<事実の概要> 平成2年5月12日に，パチンコ店の駐車場で遊んでいた少女（当時4歳）が行方不明となり，翌日午前10時20分頃に，その死体が近くの河川敷で発見された。死体発見現場付近を捜索した警察は，少女の半袖下着を発見したが，それには精液が付着していた。
平成2年11月頃，被告人についての情報を得た警察は，被告人から唾液の任意提出を受け，鑑定したところ血液型がB型であることが判明した。その後，警察は，被告人の動勢の監視を続け，平成3年6月2日に被告人が集積所に捨てたゴミ袋の中から，精液の付着したティッシュペーパーを発見して採集した。
警察の鑑定依頼を受けた科学警察研究所（科警研）は，MCTl18法による鑑定を行い，半袖下着に付着していた精液とティッシュペーパーに付着していた精液のDNAが同型であるという鑑定結果を得た。そこで，警察は，平成3年12月1日に，被告人に出頭を求め，取り調べたところ，被告人は，当初は弁解をしていたが，同日中に自白したので通常逮捕した。
<弁護活動> 弁護人としては，白白とDNA型鑑定の結果が有罪認定の主要な証拠である以上，本件DNA型鑑定の証拠能力を認めることはできないと主張することが考えられる。
<問題の所在> 「科学的証拠」が証拠能力を認められるためには，「自然的関連性」が肯定されなければならない。「科学的証拠」は，通常の証拠とは異なり，検査・鑑定の原理及び検査手法・技法の妥当性が問題となる。
※本件鑑定方法は，科警研が独自に開発したMCTl18法，すなわち，ヒトの第1染色体のMCTl18部位に位置する特定の塩基配列の反復回数に多型が存在することに注目し，塩基配列の反復回数を分析するものである。
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論点 DNA鑑定書の証拠能力
まず，「科学的証拠」が証拠能力を認められるためには，「自然的関連性」，すなわち最小限度の証明力が認められなければならない。自然的関連性がない証拠の証拠能力を認めると誤判を招くおそれがあるから，あらかじめ排除することが要請されるからである。
そして「科学的証拠」の場合の自然的関連性の有無は，通常の証拠とは異なり，（１）検査・鑑定の原理の理論的正確性及び（２）実際の検査手法・技法の妥当性を吟味する必要がある。
（１）ＤＮＡ検査の理論的正確性
DNA型判定の方法としてのMCTl18法は科学理論的，経験的な根拠を有しており，より優れた方法が今後開発される余地はあるとしても，その手段・方法は一定の信頼性のある妥当なものと認められる（控訴審）。
※最高裁も科学的原理が理論的正確性を有するとする。
（２）実際の検査手法・技法の妥当性
※この点を検討するにあたっては，以下の点を考慮要素とすることができる。
イ．DNA型鑑定の実施は，充分な知識と経験・技術を有する者によってなされなければならないとともに，鑑定人の公平性・中立性も保障されなければならない。
ロ．鑑定資料の採取・保管に関しては，鑑定資料の採取状況及び保管状況について詳細な記録に留めると共に，陳腐化・汚染を防止するための適正な方法で保管すべきである。
ハ．再鑑定や追試を可能ならしめるように，残存資料の保管を行うべきである。
二．鑑定方法及び手技についても，詳細な記録を残すべきである。
ホ．DNA型鑑定の証明力を過大に評価してはならない。当該DNA型の出現頻度が低い（稀少性が高い）程，同一性を推認する度合いは高くなり，指紋のような絶対的個人識別法ではない。
（上記の考慮要素に即して本件を見ると）�）楫錣梁�1審及び第2審が係属していた当時には，MCTl18法は発展途上にあって安定的な方法ではなかった（現在では，科警研はSTR法へ移行しつつある），��鑑定資料である被害者の半袖下着は，領置から鑑定までの1年数か月間ビニール袋に入れられ常温で保管されていた，��再鑑定のための残存資料は保管されていなかった，�そ亳宿囘戮亡悗垢襯如璽燭僚言僂睇埆淑�であった等を考慮すると，妥当性を認めることは困難であると考えられる。※本決定には疑問がある。
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<判旨> 最高裁平成12年7月17日第二小法廷決定
「本件で証拠の一つとして採用されたいわゆるMCTl18DNA型鑑定は，その科学的原理が理論的正確性を有し，具体的な実施の方法も，その技術を習得した者により，科学的に信頼される方法で行われたと認められる。したがって，右鑑定の証拠価値については，その後の科学技術の発展により新たに解明された事項等も加味して慎重に検討されるべきであるが，なお，これを証拠として用いることが許されるとした原判断は相当である。」
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