞に正常と突然変異を持ったミトコンドリアが共存することを言う。ミトコンドリアゲノムが独立性を持つため起こる状態だが、一つのミトコンドリアで突然変異が起こっても、細胞内には多くの正常ミトコンドリアが存在するため異常が表に出ない。ただ、分裂しない神経細胞などで、異常ミトコンドリアの増殖が高まり細胞を占拠し始めると症状がでてくる。他にも、先に述べたボトルネックを通るとき、異常ミトコンドリアの比率が急に増えることがあり、お母さんは正常なのに子供で病気が急に発症したりする。実際今回の研究で、ほぼ全ての親子で、突然変異を持つミトコンドリアが見つかる。また、突然変異の1/8は病気を起こす可能性がある突然変異だ。幸い、その割合は低く、1例を除いてそのままで異常を起こす事はない。また、アミノ酸変異を起こす突然変異は、ボトルネックの際淘汰されるのか子供に伝わりにくい。とは言え、20代に出産した組を30代で出産した組と比べると、異常ミトコンドリアが子供に伝わる確率は2−3倍上昇する。さらに39組中1組で子供の細胞で異常DNAが急激に増加しているケースも発見されている。以上の事から、ミトコンドリアヘテロプラスミーは誰にでも見られる事がわかる。そして、生殖細胞ボトルネックが異常ミトコンドリアの挙動を左右している事も良くわかった。このためこの研究では、ボトルネックでミトコンドリアの数はどの程度低下するのかを計算している。すると驚いた事に、普通なら10万個程度存在するミトコンドリアが一度は40個以下に減少する事が計算からわかって来た。とすると、ミトコンドリアは氷河期の人類が晒されたのと同じ様な凄まじい淘汰に毎世代晒されている事になる。この結果が裏目に出る事もあるが、このおかげで私たちは異常ミトコンドリアに占拠されずに済んでいるようだ。地道だが、ミトコンドリア病を理解するためには重要な研究だと思った。

コメント(26)
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[FACS1]
>> 学さん
ゲル2と特許図にキメラマウス尾部細胞らしきもののTCR再構成のPCR検査結果がある。あなたのご判断は以下です。
>>
(2)TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える

従って、写真が偽物であるか、検体に白血球が混じったりしていない限り、キメラ体細胞がT細胞由来であることは証明されたように見える。でも、あなたは小保方さんのこのPCR結果はそれ以外の由来細胞の存在を排除できてないとおっしゃる。削除
2019/6/9(日) 午前 8:18[ 一言居士 ]返信する
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[FACS2]
例えばライブセルイメージングでは蛍光細胞が移動していてマクロファージが選別の際に検体の中に残っているのは明確です。おそらくこの時はCD45+のみでFACS選別したんでしょうね。でもゲル2において小保方さんはCD45+とCD3+でT細胞を選別している。TCR再構成を調べるということになって、できるだけT細胞のみを選別しようとしたわけです。そして、酸浴して蛍光しているSTAP細胞にはTCR再構成があった。論文の論旨的には、ここで証明されたことはOct4-GFPが発現していない体細胞であるT細胞が酸浴刺激によってOct4-GFPを発現し、光ったということです。光ったのは他のどんな幹細胞でもなく系譜決定されていたT細胞がリプログラムされたからなんだよと主張した。TCR再構成のPCR検査自体は検体がT細胞のみである限り酸浴前でも酸浴後でもラダーの出るのが当たり前ですね。削除
2019/6/9(日) 午前 8:19[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[FACS3]
そして、いよいよ若山さんが小保方さんの作ったこのときのT細胞由来STAP細胞をキメラ胚に移植して、2Nキメラを作った。そしてこのキメラマウスの、明確には書かれていないが、尾部であろう体細胞組織のDNAをPCRにかけて、小保方さんが論文に書いているプライマーで挟んだらラダーが出たということです。従って上述しているようにこの結果が本物なら、このキメラはES細胞由来ではないと証明されたことになる。つまり桂報告はでたらめだということです。どこにあったかも分からないような太田ESなんかは使われていないということです。削除
2019/6/9(日) 午前 8:20[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[FACS4]
従って、以後は、以下の二つを検討していけばいいわけです。私は今ジムさんのブログでそちらの方向に進んでいる。
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている削除
2019/6/9(日) 午前 8:20[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[FACS5]
ところが"ある派"のあなたはもう一つの可能性を主張なさっている。つまり、

③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである

その根拠は不完全なDNAを持つ細胞は胚の中で排除されるというものですね。脾臓構成細胞の中でT細胞以外で一番多いのはB細胞ですが、無論あなたの説ではこれもありませんね。マクロファージを仄めかしておられましたかね。削除
2019/6/9(日) 午前 8:41[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[FACS6]
酸浴下では細胞は生き残るのが精いっぱいの努力で無論増殖は出来ませんが、FACS選別でわずかに含まれていたリンパ球以外のTCR、もしくはBCR再構成の無い白血球もしくは他の脾臓構成細胞が生き残って、しかも、酸浴でOct4-GFPを発現している細胞が7日目にたくさん残っているということはちょっと考えにくいので、最初に含まれていた割合で少量残る。それを若山さんが20個程度の塊で、100個程度のキメラ胚に入れたわけです。これは由来はともかくとしてキメラ自体は他のケースでたくさんできています。Article Extended Data Figure 7-6で、264個のキメラ胚に対して64個体のキメラを得ています。24%の達成率です。FACS選別ですり抜けた細胞の量を全体の1%とすると酸浴して残るのもそのままの含有率でとみなせる。20個づつ入れるとして5280個の細胞の中の1%というのは52個です。これが均等にばらまかれてすべてキメラになったと仮定するとほぼそういう結果になりますね。ESでも半分くらいしかできないと仮定しても含有率を2%と条件を少し変えるだけで可能になりますね。削除
2019/6/9(日) 午前 8:42[ 一言居士 ]返信する
顔アイコン
[FACS7]
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである

こういう理解で、この3つを検討すればよろしいですか? 以上です。削除
2019/6/9(日) 午前 8:42[ 一言居士 ]返信する
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> 一言居士さん

一言居士さん、考察中です。

>もしくはBCR再構成の無い白血球もしくは他の脾臓構成細胞が生き残って、しかも、酸浴でOct4-GFPを発現している細胞が7日目にたくさん残っているということはちょっと考えにくいので、

アーティクル論文Fig1dで示されるように、5日目からSTAP細胞の6割位がGFP陽性細胞で、構成されます。こういう論文図表は逃さないでしっかり見て欲しいです。

それから、ホストキメラ由来のTCRクリアバンド(体細胞DNAにTCR−DNAが多く含まれる証拠となる)から、肉眼的に体細胞が元T細胞STAPに由来することが判定できます。研究者はT細胞並みのTCRの検出と表現されています。見る人にはそう見えるということです。しかし、それ以上はわかりませんので、この検査の精度はそこまでです。削除
2019/6/9(日) 午前 11:26学とみ子返信する
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酸浴後にどのタイプの細胞が残ったのかはわかりません。酸浴前には少なかった細胞種が、酸性環境に抵抗性なら(生き延びれれば)、酸浴後にその細胞が増えています。

臓器には臓器幹細胞が存在していて、特に新生児期の動物には組織幹細胞が多く存在し、初期化しやすいことが知られています。つまり、CD45で選別できる分画の中に、そうした初期化能の高い細胞がいて、それが酸浴刺激で選択されてSTAP細胞になった時、初期化能の高い細胞数が増えた可能性もあります。

この酸浴後7日間で細胞にどのようなイベントがあるのか、誰もまだ調べていません。ハーバード大学の検証実験では、酸浴後細胞を7日間生かしておけていません。
つまり、これでは検証実験ではありません。本来、こうした問題がもっと議論されてしかるべきだったと思います。削除
2019/6/9(日) 午前 11:26学とみ子返信する
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T細胞を集めてTCRを見た実験は、STAP細胞のTCRを見る時にはつかわれましたが、キメラや幹細胞実験は関係ありません。すなわち、T細胞由来STAP細胞からキメラが作れたとはかかれておらず、キメラにはTCRが無くても良いのです。

キメラをつくったCD45+細胞は、幹細胞になりにくい細胞種だとは思いますが、生体内(胚内)では、生存力が強く、分化能、増殖能が高いであろう細胞です。丹羽先生の実験の写真も参考にしてください。そうした細胞の存在が想像できます。Lさんのアドバイスもありますので、この部分の当ブログ記事を読んで欲しい。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15861903.html

この先は、学とみ子の想像ですが、もともと人工的操作された特殊なマウス脾細胞を材料にしたからこその、キメラの成功だったのはないかと???
以後、普通のマウス細胞使用では再現性が得られなかったのではないか????削除
2019/6/9(日) 午後 0:57学とみ子返信する
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一言居士さん、①③の質問に対するコメントです。

① この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である

可能性は、ラベルの貼り間違えです。もし、本物だったら、このキメラマウス#1の他の体の部分を徹底的に調べているはずです。そして、アクロシンがばらされても、STAP細胞からキメラができたことの何よりの証拠ですから、著者らは、論文維持に固執するでしょう。


③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである
CD45+細胞からキメラができたと論文通りの結果です。“FACSで選別しきれない”とかではないです。最初からCD45+だけで選別して、キメラ実験に使いました。削除
2019/6/9(日) 午後 3:31学とみ子返信する
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[Fig1d]
>> 学さん
>アーティクル論文Fig1dで示されるように、5日目からSTAP細胞の6割位がGFP陽性細胞で、構成されます。こういう論文図表は逃さないでしっかり見て欲しいです。

あなたは再構成を起こしている白血球はDNAが不完全だからキメラの中で生き残らないのではないかとおっしゃった。ですからそうでない細胞はどういう細胞かということを問題にして、そういう細胞が7日目にたくさん残っていることは考えにくいと申し上げています。つまり最初に入っていた割合でそのまま酸浴後生き残りますねと申し上げている。アーティクル論文Fig1dでたくさんOct4-GFPを発現している大半はT細胞やB細胞でしょ。そうでない細胞は少ないですねと申し上げています。学仮説の話はまずそこから始まるんでしょ。確認をお願いします。以上です。削除
2019/6/9(日) 午後 5:02[ 一言居士 ]返信する
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酸浴後、7日間というのは短期間ですよ。それも細胞の代変わりはなく、今ある細胞が生き残るかどうかです。一方、胚の中の細胞は、単あるいは極少数の細胞から始まり、長期に、分化増殖していきますので、生存条件が全く違います。

論文ではどの細胞が死にやすいかは調べてませんね。

学仮説と言う程のものでなく、STAP細胞がT細胞からできなくてはいけないというような通説に対して、私は反論したまでです。キメラ、幹細胞にTCRは無くても良いという考え方が私の基本です。

T細胞は勝手に増えない制御条件があり、条件が整わなければ消滅します。iPSは比較できません。

キメラにTCRがあればすごい事だと思っていました。ところが、実験結果にそれがあったわけです。それが、今まで他のブログなどでは騒がれなかったのですよね?削除
2019/6/9(日) 午後 7:05学とみ子返信する
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NHKでもTCRが問題化されましたが、このキメラのTCRの図があったことを知っている人は騒動当時からいたわけで、その人たちが情報の一部をマスコミに流したと思うのです。しかし、その人たちは、キメラにTCR陽性の図があることを公にははっきり言わなかったのですよね。須田氏も詫摩氏も理解してなかったのですから。ここも、本当に謎ですよね。そして、大事な部分です。

特許の図20が公開されたのはいつか、確認したいです。削除
2019/6/9(日) 午後 7:15学とみ子返信する
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> 一言居士さん
この会話、ため息氏の揚げ足取りの都合良いターゲットになっているので、気をつけていきましょう。彼らは短時間アップも見逃しません。

私とあなたの行違いは、時間が解決していくと思うので、ここで、あまり取り立てて問題にしないようにしましょう。

お互いの理解のずれが、ため息氏に狙われています。ES派は、STAP派のあらゆる失敗を誘い出そうとしています。さらに、ため息グループの他の人達によるそしりや軽蔑の言葉が加わり、STAP潰し花盛りになります。

しかし、今までのいろいろな議論を通じてわかったと思うのですが。ため息氏は自らSTAP細胞の問題点を新たに掘り起こして議論をぶつけてきたりはできません。ため息氏らは、学とみ子や一言居士さんの発言を狙い、間違い呼ばわりで潰してやろうとの戦略です。

キメラホストは、誤解を招く表現でした。
正しくは、
キメラマウス体細胞由来DNAサンプルのTCRクリアバンド(体細胞DNAにTCR−DNAが多く含まれる証拠となる)から、体細胞が元T細胞STAPに由来することが肉眼的に判定できます。削除
2019/6/9(日) 午後 8:36学とみ子返信する
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[蛍光しているのはリンパ球ではない?1 ]
>> 学さん
>今ある細胞が生き残るかどうかです。

あなたはキメラの中で取捨選択が行われるのみではなくて7日間のSTAP変換途中でもT細胞やB細胞はサヴァイヴァルできなくて消滅もしくは減少してしまうとおっしゃってるんですか? 論文のSTAP細胞は別に白血球でなくてもどんな細胞からでもできるとされている。あなたのおっしゃっている③はT細胞やB細胞ではないという意味でその中の一つになるんですが、これらの細胞群はTCR再構成はありませんから小保方さんのプライマーで挟むとGLがでるだけです。つまり③の主張は同時に①を主張することになりますね。そのことをご確認なさってください。私は学さんと違ってとても頭が悪いもんですから、論理の階段は一段づつしか登れないんです。よろしくお願いします。以上です。
>>
①この2Nキメラとされているゲル2写真は偽物である
②本物であるが白血球を除去し忘れている
③本物であるが、FACSで選別しきれなかったT細胞以外の脾臓構成細胞のSTAP由来キメラである削除
2019/6/9(日) 午後 8:46[ 一言居士 ]返信する
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>7日間のSTAP変換途中でもT細胞やB細胞はサヴァイヴァルできなくて消滅もしくは減少してしまうとおっしゃってるんですか?

そのような事は言ってません。T細胞(CD45+CD3+)をあつめてSTAPにしたら、TCRがでましたよね。
7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。

>細胞群はTCR再構成はありませんから小保方さんのプライマーで挟むとGLがでるだけです。

陰性コントロールとしてES,繊維芽細胞がでていてGLだけでした。リンパ球は陽性コントロールでした(TCRがある)。図20の#1は、リンパ球並みのTCRが出ていたので、問題になっているのですよね。

>③本物であるが、FACSで選別しきれなかった

CD45+だけで選別しているので、その中にいろいろな細胞種が混じっています。そのどれかの細胞からキメラができたのですが、#1のTCRが本物なら、元T細胞からキメラができた証明ができます。そうなると、著者らは、#1を証拠にSTAPの多能性を証明できるのに、そうした動きはありませんでした削除
2019/6/9(日) 午後 9:52学とみ子返信する
> 一言居士さん

私の書いた
[7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。]
この意味が分かりにくかったと思うのですが、ここは、各種細胞が生き残れる条件で小保方氏は実験をしているという意味です。

PHに幅があり、毎回微妙な酸性調整が必要なのだと思います。ここにケチつける人もいたけどーー。削除
2019/6/10(月) 午前 6:15学とみ子返信する
ため息さん、朝から日課のように記事を書き、とんちんかんな当ブログと書いています。

ES派研究者層、その支持者がやみくもにサポートするのでしょうが、もう、ここへ来て、ため息コメントも、とんちんかんとしか言い様の無いレベルまで落ち込みました。ご苦労様です。

ため息氏はホントに細胞知識に欠くんですね。というか、文献にあたれば、すぐに身に付くレベルの知識なんですけど、ため息氏は文献検索をしませんね。

各論で敗北したとの反省が、ため息氏にあるためでしょうか?
ここへ来て、学とみ子否定の戦略として、各論攻撃から総論攻撃へと変えたみたいです。
お手並み、拝見です。削除
2019/6/10(月) 午前 8:36学とみ子返信する
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[CD45の1]
>> 学さん
>そのような事は言ってません。T細胞(CD45+CD3+)をあつめてSTAPにしたら、TCRがでましたよね。7日間に、どの臓器由来細胞も凝集して生き残れると思いますよ。

何がキメラになったかに関しての学仮説に対する私の理解に修正を入れて以下でいいわけですね。
>>
③本物であるが、FACSでCD45+選別されたものの中のT細胞やB細胞以外の細胞や、CD45+選別しきれずに混入した脾臓構成細胞やのいずれかのSTAP由来キメラである

確認をお願いします。削除
2019/6/10(月) 午前 8:48[ 一言居士 ]返信する
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[CD45の2]
次に、石井調査資料の事実確認です。CD45は白血球の、CD3、CD90(Thy-1)はT細胞の分化抗原ですね。
まずGel1です。
①DNA ladder
②ES Cell
③Fibroblast
④CD45+ cells
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
⑦Sorted-Oct4+ 3
⑧Sorted-Oct4+ 4
⑨Sorted-Oct4+ 5
⑩Sorted-Oct4+ 6
⑪STAP cluster 1
⑫STAP cluster 2
⑬STAP cluster 3
⑭STAP cluster 4削除
2019/6/10(月) 午前 8:49[ 一言居士 ]返信する
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[CD45の3]
次はGel2です。
⑮DNA ladder
⑯CD45+/CD3+ 1(100ng)
⑰CD45+/CD3+ 1'(50ng)
⑱CD45+/CD3+ 2(100ng)
⑲CD45+/CD3+ 2 (50ng)
⑳CD45+ 1
㉑CD45+ 2
㉒CD45+/CD90+
㉓CD45+/CD90+
㉔CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉕CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉖CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉗2N chimera 1(CD45 STAP)
㉘2N chimera 2(CD45 STAP)
㉙2N chimera 3(CD45 STAP)削除
2019/6/10(月) 午前 8:50[ 一言居士 ]返信する
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[CD45の4]
私は学さんのお陰でこの歳になって『喜ばしき知識』以外の何物でもない免疫学の入門教科書に(本体3,200円+税)なる浪費をさせらましたが、先生にはその責任を取られてせめて私が”喜ばしい”状態になるまではご指導願いたいものだと念じております。別に急いではおりません。
まず最初にラダーの数に関してです。小保方さんのプライマーで挟まれるDJリコンビネーションの組み合わせ数はGLを入れて15でいいですね。つまり小保方検査で現れて来うるラダーはあり得る場所を全部数えると15以上ではないと。

ここまでのところを確認いただきたい。たくさんのことを同時にご説明なさっていますが、いずれ先生のコメントは全部拾い出して検討することになります。うち捨てているわけではありません。順番に理解していけば私のような愚鈍な頭でも何れ正解に至ると信じておりますので、よろしくお願いいたします。以上です。削除
2019/6/10(月) 午前 8:51[ 一言居士 ]返信する
> 一言居士さん
いろいろご勉学なさってますね。
頑張ってくださいね。

細かい細胞種に関するやりとりは誤解を生じ易いので、ここではやりません。学とみ子の日本語能力にも問題あります。但し、学とみ子も易しい話であれば、他の方並みには文章を作れます。今は、ごめんなさい。

ため息陣営が一時も逃さずチェックして、ミスを誘います。彼らはミスでなくともミス呼ばわりです。そうした中で、難しい領域の議論に入ると、彼らの破壊作戦の餌食です。

一言居士さんは、ES混入説ではSTAP細胞を説明できないことを理解できているのだから、後はゆっくり進んでください。小保方氏から何らかアクションが出たら、又、共闘しましょう。

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