毎日を楽しくすごすために

デノボアセンブリ

Tue, 20 May 2014 19:02:52 +0900

ブログを長らく休んでいる間に、次世代シーケンサーを入手して大量データとしばらく格闘し続けて、現在はそれが本業になりつつあります。SOLiDと呼ばれる次世代シーケンサーは、１回のランで75ベース（SOLiD5500で）のシーケンスデータを６億リード程度産出します。ただ、２ベースエンコーディングのカラースペースは精度が高いといわれて選んだ訳ですが、実際データを扱ってみると、想像以上にエラーが多いマシンでした。今は、RNA-Seqのようなタグ解析（タグがいくつ貼り付いたかというような情報では精度はそれほどは要求されない）に特化して使用しています。それより、昨年導入した　MiSeq（イルミナ社）がすばらしい。ｖ３になって、300塩基のペアエンド解析ができて、リード数は2000~3000万タグ程度にまでなりました。非常にクオリティーも高いです。それで、SOLiDを使っていた時は想像もしなかったデノボセンブリ（短い配列をつないでいって長い配列を作成する作業）が本当に現実的になってきました。デノボアセンブリという手法自体も成熟途上の手法なので、改良していくポイントはまだまだ沢山あります。シーケンス技術自体の発展にも大きく関連してきますが、シーケンスリード（MiSeqなら300bp)を百万程度集めて、それをできるだけ長い集まり（これをコンティグと呼びます）にするアセンブラーソフトのアルゴリズムの発展には目を見張るものがあります。あくまでテクノロジーの領域であって、これを利用してサイエンスを展開して行く必要があるのですが、テクノロジー自体が非常に面白いと思えるようになってきました。とにかく、デノボアセンブリのワークフローを完成させたい（もちろん、どんどん変化していくものなので、完全ではありませんが）と思っています。それでゲノムが決まれば、次はトランスクリプトーム、リボソームプロファイリングとオーム解析をすすめて、転写ー翻訳系の網羅的な状況把握できる環境を整えたいと考えています。これからは、モデル生物を使う意味は少ない時代になってくるでしょう。面白い、扱いやすい生命現象を示す生物を選んで調べる、あるいは環境にある生き物をそのまま調べて分子生物学まで持って行ける時代が到来したと思います。必要なことは、生物そのものに対する知識です。外に出て、観察しましょう。面白い現象を沢山、自分の目で見てください。それが大きな武器になる時代に戻ってきたとも言えます。

驚いたこと

Sat, 17 May 2014 00:30:42 +0900

いやいや、驚いた。最近は、yahoo メールアドレスを登録するのに、既存のメールアドレスすら必要無いようだ。本当の年齢が何歳でも登録できてしまう。小学生でも問題無く登録できてしまう。さらに、Tポイントカードにも応募できてしまう。無料メールが取得できれば、それを使ってネット上で色々なことができてしまいます。ブログもYouTubeも...確かに、支払いが絡んでくることには個人情報をしっかり記載する必要が出てくるのですが、それでもカード番号だけで済んでしまうのはどうなのでしょうね。ネットワーク上の発言がどの程度の平均年齢なのか本当に知りたくなってきました。いや、本当のことは誰にも分からないのでしょうね。

パワーポイントと板書

Thu, 15 May 2014 00:38:58 +0900

今年の上半期は、２コマしか授業を持っていません。それも全て２人、３人で共同で担当していますから、もし大学の先生が授業をすることが仕事であるとするならば、「あなたは何をやっているのですか？」と言われても仕方が無いかも知れません。一言で”大学の先生”と言っても、大学の規模や立場によって、担当する授業数は相当に違っているように思います。
本日自分担当の章を終えて、生徒にアンケートをとって色々な意見をもらいました。その中の考えさせられた意見がありました。
「パワポを使わずに板書でやって欲しい」という要求が２，３あったことです。
確かに、自分はパワポでプレゼンテーションすることになれてしまって、それが当たり前になっている部分があります。逆に、パワポでプレゼンするスタイルで安心している部分もあります。思い起こせば、自分が学生の頃は、当時の大学の先生はチョークで黒板にひたすら自分の世界を展開していって、その思考の中で全く関連なさそうな展開に寄り道していく余裕がありました。むしろ寄り道の話がメインで本題は勝手に勉強してくださいというような、今では信じられない自由さがあったように思います。
後期の授業から、パワポを使わない授業を試してみようと考え始めています。ある程度のレジュメを作って話の方針だけは決めておいて、後は話しながら好きな方向で掘り下げていく、それが受け入れてもらえるかどうか分かりません。ただ、こちらが楽しめる授業にすれば、おそらく学生も楽しめるのでは、と勝手に想像しています。今や、勉強するための教材は本当に色々な所で手に入りますから、大学生になったのなら自分でやりなさいというスタンスで行きたいと考えています。

サイエンスとねつ造

Sat, 10 May 2014 16:36:29 +0900

ブログを書きたくなった理由の一つに、サイエンスに対する世の中の受け止め方が随分間違った方向に傾いている印象を受けたからです。そう、STAP細胞の問題です。
細かいことを言い出すときりがなくなるので、言いたい事を一つだけ
「サイエンスでは、正しいことは残ります。」
それだけです。

論文になると全て正しいかのように思われがちですが、世の中で論文になっているものが全て正しいというわけではありません。自分が面白いと思って再現実験を試みても再現できない。そんなことは、特に生物系では沢山あると思います。再現できない論文は、そのうち歴史的事実から無くなっていきます。例えどんなに良い雑誌に載ったとしても、再現できなければ、忘れられていくでしょう。逆に、再現できることは多くの人がそこをベースにして、次の段階を目指すので、仮説の色々な像が見えてきて”事実”に変化していきます。論文中で記述される色々な事実は、証拠に基づいて示されたものとして過去の論文を引用文献として示しておく必要があります。所が、面白いことにある程度確立した事実は、もはや引用されなくなります。遺伝する現象があることに対してメンデルの論文を引用する人は、歴史的経緯を記述する場合に限られると思います。こうして、学問が成立していくのです。時間をかけて築いていくので、頑丈だし少々のことでは壊れません。学問をすると言うことは、それぐらいの時間をかけてゆっくりと安定したものを作るのであって、数年単位の結果に大きく振り回される必要は無いということです。

ただ、今回の件は、サイエンス以外の部分が大きかったので、世間的に広まったのでしょうね。ただ、その話の中でサイエンスをねじ曲げて伝えられるのは、サイエンスが大好きな人間としては、少々心苦しい気持ちでいます。

久しぶりです

Sat, 10 May 2014 16:08:58 +0900

本当に久しぶりにブログを書いています。
というか、これだけ放置していてブログサイトを残しておいてもらえたYahooに感謝いたします。
歳を重ねて色々なことを経験していくごとに、とにかく毎日を楽しく暮らすことが大事だと言う事を実感しています。無茶な楽しみではなく、全てをちゃんと受け止めて、何をすべきかを考えてEnjoyすることの大切さを痛感しています。本日をもってブログタイトルを変更しました。
あまり沢山書こうとすると途中で嫌になるので、この辺でやめておきます。

久しぶりです

Sat, 18 Oct 2008 06:30:40 +0900

ブログの時間を、別に割り振ってしまったので、本当に空き時間にしかできなくなりました。それで、リハビリをかねて、お気に入りのメンバーを徘徊してみましたが、半分くらいが似たようなじょうたいですね。無くなっていたのもありますが、閉じないでおいておくと、また気が向いたらすぐに始められますからね。
あと、気づいたら、自分のIDがsqu*re*ac*ri* なんてことになっています。怠慢な人は、どんどん＊が増えていくのでしょうか？

久々に月初めの挨拶です。

Thu, 01 Nov 2007 23:51:59 +0900

ようやく科研費の書類も仕上がり（と言っても、電子投稿を終わっただけで、もう一度修正する気でいますけどね）、中日も日本一になった（私は阪神ファンですけどね）事だし、久々に月初めの挨拶を記事にします。
　早いもので引っ越して8ヶ月が経ちました。この間に、新しい自治会への参加（新しい住宅地の組長にならされてしまった）、新しい学童への参加（今度の学童は味がある人が沢山います）、おんじゃの死（もともとおんじゃのブログとして始めたので、これで閉め時なのかなとも考えました）などがあって、日常の研究、学生指導、論文書きに、事務作業とめまぐるしく時は過ぎていきます。積極的に色々な行事にはできる限り参加するというスタンスでやってきて、同じ人生、とにかく”楽しく””面白く”生きる工夫が必要でそのためのブログとして以前のタイトルをつけたのですが、今回は、もう少し遠慮気味に、ただ平凡に日々が暮らせる事がどれだけ幸せかを感謝するところからはじめよう！という気持ちでこのタイトルをつけました。
　
　人間、年をとっていくと保守的になってきてなかなか新しい物にチャレンジする気力がなくなってきますが、今後も、積極的に新規なものにチャレンジし続けましょう！

　今、Wikiにはまっています。　どこかに私の作成したWikiのページがあります。
　同じ趣向の人が集まって、データ持ち寄って共有でき、何でも書き込めるのは、今後色々な方面で発展していく気配を感じます。
　　でも、色々なWikiがありますからね。。。

最後に、　今日一番の話題
　　　　「落合さん、あれは最後まで投げさせてやらな山井がかわいそうやろ」
　53年ぶりの日本一より、１００年に1回の日本シリーズ完全試合のチャンスだったし、
何より雰囲気がよかったからね。　確率論なら岩瀬やけど、心に残るものを作ったらあかんのちゃうかな？

疑心暗鬼

Fri, 26 Oct 2007 23:10:42 +0900

今の時代、いたるところに鬼が住んでいるようだ。大学の研究室に納品される品物一つ一つが検品されるシステムができた。これで大学側も年間1億円を使うし、納品業者の不要な労働が増えて、満足しているのは、これで不正がなくなるはずだと...取り決めた役人だけである。問題が起きたとき、その本質を見据えなければ、意味のない過剰ルールができて、それが一人歩きしてしまう。何年か経てば、流れには乗るかもしれないけど、多くの人が何のためにやっているのか疑問に思うままなら、見直す勇気は必要だと思う。いるかいないか分からない鬼を探して税金の無駄遣いをするより、本当の鬼がいる厚生省というところ（今の省庁はどこも鬼だらけかもしれない）をしっかり見直してほしい。無人で果物・野菜が販売できる社会はすばらしいし。それができた日本に誇りを持っています。自分の心の鬼は自分で退治できるような教育が望まれますね。勉強ばかりが教育じゃないと思います。

科学的である態度について

Fri, 21 Sep 2007 01:21:00 +0900

誰しも、自分がどこからやってきて、どこへ向かっているのか？少しは考えたことがあると思います。宇宙の大きさや、物質の構成単位、時間軸の起源の問題と同様、少し考えても答えが出るものでもありません。人類が、その発達させた大脳皮質を使って抽象的な概念を操り始めた太古の昔から、こうした疑問を抱き、そして悩み続けて来たに違いありません。数々の知識を文字という形で蓄積し、その知識は時流と共に大きな変化が加えられてきました。再現性のある確かなものは、次世代に確実に受け継がれ、さらに改良され、摩訶不思議なテクノロジーが多数生み出されています。その一方で、怪しげなものは淘汰され、嘘ではないまでも、科学の進歩に貢献することはなく朽ち果てていくのは、現在の学問の領域でも似たようなものであると思います。こうした現在に生きる我々は、教育という形で、これまでの偉人が考えついた概念を体系的に学ぶことができます。
　　しかし、それが本当に正しいかどうか？は、やはり分からない。　たとえば、「地球は球形をしている。」ということは、現代人にとっては、かなり常識に近い。でも、それが正しい理由をあなたはあげられますか？（中学校の理科で習ったはずです...）　今では、宇宙から客観的に観測することが可能になって、本当であることがかなり確実になってきました。　ある学説が科学的に正しいかどうかは？あくまでも、客観的な事象を並べて判断しなければいけません。こういうことはありえない（と思う）では、だめです。この客観たりうることが、難しい所です。一見ありえなさそうなことが実際に起こっているのが科学の面白いところでもあるのですし、一旦そういう考え方に慣れてしまえば、それが”常識”になってくるのです。
　　論文で何かを示す場合は、まず自分自身がその仮説を疑ってかかり、その自分を説得する所から始めないといけません。どういうデータが必要か？は、いかに客観視できるか？にかかわってきます。そういう意味では、ピアーレビュー（同業者による審査）という仕組みは、科学的であると言う点で非常に重要であるし、すごく意味があることだと思います。ブログにある科学風の文章や、ネット上にある文章では、そういうレビューを受けることはないので、ある意味好きなことを書いている場合が多いし、それはそれで良いと思います（そういう意味ではフィクションと思って読んだほうが良いのかも知れません）。今、こうして書いているこの文がまさにそういう文です（自己言及文になってます。）
　進化とか、宇宙の果てのような大きな問題（科学的に扱うのは、総論として難しい）はおいておくとしても、例えば、「プリオンは本当にスクレーピーの病因であるのか？」とか、「適応的な進化はありうるのか？」とか、ある程度確定しているような気がしているが、本当は確定していなくて、それでいて科学的に答えが出せそうな疑問というのが、まだまだうようよしている気がします。

　最後に、進化論でよくある間違いが「人はサルから進化した」と言うもの。このときの”サル”というと現生のサルを思い浮かべてしまいますからね。今のサルは、何世代経過してもサルです。ダーウインが言った事は、人とサルが共通祖先を持つ...地球上のすべて生物は共通祖先から進化（この言葉は、ともすれば、高等に変化するという感覚を与えがちですが、必ずしもそうでは無いと思います。）してきたということです。この考え方は、原子論に匹敵するくらい重要な概念であることは、間違いないと、（私は）確信しています。（少なくとも、比較分子生物学を取っ掛かりににして、様々な現象を調べている研究者は、その概念の上に非常に多くの発見を積み上げてきました。２１世紀は、さらにそれが積み重ねられてていく時代になると思います。進化論という、時間軸の上の概念が、生物の多様性と現象論の起源、あるいは生命の普遍性という部分で、裏打ちされていくのは、肌で感じ取れます。）
　

学童キャンプ

Tue, 31 Jul 2007 14:36:36 +0900

学童のキャンプに行ってきました。
場所は、岐阜県にある、美濃白川クオーレふれあいの里という、キャンプ場です。

引っ越し後の小学校で、はじめてのキャンプなので、どんな具合か？よく分からなかったのですが、すごく楽しめました。忘れかけていた、共通意識の一体感を感じる事ができて、やっぱり人間性って色々だし、とにかく沢山の人と会うのは楽しいなと感じました。

まず、総勢160名（子供だけで、OBあわせて、70名もいます！）というのには、びっくりしましたが、これでも何とかできるみたいです。

今回の学童の人には、マニアック（熱心なと読みます）なお父さんが沢山いて、流しそうめんを切り出した竹からはじめて、本格的に足場作りをして設営し、10ｍ程度の長さの流しそうめん装置２本を作りました。建設工事の監督や土建屋さんがいて、道具も本格的なもので、一般の人達も、何をやっているのか？興味津々で、もちろん子供達は、大喜びでした。　

メインイベントは、高学年のトーチ棒で、これは結構感動的です。４、５、６年生が全員で火のついたトーチ棒を回す姿は、他人の親でも感動して、目がうるうるしてきます。ましてや親にとっては涙ぼろぼろ状態になりますね。先のマニアックな父親連中も、その為だけに色々な苦労をしていると言っても過言ではないです。

学童キャンプという、いわばエキストラ行事ですから、当然参加する家族の考え方の違いで意見の衝突とかあるとは思います。またそれ以外でも、父ちゃん、母ちゃんの戦いのようなものがあります。こういう感覚は、結婚して、子供ができてはじめて分かるものかもしれません。家族があって、そこに、学童とか、町内会とかそういう集団があって、そこにどこまで踏み込むか？今回のキャンプでも、当然全員平等に働く事なんてあり得ないです。積極的に動く人間とそうじゃない人の差は、仕事以外のシーンでは、非常に明らかになります。なにせ、無報酬なんですから。こういうとき、マニアックな（再度言いますが、こう書いて熱心なと読みます）父連は、どうしても家族を置いて、学童行事中心になり、母ちゃんから、「何で子供（ここでは幼児の事）の面倒みないで、そんなことばかりやっているの？」というおしかりを受けることになります。でも、そういう感覚を通して一体感が生まれると、そこで仲間意識が芽生えます。クラブ活動とか、文化祭とか、学生の頃感じた一体感を、久々に感じることができました。　でも、こういうのは作られるものでもなく、そこいる人の性格なんですよね。　色々個性キャラクターが集まって、面白い集団になっています。　やっぱ、自分を磨くと言うことは、大事ですね。皆さんも、マニアックになってください。