毎日を楽しくすごすために

デノボアセンブリ

ブログを長らく休んでいる間に、次世代シーケンサーを入手して大量データとしばらく格闘し続けて、現在はそれが本業になりつつあります。SOLiDと呼ばれる次世代シーケンサーは、１回のランで75ベース（SOLiD5500で）のシーケンスデータを６億リード程度産出します。ただ、２ベースエンコーディングのカラースペースは精度が高いといわれて選んだ訳ですが、実際データを扱ってみると、想像以上にエラーが多いマシンでした。今は、RNA-Seqのようなタグ解析（タグがいくつ貼り付いたかというような情報では精度はそれほどは要求されない）に特化して使用しています。それより、昨年導入した　MiSeq（イルミナ社）がすばらしい。ｖ３になって、300塩基のペアエンド解析ができて、リード数は2000~3000万タグ程度にまでなりました。非常にクオリティーも高いです。それで、SOLiDを使っていた時は想像もしなかったデノボセンブリ（短い配列をつないでいって長い配列を作成する作業）が本当に現実的になってきました。デノボアセンブリという手法自体も成熟途上の手法なので、改良していくポイントはまだまだ沢山あります。シーケンス技術自体の発展にも大きく関連してきますが、シーケンスリード（MiSeqなら300bp)を百万程度集めて、それをできるだけ長い集まり（これをコンティグと呼びます）にするアセンブラーソフトのアルゴリズムの発展には目を見張るものがあります。あくまでテクノロジーの領域であって、これを利用してサイエンスを展開して行く必要があるのですが、テクノロジー自体が非常に面白いと思えるようになってきました。とにかく、デノボアセンブリのワークフローを完成させたい（もちろん、どんどん変化していくものなので、完全ではありませんが）と思っています。それでゲノムが決まれば、次はトランスクリプトーム、リボソームプロファイリングとオーム解析をすすめて、転写ー翻訳系の網羅的な状況把握できる環境を整えたいと考えています。これからは、モデル生物を使う意味は少ない時代になってくるでしょう。面白い、扱いやすい生命現象を示す生物を選んで調べる、あるいは環境にある生き物をそのまま調べて分子生物学まで持って行ける時代が到来したと思います。必要なことは、生物そのものに対する知識です。外に出て、観察しましょう。面白い現象を沢山、自分の目で見てください。それが大きな武器になる時代に戻ってきたとも言えます。

驚いたこと

いやいや、驚いた。最近は、yahoo メールアドレスを登録するのに、既存のメールアドレスすら必要無いようだ。本当の年齢が何歳でも登録できてしまう。小学生でも問題無く登録できてしまう。さらに、Tポイントカードにも応募できてしまう。無料メールが取得できれば、それを使ってネット上で色々なことができてしまいます。ブログもYouTubeも...確かに、支払いが絡んでくることには個人情報をしっかり記載する必要が出てくるのですが、それでもカード番号だけで済んでしまうのはどうなのでしょうね。ネットワーク上の発言がどの程度の平均年齢なのか本当に知りたくなってきました。いや、本当のことは誰にも分からないのでしょうね。

パワーポイントと板書

今年の上半期は、２コマしか授業を持っていません。それも全て２人、３人で共同で担当していますから、もし大学の先生が授業をすることが仕事であるとするならば、「あなたは何をやっているのですか？」と言われても仕方が無いかも知れません。一言で”大学の先生”と言っても、大学の規模や立場によって、担当する授業数は相当に違っているように思います。
  本日自分担当の章を終えて、生徒にアンケートをとって色々な意見をもらいました。その中の考えさせられた意見がありました。
「パワポを使わずに板書でやって欲しい」という要求が２，３あったことです。
確かに、自分はパワポでプレゼンテーションすることになれてしまって、それが当たり前になっている部分があります。逆に、パワポでプレゼンするスタイルで安心している部分もあります。思い起こせば、自分が学生の頃は、当時の大学の先生はチョークで黒板にひたすら自分の世界を展開していって、その思考の中で全く関連なさそうな展開に寄り道していく余裕がありました。むしろ寄り道の話がメインで本題は勝手に勉強してくださいというような、今では信じられない自由さがあったように思います。
後期の授業から、パワポを使わない授業を試してみようと考え始めています。ある程度のレジュメを作って話の方針だけは決めておいて、後は話しながら好きな方向で掘り下げていく、それが受け入れてもらえるかどうか分かりません。ただ、こちらが楽しめる授業にすれば、おそらく学生も楽しめるのでは、と勝手に想像しています。今や、勉強するための教材は本当に色々な所で手に入りますから、大学生になったのなら自分でやりなさいというスタンスで行きたいと考えています。

サイエンスとねつ造

ブログを書きたくなった理由の一つに、サイエンスに対する世の中の受け止め方が随分間違った方向に傾いている印象を受けたからです。そう、STAP細胞の問題です。
細かいことを言い出すときりがなくなるので、言いたい事を一つだけ
「サイエンスでは、正しいことは残ります。」
それだけです。

論文になると全て正しいかのように思われがちですが、世の中で論文になっているものが全て正しいというわけではありません。自分が面白いと思って再現実験を試みても再現できない。そんなことは、特に生物系では沢山あると思います。再現できない論文は、そのうち歴史的事実から無くなっていきます。例えどんなに良い雑誌に載ったとしても、再現できなければ、忘れられていくでしょう。逆に、再現できることは多くの人がそこをベースにして、次の段階を目指すので、仮説の色々な像が見えてきて”事実”に変化していきます。論文中で記述される色々な事実は、証拠に基づいて示されたものとして過去の論文を引用文献として示しておく必要があります。所が、面白いことにある程度確立した事実は、もはや引用されなくなります。遺伝する現象があることに対してメンデルの論文を引用する人は、歴史的経緯を記述する場合に限られると思います。こうして、学問が成立していくのです。時間をかけて築いていくので、頑丈だし少々のことでは壊れません。学問をすると言うことは、それぐらいの時間をかけてゆっくりと安定したものを作るのであって、数年単位の結果に大きく振り回される必要は無いということです。

ただ、今回の件は、サイエンス以外の部分が大きかったので、世間的に広まったのでしょうね。ただ、その話の中でサイエンスをねじ曲げて伝えられるのは、サイエンスが大好きな人間としては、少々心苦しい気持ちでいます。

久しぶりです

本当に久しぶりにブログを書いています。
というか、これだけ放置していてブログサイトを残しておいてもらえたYahooに感謝いたします。
歳を重ねて色々なことを経験していくごとに、とにかく毎日を楽しく暮らすことが大事だと言う事を実感しています。無茶な楽しみではなく、全てをちゃんと受け止めて、何をすべきかを考えてEnjoyすることの大切さを痛感しています。本日をもってブログタイトルを変更しました。
あまり沢山書こうとすると途中で嫌になるので、この辺でやめておきます。